rna-seq

Cell项目文章 | 叶绿体如何“断电保命“：RAF3/6双激酶模块平衡光合产能与低温抗性叶绿体既是光合作用和能量生产的中心，也是植物应对环境胁迫的重要调控节点。低温会限制植物的代谢和能量利用，但光能吸收仍可能持续，造成能量供需失衡，增加光抑制和氧化损伤风险。过去的研究已经发现，植物可以通过非光化学淬灭、循环电子流、活性氧清除等方式保护叶绿体，也知道叶绿体能够向细胞核发送“逆行信号”，调整核基因表达。但仍有一个关键问题：叶绿体外部的低温信息，如何进入叶绿体，并进一步协调光合装置调整和核内抗冷反应？

单细胞转录组联合线粒体突变追踪识别白血病干细胞的研究人体内细胞更新率较高的组织，如造血系统或消化道系统，依赖于各自的成体干细胞维持持续的再生能力。然而，这些细胞可能发生突变，进而驱动癌症的发生与发展。肿瘤干细胞（Cancer stem cells, CSCs）在其中发挥关键作用，并且是导致疾病复发的重要驱动因素。由于肿瘤干细胞通常具有较低的分裂频率，使其成为临床治疗中难以有效靶向的细胞群体。因此，亟需开发能够可靠识别肿瘤干细胞的工具与方法。

Hortic. Plant J（IF=6.2）| DAP-seq和RNA-seq联合助力揭示SmBBX22调控茄子花青素合成的分子机制茄子作为重要的经济作物，其果实及器官富含花青素，具有较高的营养价值和产业价值。B-box（BBX）转录因子是植物中广泛存在的锌指蛋白，在植物生长发育（如开花、光形态建成）、花青素合成及胁迫响应等过程中发挥关键调控作用，已在拟南芥、番茄、苹果等多种植物中得到深入研究，但茄子中BBX基因家族的系统鉴定、特征分析及功能机制研究仍较为匮乏。

测序公司给的分析报告中为什么没有Ensembl GTF注释版本？导读：在做RNA-seq等测序分析时，通常会用到Ensembl的GTF基因注释文件，它有不同的版本。我们调研了十几家测序公司的报告，令人惊讶的是，在报告中明确说明GTF版本的公司几乎没有，甚至个别公司连基因组版本都没有明确说明。本文以human为例，比较了不同版本GTF所包含的基因情况，以帮助大家更好地理解基因注释的变化。

如何精准锁定那些“说了算”的关键转录因子？转录因子在转录调控中扮演着至关重要的角色。它们是能够与特定DNA序列结合的蛋白质，从而调节基因的表达。通过与启动子或增强子区域的结合，转录因子能够开启或抑制目标基因的转录过程。这一机制不仅在细胞类型的分化、发育过程中起着关键作用，还对细胞对外界环境变化的响应至关重要。

RNA-seq分析之最佳cutoff（TCGA版）原理是依据生存数据来区分基因高低表达的阈值，用来判别基因高表达组和低表达组挺好用的，还有个数据库专门做这个PrognoScan: A new database for meta-analysis of the prognostic value of genes.

我是有底线的