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前言
本文介绍开源分子对接程序rDock在Linux Ubuntu 22.04系统上的conda安装、编译安装过程及程序使用流程。
一、rDock是什么?
rDock来源
rDock是一个快速、多功能的开源对接程序,可用于将小分子与蛋白质和核酸对接。它专为高通量虚拟筛选(HTVS)活动和结合模式预测研究而设计。
rDock开发历史:
rDock程序由RiboTargets(后来的Vernalis(R&D)Ltd)的软件团队于1998年至2006年开发,命名为RiboDock 。
2006年,该软件被授权给约克大学进行维护和分发,改名称为rDock 。
2012年,Vernalis和约克大学同意将该程序作为开源软件发布(rDock )。此版本在GNU-LGPL 3.0版下授权,并得到巴塞罗那大学的支持。
2014年开发一度停滞。2019年,RxTx公司开发了一个rDock分支,命名为RxDock。
rDock的主要组件现在包括针对蛋白质和RNA靶标验证的快速分子间评分功能(范德华、极性、去溶剂化)、基于遗传算法的随机搜索引擎、各种外部基于结构的药物发现(SBDD)衍生的约束条件(tethered模板、药效团、noe距离约束)以及基于遗传编程的新型对接后过滤。提供了各种脚本来执行自动验证实验和启动虚拟筛选活动。
rDock主要用C++编写,辅助脚本和程序用C++、perl或python语言编写。完整的rDock软件包需要不到50 MB的硬盘空间,并且它可以在所有Linux计算机上编译(目前仅限Linux系统)。
由于它的设计和实现,它可以安装在计算集群上,并部署在无限数量的CPU上,使HTVS活动可以在几天内进行。
除了主对接程序外,rDock软件包还提供了一套工具和脚本,以方便输入文件的准备以及结果的后处理和分析,极大地拓展了用户需求:
(1)对接准备:
使用已知的活性区域或用户提供的3D坐标定义结合位点。允许受体中-OH和-NH2侧链旋转。添加明确的溶剂分子和结构水分子。提供药效团约束作为指导对接的范围。
(2)输入文件的预处理
定义用于执行tethered docking的常见配体结构(需要OpenBabel python绑定)。排序、过滤或拆分配体文件以利于并行化。查找HTVS协议以优化计算时间。预先计算网格以减少后续计算时间。
(3)结果的后处理和分析
以表格形式总结结果。排序、筛选、合并或拆分结果文件。使用参考结构计算RMSD,考虑内部对称性(需要OpenBabel python绑定)。
(4)结合模式预测
预测配体如何与给定分子结合。蛋白质的ASTEX非冗余测试集和RNA的DOCK和rDock测试集已用于验证rDock并将其与其他程序进行比较。
(5)HTVS
通过利用计算机的能力,在短时间内运行数百万种化合物。易于在相对无限的CPU中并行化,以优化HTVS运行时间。DUD集已用于验证rDock并将其性能与其他参考对接程序进行比较。
二、rDock两种安装方法
自从2022年以来,可以通过conda由bioconda源安装rDock到conda环境(方式一),如果安装不成功,可以尝试编译安装(方式二)。
为了更好的适配系统运行,建议采用后者方法安装。
安装方式一:通过conda安装
建立conda环境,笔者使用的python版本为3.12.2。
bash
conda create -n rdock_env
进入环境,通过conda安装gcc:
bash
conda activate rdock_env
conda install gcc=13 -c conda-forge
#以上不成功,可以尝试:
conda install conda-forge::libgcc-ng
通过conda安装rdock:
bash
conda install acellera::rdock
#以上不成功,可以尝试
conda install -c bioconda rdock
安装方式二:rDock编译安装
1. 安装前准备
rDock是作为源代码提供的,所以必须在使用它之前编译二进制文件。rDock主要是在Linux操作系统上开发的,最近使用的是在openSuSE 11.3下的GNU g++编译器。几乎不需要修改,这些代码可以在其他Linux发行版下编译和运行。
截至2013年11月,它已经在32位和64位系统架构的最新Ubuntu和openSuSE版本中进行了测试,并且可以在不修改任何代码的情况下编译。
安装需要的包
在安装之前,请确保您的计算机上安装了以下软件包。
bash
sudo apt update
sudo apt install gcc g++ make git libcppunit-dev csh build-essential
2. 下载安装包及安装
下载最新版的rDock,安装步骤如下(/path/to/install/rDock):
bash
git clone https://github.com/CBDD/rDock.git
cd rDock
make
make test
make PREFIX=/path/to/install/rDock install
3. 设置环境变量并生效
