安装sqlite-devel
yum -y install sqlite-devel
或者
dnf install sqlite-devel一、Errors during downloading metadata
alinux3-module 0.0 B/s | 0 B 02:00 Errors during downloading metadata for repository 'alinux3-module': - Curl error (28): Timeout was reached for http://mirrors.aliyun.com/alinux/3/module/x86_64/repodata/repomd.xml Connection timed out after 30000 milliseconds Error: Failed to download metadata for repo 'alinux3-module': Cannot download repomd.xml: Cannot download repodata/repomd.xml: All mirrors were tried root@zw801e-ppu-02 allin-llm-ops-microservice# yum -y install sqlite-devel alinux3-module 0.0 B/s | 0 B 02:00 Errors during downloading metadata for repository 'alinux3-module': - Curl error (28): Timeout was reached for http://mirrors.aliyun.com/alinux/3/module/x86_64/repodata/repomd.xml Connection timed out after 30001 milliseconds - Curl error (28): Timeout was reached for http://mirrors.aliyun.com/alinux/3/module/x86_64/repodata/repomd.xml Connection timed out after 30000 milliseconds Error: Failed to download metadata for repo 'alinux3-module': Cannot download repomd.xml: Cannot download repodata/repomd.xml: All mirrors were tried
问题不是 sqlite-devel 包不存在，而是 Alinux 3 的 yum/dnf 仓库 alinux3-module 元数据下载失败：
Curl error (28): Timeout was reached
http://mirrors.aliyun.com/alinux/3/module/x86_64/repodata/repomd.xml也就是机器访问阿里云镜像超时
可以按下面步骤处理
1. 先确认网络访问镜像是否正常
执行：
curl -I http://mirrors.aliyun.com/alinux/3/module/x86_64/repodata/repomd.xml如果卡住或超时，就是网络/DNS/出口问题
测试 DNS：
ping mirrors.aliyun.com测试 HTTP：
curl -v http://mirrors.aliyun.com2. 临时跳过 alinux3-module 仓库安装
如果只是安装 sqlite-devel：
dnf --disablerepo=alinux3-module install sqlite-devel或者：
yum --disablerepo=alinux3-module install sqlite-devel3. 清理 yum 缓存重新生成
dnf clean all
rm -rf /var/cache/dnf
dnf makecache然后：
dnf install sqlite-devel4. 检查 repo 配置
查看：
ls -l /etc/yum.repos.d/找到：
grep -R "alinux3-module" /etc/yum.repos.d/一般会看到：
/etc/yum.repos.d/alinux.repo查看：
cat /etc/yum.repos.d/alinux.repo5. 修改镜像地址（推荐）
如果当前：
baseurl=http://mirrors.aliyun.com/alinux/3/module/x86_64/换 HTTPS：
baseurl=https://mirrors.aliyun.com/alinux/3/module/x86_64/例如：
sed -i 's#http://mirrors.aliyun.com#https://mirrors.aliyun.com#g' \
/etc/yum.repos.d/*.repo然后：
dnf clean all
dnf makecache6. 如果服务器没有公网出口
很多生产服务器（尤其 K8s 节点/GPU节点）没有公网，会出现这种情况
检查：
ip route看是否有默认路由：
应该有：
default via x.x.x.x dev eth0测试：
curl -I https://www.baidu.com如果失败：
需要：
- 配置 NAT 出口
- 配置 HTTP/HTTPS proxy
- 使用内部 yum mirror
7. 离线安装 sqlite-devel
如果机器不能联网，可以在有网络机器下载：
dnf download sqlite-devel或者：
yum install --downloadonly --downloaddir=/tmp/sqlite sqlite-devel然后复制 RPM：
scp sqlite-devel*.rpm root@目标服务器:/tmp/安装：
rpm -ivh sqlite-devel*.rpm8. Python 3.13 编译场景额外提醒
你前面是在：
/usr/local/python-3.13.5环境安装 Python
如果你是重新编译 Python，sqlite-devel 是必须的，否则：
import sqlite3会失败
安装后重新编译 Python：
./configure \
--prefix=/usr/local/python-3.13.5 \
--enable-optimizations
