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5 小时前

Amber分子动力学模拟5.1: 蛋白结构准备的一般流程和关键注意事项在使用 Amber（特别是 AMBER force field + sander/pmemd/ambertools）进行分子动力学（MD）模拟前，蛋白结构的准备是关键的第一步。Amber 本身不直接提供图形化建模工具，但通过其配套软件包 AmberTools（尤其是 tleap、pdb4amber、antechamber 等）可系统化完成蛋白结构的清洗、补全、质子化、拓扑与坐标文件生成。