技术栈
rna-seq
问组生物
8 天前
数据分析
·
数据可视化
·
生信分析
·
科研绘图
·
测序
·
基因注释
·
rna-seq
测序公司给的分析报告中为什么没有Ensembl GTF注释版本？
导读：在做RNA-seq等测序分析时，通常会用到Ensembl的GTF基因注释文件，它有不同的版本。我们调研了十几家测序公司的报告，令人惊讶的是，在报告中明确说明GTF版本的公司几乎没有，甚至个别公司连基因组版本都没有明确说明。本文以human为例，比较了不同版本GTF所包含的基因情况，以帮助大家更好地理解基因注释的变化。
爱基百客
4 个月前
atac-seq
·
转录因子
·
rna-seq
如何精准锁定那些“说了算”的关键转录因子？
转录因子在转录调控中扮演着至关重要的角色。它们是能够与特定DNA序列结合的蛋白质，从而调节基因的表达。通过与启动子或增强子区域的结合，转录因子能够开启或抑制目标基因的转录过程。这一机制不仅在细胞类型的分化、发育过程中起着关键作用，还对细胞对外界环境变化的响应至关重要。
陈天白
6 个月前
r语言
·
生物信息学
·
rna-seq
RNA-seq分析之最佳cutoff（TCGA版）
原理是依据生存数据来区分基因高低表达的阈值，用来判别基因高表达组和低表达组挺好用的，还有个数据库专门做这个PrognoScan: A new database for meta-analysis of the prognostic value of genes.
我是有底线的