make -j$(nproc)
make install验证：
/usr/local/python-3.13.5/bin/python3.13 -c "import sqlite3;print(sqlite3.sqlite_version)"建议先执行：
dnf --disablerepo=alinux3-module install sqlite-devel二、Connection timed out after 30000 milliseconds
yum --disablerepo=alinux3-module install sqlite-devel alinux3-updates 0.0 B/s | 0 B 02:00 Errors during downloading metadata for repository 'alinux3-updates': - Curl error (28): Timeout was reached for http://mirrors.aliyun.com/alinux/3/updates/x86_64/repodata/repomd.xml Connection timed out after 30000 milliseconds Error: Failed to download metadata for repo 'alinux3-updates': Cannot download repomd.xml: Cannot download repodata/repomd.xml: All mirrors were tried
现在可以确定：不是单个 repo 问题，而是整个 Alinux 3 仓库访问失败
禁用了：
--disablerepo=alinux3-module但是又卡在：
alinux3-updates
http://mirrors.aliyun.com/alinux/3/updates/x86_64/
Curl error (28): Timeout说明服务器访问 mirrors.aliyun.com 超时
方案1：先测试网络（推荐先做）
执行：
curl -I --connect-timeout 5 http://mirrors.aliyun.com再测试 IP：
ping mirrors.aliyun.com查看 DNS：
cat /etc/resolv.conf如果这里都超时，yum 无法解决，需要处理网络出口
方案2：切换 HTTPS 镜像地址
很多环境 HTTP 访问被限制，改 HTTPS：
sed -i 's#http://mirrors.aliyun.com#https://mirrors.aliyun.com#g' \
/etc/yum.repos.d/*.repo清缓存：
yum clean all
rm -rf /var/cache/yum /var/cache/dnf重新生成：
yum makecache测试：
yum install sqlite-devel方案3：临时禁用所有 updates/module，只用 base
查看 repo：
yum repolist all可能看到：
alinux3-base
alinux3-updates
alinux3-module尝试：
yum --disablerepo="*" \
--enablerepo=alinux3-base \
install sqlite-devel方案4：检查 repo 配置
执行：
grep -R "mirrors.aliyun.com" /etc/yum.repos.d/大概率：
[alinux3-updates]
name=alinux3 updates
baseurl=http://mirrors.aliyun.com/alinux/3/updates/x86_64/
enabled=1修改：
vi /etc/yum.repos.d/alinux.repo改：
baseurl=https://mirrors.aliyun.com/alinux/3/updates/x86_64/方案5：如果服务器没有公网出口（生产环境常见）
检查：
ip route需要类似：
default via 10.x.x.x dev eth0测试：
curl -I https://www.baidu.com如果：
curl: (28) Connection timed out说明：
- 无公网 NAT
- 防火墙限制
- 安全组限制
- 出口代理缺失
这种情况下 yum 源换什么都没用
方案6：离线安装 sqlite-devel（最快）
在一台能联网的 Alinux 3机器：
yum install --downloadonly \
--downloaddir=/tmp/sqlite \
sqlite-devel得到：
sqlite-devel-*.rpm
sqlite-libs-*.rpm
sqlite-*.rpm复制：
scp /tmp/sqlite/*.rpm root@zw801e-ppu-01:/tmp/目标机：
rpm -Uvh /tmp/*.rpm另外确认系统版本
可以根据：
cat /etc/os-release以及：
curl -v --connect-timeout 5 http://mirrors.aliyun.com可以判断是：
- Alinux repo 地址问题
- DNS问题
- 服务器无公网出口
- 阿里云镜像 HTTP 被阻断
然后给对应修复方案
三、rpm -ivh sqlite-rpm/sqlite-devel-3.46.1-5.el10_1.x86_64.rpm报错
warning: sqlite-rpm/sqlite-devel-3.46.1-5.el10_1.x86_64.rpm: Header V4 RSA/SHA256 Signature, key ID c2a1e572: NOKEY error: Failed dependencies: sqlite(x86-64) = 3.46.1-5.el10_1 is needed by sqlite-devel-3.46.1-5.el10_1.x86_64
你的离线安装包缺少依赖：
error: Failed dependencies:
sqlite(x86-64) = 3.46.1-5.el10_1 is needed by sqlite-devel-3.46.1-5.el10_1.x86_64说明：
你安装的是：
sqlite-devel-3.46.1-5.el10_1.x86_64.rpm但是它依赖对应版本的：
