药物设计

wufeil1 个月前
深度学习·分子生成·药物设计
相互作用感知的 3D 分子生成 VAE 模型 - DeepICL 评测DeepICL 是一个基于相互作用感知的 3D 分子生成模型,能够在目标结合口袋内进行相互作用引导的小分子设计。DeepICL 通过利用蛋白质-配体相互作用的普遍模式作为先验知识,在有限的实验数据下也能实现高度的泛化能力。
Blockbuater_drug8 个月前
linux·数据库·cnn·开源·分子生成·药物设计·deepfrag
机器学习开源分子生成系列(1)-DeepFrag的本地部署及使用本文提供了开源程序DeepFrag的在本地conda版本的部署及使用方法,满足用户避免数据上传到web app使用。
Blockbuater_drug8 个月前
linux·数据库·c++·开源软件·药物设计·分子对接·rdock
开源分子对接程序rDock使用方法(1)-Docking in 3 stepsrDock是一个快速、多功能的开源对接程序,可用于将小分子配体与蛋白质或核酸受体的对接;选用不同的对接模式可以完成考虑受体结合水的分子对接(Docking with explicit waters)以及药效团限制性对接(Docking with pharmacophore restraints),也可以用来做高通量虚拟筛选(HTVS)。 本文介绍 rDock用于受体-配体的标准对接(Docking in 3 steps),为研究其他模式下的分子对接做准备。
Blockbuater_drug8 个月前
文件格式·药物设计·mol2·化学结构·计算化学
化学分子Mol2文件格式与使用注意事项Mol2格式文件是一个ASCII 文件,由Tripos公司编制的用于表示化学分子的文件格式,在其药物设计软件套装SYBYL中使用。
Blockbuater_drug8 个月前
linux·ubuntu·开源软件·药物设计·分子对接·虚拟筛选
开源分子对接程序rDock的安装及使用流程本文介绍开源分子对接程序rDock在Linux Ubuntu 22.04系统上的conda安装、编译安装过程及程序使用流程。
wufeil10 个月前
深度学习·stable diffusion·分子生成·药物设计
Stable Diffusion架构的3D分子生成模型 GeoLDM - 测评与代码解析之前,向大家介绍过3D分子生成模型 GeoLDM。GeoLDM按照Stable Diffusion架构,将3D分子生成的扩散过程运行在隐空间内,优化了基于扩散模型的分子生成。可能是打开Drug-AIGC的关键之作。让精确控制分子生成有了希望。