打开 ~/.bashrc, 添加以下内容:
bash
export RBT_ROOT=/path/to/install/rDock
export PATH=$RBT_ROOT/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$RBT_ROOT/lib:$LD_LIBRARY_PATH
运行source ~/.bashrc,使环境变量生效。
三、 rDock使用流程
rDock 的基本对接步骤包括3步:定义对接体系、产生对接位点和分子对接。
Step 1. 通过prm文件定义对接体系
以下是ASTEX数据集的.prm文件示例:
bash
RBT_PARAMETER_FILE_V1.00
TITLE 1sj0_ASTEX
RECEPTOR_FILE 1sj0_rdock.mol2
RECEPTOR_FLEX 3.0
##################################################################
### CAVITY DEFINITION: REFERENCE LIGAND METHOD
##################################################################
SECTION MAPPER
SITE_MAPPER RbtLigandSiteMapper
REF_MOL 1sj0_ligand.sd
RADIUS 6.0
SMALL_SPHERE 1.0
MIN_VOLUME 100
MAX_CAVITIES 1
VOL_INCR 0.0
GRIDSTEP 0.5
END_SECTION
################################################################
# CAVITY DEFINITION: TWO SPHERES METHOD
################################################################
#SECTION MAPPER
# SITE_MAPPER RbtSphereSiteMapper
##HETATM 2815 O HOH 756 37.266 -20.992 -4.910 0.90 24.86 1CSE2940
# CENTER (7.185,8.250,22.649)
# RADIUS 15.0
# SMALL_SPHERE 1.5
# LARGE_SPHERE 6.0
# MAX_CAVITIES 1
#END_SECTION
#################################
#CAVITY RESTRAINT PENALTY
#################################
SECTION CAVITY
SCORING_FUNCTION RbtCavityGridSF
WEIGHT 1.0
END_SECTION
#################################
## PHARMACOPHORIC RESTRAINTS
#################################
#SECTION PHARMA
# SCORING_FUNCTION RbtPharmaSF
# WEIGHT 1.0
# CONSTRAINTS_FILE pharma_cdk2.const
# OPTIONAL_FILE optional.const
# NOPT 3
# WRITE_ERRORS TRUE
#END_SECTION
将以上内容保存为.prm文件,受体结构mol 2文件为1sj0_rdock.mol2,结合位点配体文件为1sj0_ligand.sd。
注意事项:
必须对受体".mol2"文件进行质子化、加电荷。选择什么样的软件来处理取决于用户。作为建议,通常使用MOE或者Maestro。
Step 2. 产生对接位点
以上文件准备就绪,rbcavity命令将可用于生成对接空腔:
bash
rbcavity -W -d -r <PRMFILE>
使用-d参数将生成网格".grd"文件。该文件可以在pymol中查看:
bash
pymol<RECEPTOR>. mol 2<LIGAND>.sd<GRID>.grd
在命令行输入以下:
bash
isomesh cavity, <GRID>.grd, 0.99
Step 3. 分子对接
定义并生成空腔后,可以使用以下命令直接运行,对每个配体运行50次的rDock:
注意事项:
".prm"文件、受体、参比配体和".as"腔体文件必须位于工作目录中或由环境变量"RBT_HOME"指向的文件夹。
bash
rbdock -i <INPUT>.sd -o <OUTPUT> -r <PRMFILE> -p dock.prm -n 50
总结
本文介绍了rDock的两种安装方式及使用流程,为开始使用rDock的朋友提供参考以及快速入门指导。
后续系列文章将结合案例详细介绍rDock使用。
欢迎感兴趣的朋友留言讨论,批评指正。
参考资料
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