sqlite-3.46.1-5.el10_1.x86_64.rpmsqlite-devel 只是开发头文件包，需要 sqlite 主包
1. 查看你当前目录有哪些 rpm
执行：
ls -lh sqlite-rpm/应该至少需要：
sqlite-3.46.1-5.el10_1.x86_64.rpm
sqlite-devel-3.46.1-5.el10_1.x86_64.rpm
sqlite-libs-3.46.1-5.el10_1.x86_64.rpm2. 一起安装（推荐）
如果三个包都有：
rpm -Uvh sqlite-rpm/sqlite*.rpm或者：
rpm -ivh \
sqlite-rpm/sqlite-libs-3.46.1-5.el10_1.x86_64.rpm \
sqlite-rpm/sqlite-3.46.1-5.el10_1.x86_64.rpm \
sqlite-rpm/sqlite-devel-3.46.1-5.el10_1.x86_64.rpm3. 如果没有 sqlite 主包
下载对应版本：
需要：
sqlite-3.46.1-5.el10_1.x86_64.rpm不能装：
sqlite-3.46.1-xxx
sqlite-devel-3.46.1-5.el10_1版本必须完全匹配：
sqlite-devel
|
+-- sqlite = 3.46.1-5.el10_14. 如果只是为了 Python 3.13 编译
你现在的目标应该是解决：
import sqlite3Python 编译时需要：
- sqlite-devel
- sqlite-libs
安装完成检查：
rpm -qa | grep sqlite应该看到：
sqlite-libs-3.46.1-5.el10_1.x86_64
sqlite-3.46.1-5.el10_1.x86_64
sqlite-devel-3.46.1-5.el10_1.x86_645. 验证 sqlite
执行：
sqlite3 --version例如：
3.46.1 2024-08-13 ...6. 重新编译 Python 3.13
如果之前 Python 已经编译过：
cd Python-3.13.5
make clean
./configure \
--prefix=/usr/local/python-3.13.5 \
--enable-optimizations
make -j$(nproc)
make install验证：
/usr/local/python-3.13.5/bin/python3.13 -c "import sqlite3; print(sqlite3.sqlite_version)"你现在先执行：
ls -lh sqlite-rpm/把输出贴出来，我可以告诉你缺哪个 rpm。你这个包看起来像 EL10（Alinux 3兼容 EL10）包混入了，可能还需要检查系统版本匹配
**四、**重新编译后还是报错No module named '_sqlite3'
/usr/local/python-3.13.5/bin/python3.13 -c "import sqlite3; print(sqlite3.sqlite_version)" Traceback (most recent call last): File "<string>", line 1, in <module> import sqlite3; print(sqlite3.sqlite_version) ^^^^^^^^^^^^^^ File "/usr/local/python-3.13.5/lib/python3.13/sqlite3/init.py", line 57, in <module> from sqlite3.dbapi2 import * File "/usr/local/python-3.13.5/lib/python3.13/sqlite3/dbapi2.py", line 27, in <module> from _sqlite3 import * ModuleNotFoundError: No module named '_sqlite3'
现在这个报错：
ModuleNotFoundError: No module named '_sqlite3'说明 Python 3.13 编译时没有检测到 SQLite 开发库，所以没有编译 _sqlite3 扩展模块
虽然你现在系统里可能已经安装了 sqlite-devel，但是之前编译生成的 Python 不会自动重新链接，需要确认开发文件和重新 configure
1. 先确认 sqlite-devel 是否真的安装成功
执行：
rpm -qa | grep sqlite应该至少有：
sqlite-3.46.1-5.el10_1.x86_64
sqlite-libs-3.46.1-5.el10_1.x86_64
sqlite-devel-3.46.1-5.el10_1.x86_642. 检查 sqlite 头文件
Python 编译需要：
ls -l /usr/include/sqlite3.h正常：
-rw-r--r-- 1 root root xxxx /usr/include/sqlite3.h如果不存在：
rpm -ql sqlite-devel | grep sqlite3.h看它安装到了哪里
3. 清理旧 Python 编译缓存（关键）
进入 Python 源码目录：
例如：
cd /root/Python-3.13.5执行：
make clean或者更彻底：
make distclean4. 重新 configure，并指定 SQLite 路径
建议：
./configure \
--prefix=/usr/local/python-3.13.5 \
--enable-optimizations \
CPPFLAGS="-I/usr/include" \
LDFLAGS="-L/usr/lib64"重点看输出：
应该出现：
checking for sqlite3.h... yes
checking for sqlite3_libversion... yes5. 编译安装
make -j$(nproc)
make install6. 检查 _sqlite3.so
安装后：
find /usr/local/python-3.13.5 -name "*sqlite*"正常应该看到：
/usr/local/python-3.13.5/lib/python3.13/lib-dynload/_sqlite3.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so如果没有，说明编译阶段仍然没找到 sqlite
