eDNA常用的基因片段

脊椎动物主要有什么基因组?

对脊椎动物而言,主要有两套基因组:

如果扩展到其他生物,植物和许多藻类还有叶绿体(质体)基因组,因此通常具有核、线粒体和叶绿体三套基因组。

细菌没有细胞核,也没有线粒体;其遗传信息主要位于细菌染色体 ,部分还具有独立的质粒。

与你的eDNA研究相关的标记可以这样区分:

  • 12S、动物线粒体16S、COI:来自线粒体基因组。
  • 18S、ITS :来自真核生物的核基因组。
  • 植物trnL、rbcL、matK:来自叶绿体基因组。

注意:细菌16S与动物线粒体16S不是同一个检测对象,虽然名称相似,但使用的引物和监测类群不同。


线粒体基因组由哪些基因片段组成?

脊椎动物 中,典型线粒体基因组由 13个蛋白质编码基因、2个核糖体RNA基因、22个转运RNA基因,以及非编码区域组成。

COI 属于蛋白质编码基因 、12S rRNA、16S rRNA属于核糖体RNA基因 。


常用脊椎动物基因片段的长度

脊椎动物线粒体完整的基因序列,其长度:

常用的脊椎动物引物

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