药物设计

几何合理的分片段感知的3D分子生成 FragGen - 评测FragGen 来源于 2024 年 3 月 25 日预印本的文章，文章题目是 Deep Geometry Handling and Fragment-wise Molecular 3D Graph Generation，作者是 Odin Zhang，侯廷军，浙江大学药学院。FragGen 是一个基于分子片段的 3D 分子生成模型。类似的，基于分子片段的 3D 分子生成模型，我们曾经介绍过 Flag。

相互作用感知的 3D 分子生成 VAE 模型 - DeepICL 评测DeepICL 是一个基于相互作用感知的 3D 分子生成模型，能够在目标结合口袋内进行相互作用引导的小分子设计。DeepICL 通过利用蛋白质-配体相互作用的普遍模式作为先验知识，在有限的实验数据下也能实现高度的泛化能力。

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机器学习开源分子生成系列(1)-DeepFrag的本地部署及使用本文提供了开源程序DeepFrag的在本地conda版本的部署及使用方法，满足用户避免数据上传到web app使用。

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开源分子对接程序rDock使用方法(1)-Docking in 3 stepsrDock是一个快速、多功能的开源对接程序，可用于将小分子配体与蛋白质或核酸受体的对接；选用不同的对接模式可以完成考虑受体结合水的分子对接（Docking with explicit waters）以及药效团限制性对接（Docking with pharmacophore restraints），也可以用来做高通量虚拟筛选（HTVS）。本文介绍 rDock用于受体-配体的标准对接（Docking in 3 steps），为研究其他模式下的分子对接做准备。

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化学分子Mol2文件格式与使用注意事项Mol2格式文件是一个ASCII 文件，由Tripos公司编制的用于表示化学分子的文件格式，在其药物设计软件套装SYBYL中使用。

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开源分子对接程序rDock的安装及使用流程本文介绍开源分子对接程序rDock在Linux Ubuntu 22.04系统上的conda安装、编译安装过程及程序使用流程。

Stable Diffusion架构的3D分子生成模型 GeoLDM - 测评与代码解析之前，向大家介绍过3D分子生成模型 GeoLDM。GeoLDM按照Stable Diffusion架构，将3D分子生成的扩散过程运行在隐空间内，优化了基于扩散模型的分子生成。可能是打开Drug-AIGC的关键之作。让精确控制分子生成有了希望。