7. 验证
/usr/local/python-3.13.5/bin/python3.13 \
-c "import sqlite3; print(sqlite3.sqlite_version)"正常：
3.46.18. 如果还是没有 _sqlite3
检查 configure 日志：
grep -i sqlite config.log重点看：
checking for sqlite3.h
checking for sqlite3_libversion9. Alinux 3 特殊情况
你现在的包：
sqlite-devel-3.46.1-5.el10_1.x86_64看名字是 EL10 系列包
而 Alinux 3 很可能基于：
- Alibaba Cloud Linux 3
- EL8兼容
可能导致：
- sqlite-devel 安装了
- 头文件存在
- 但是库路径/ABI不匹配
检查：
cat /etc/os-release以及：
rpm -E %rhel如果返回：
8而你装的是：
el10建议换成 Alinux 3 对应的：
sqlite-devel-3.x.x.el8.x86_64否则 Python 编译可能无法正确链接
你现在先贴这三个输出，我可以直接判断是哪一步：
cat /etc/os-release
rpm -qa | grep sqlite
grep -i sqlite config.log | tail -20尤其第三个，可以直接看到 Python 为什么跳过 _sqlite3
五、rpm -ql sqlite-devel | grep sqlite3.h查询为空
root@......# cat /etc/os-release NAME="Alibaba Cloud Linux" VERSION="V3" ID="alinux" ID_LIKE="anolis" VERSION_ID="3" VARIANT="Pro Edition" VARIANT_ID="pro" ALINUX_MINOR_ID="2104" ALINUX_UPDATE_ID="9" PLATFORM_ID="platform:al8" PRETTY_NAME="Alibaba Cloud Linux V3" PRETTY_NAME_ZH="阿里云服务器操作系统 V3" ANSI_COLOR="0;31" HOME_URL="https://www.aliyun.com/" BUG_REPORT_URL="https://www.aliyun.com/"
root@......# rpm -qa | grep sqlite sqlite-libs-3.26.0-19.al8.x86_64 sqlite-3.26.0-19.al8.x86_64
root@......# grep -i sqlite config.log | tail -20 grep: config.log: No such file or directory
输出已经定位原因了：
根因
你的系统：
Alibaba Cloud Linux V3
platform:al8实际兼容 EL8
当前安装的 SQLite：
sqlite-libs-3.26.0-19.al8.x86_64
sqlite-3.26.0-19.al8.x86_64但是：
rpm -ql sqlite-devel | grep sqlite3.h没有输出
说明：
sqlite-devel 根本没有安装成功
你之前安装的是：
sqlite-devel-3.46.1-5.el10_1.x86_64.rpm这是 EL10 包，不适用于 Alibaba Cloud Linux 3 (EL8兼容)
所以 Python 编译时找不到：
/usr/include/sqlite3.h导致：
_sqlite3.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so没有生成
解决步骤
1. 删除错误的 EL10 sqlite 包（如果装过）
检查：
rpm -qa | grep sqlite目前没有显示 sqlite-devel，所以不用处理
2. 安装 Alinux3 对应 sqlite-devel
你的版本应该使用：
sqlite-devel-3.26.0-19.al8.x86_64而不是：
sqlite-devel-3.46.1-5.el10_1.x86_64如果 yum 仓库恢复：
yum install sqlite-devel应该安装：
sqlite-devel-3.26.0-19.al8.x86_643. 如果 yum 仍然无法访问阿里源，离线下载正确版本
找：
sqlite-devel-3.26.0-19.al8.x86_64.rpm不要下载：
el10_1安装：
rpm -ivh sqlite-devel-3.26.0-19.al8.x86_64.rpm确认：
rpm -ql sqlite-devel | grep sqlite3.h应该出现：
/usr/include/sqlite3.h同时：
rpm -ql sqlite-devel | grep libsqlite应该看到：
/usr/lib64/libsqlite3.so4. 重新编译 Python 3.13
进入 Python 源码目录：
例如：
cd /root/Python-3.13.5清理：
make distclean重新配置：
./configure \
--prefix=/usr/local/python-3.13.5 \
--enable-optimizations注意检查输出：
应该有：
checking for sqlite3.h... yes
checking for sqlite3_libversion... yes然后：
make -j$(nproc)
make install5. 验证
检查模块：
find /usr/local/python-3.13.5 \
-name "_sqlite3*.so"正常：
/usr/local/python-3.13.5/lib/python3.13/lib-dynload/_sqlite3.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so测试：
/usr/local/python-3.13.5/bin/python3.13 \
-c "import sqlite3;print(sqlite3.sqlite_version)"输出：
3.26.0额外建议
Python 3.13 官方建议 SQLite >= 3.15，你当前：
sqlite 3.26.0满足要求，可以正常使用
你现在关键动作只有一个：
yum install sqlite-devel但因为你的 yum 源访问超时，需要先解决 repo，或者找：
sqlite-devel-3.26.0-19.al8.x86_64.rpm不要再使用：
sqlite-devel-3.46.1-5.el10_1.x86_64.rpm这个包属于 EL10，会导致你的 Alinux3 Python 编译环境不一致
六、make error
make error 0:02:35 load avg: 2.75 39/43 test_struct 0:02:37 load avg: 2.75 39/43 test_struct passed 0:02:37 load avg: 2.75 40/43 test_tabnanny 0:02:38 load avg: 2.75 40/43 test_tabnanny passed 0:02:38 load avg: 2.75 41/43 test_time 0:02:41 load avg: 2.53 41/43 test_time passed 0:02:41 load avg: 2.53 42/43 test_xml_etree 0:02:43 load avg: 2.53 42/43 test_xml_etree passed 0:02:43 load avg: 2.53 43/43 test_xml_etree_c 0:02:45 load avg: 2.48 43/43 test_xml_etree_c passed Total duration: 2 min 45 sec Total tests: run=9,145 failures=3 skipped=195 Total test files: run=43/43 failed=1 skipped=2 Result: FAILURE make: *** Makefile:883: profile-run-stamp Error 2
这不是普通 make 编译错误，而是因为执行了：
./configure --enable-optimizations触发了 Python PGO（Profile Guided Optimization）编译流程
错误位置：
make: *** [Makefile:883: profile-run-stamp] Error 2说明：
- 第一阶段 Python 已经编译成功；
- PGO 阶段运行测试失败；
- 导致整个
make失败
从日志：
Total tests: run=9,145 failures=3 skipped=195
Total test files: run=43/43 failed=1
Result: FAILURE需要找到具体失败的 3 个测试
1. 先找到失败测试名称
在 Python 源码目录执行：
cd Python-3.13.5查看：
grep -R "FAIL" build/*/test_python* 2>/dev/null或者：
find . -name "*.log" | grep test也可以重新跑：
make test它会显示具体：
例如：
FAIL: test_xxx2. 推荐生产服务器不要开启 PGO
你的场景：
- Alibaba Cloud Linux 3
- Python 3.13.5
- 服务运行环境
没有必要：
--enable-optimizations这个主要用于 Python 官方 benchmark
直接关闭即可
3. 重新编译（推荐）
清理：
make distclean重新：
./configure \
--prefix=/usr/local/python-3.13.5 \
--with-ensurepip=install不要：
--enable-optimizations然后：
make -j$(nproc)
make install4. 验证 sqlite 模块
编译完成后：
/usr/local/python-3.13.5/bin/python3.13 \
-c "import sqlite3;print(sqlite3.sqlite_version)"应该：
3.26.0检查：
/usr/local/python-3.13.5/bin/python3.13 -m pip --version5. 如果你坚持 PGO
需要看失败测试：
执行：
make profile-opt V=1或者：
./python -m test -j0找：
FAILED test_xxx常见原因：
Alibaba Cloud Linux 3 常见：
- openssl版本
- libuuid
- timezone数据
- 容器限制
- 内核特性
- 禁止 ptrace
- CPU指令集
6. 你的情况我建议
直接：
make distclean
./configure \
--prefix=/usr/local/python-3.13.5 \
--with-lto=no \
--with-ensurepip=install
make -j$(nproc)
make install然后：
python3.13 -c "import sqlite3"你的核心问题是 _sqlite3，不是 Python 性能优化
另外建议确认一下：
rpm -ql sqlite-devel | grep sqlite3.h现在应该必须看到：
/usr/include/sqlite3.h如果这个已经有，重新编译后 _sqlite3 就会生成
七、最终解决方案
7.1 下载依赖包
sqlite-autoconf-3240000.tar.gz、sqlite-devel-3.46.1-5.el10_1.x86_64.rpm
7.2 编译安装sqlite
rpm -qa | grep sqlite
正常应该显示
-
编译安装python3.13.5
./configure
--prefix=/usr/local/python-3.13.5
--with-ensurepip=installmake -j$(nproc)
make install
验证 sqlite 模块
编译完成后：
/usr/local/python-3.13.5/bin/python3.13 \
-c "import sqlite3;print(sqlite3.sqlite_version)"应该：
3.26.0
检查：
/usr/local/python-3.13.5/bin/python3.13 -m pip --version