分子对接

网络药理学之薛定谔Schrödinge Maestro：6、分子对接（Glide、Ligand docking）和可视化本人是win11，薛定谔版本是12.9。官网：https://www.schrodinger.com/ 本篇文章的示例大分子蛋白PDB ID为4KNN，小分子配体的MOL ID为MOL004004。本文部分图源来自知乎https://zhuanlan.zhihu.com/p/416698194，推荐为原作者贡献阅读量捏。

网络药理学：分子对接之一：macos上MOE和Autodock和PyMol和gromacs的下载、PDB数据库使用、gromacs能量最小化别想了，要钱的。而且不算是主流软件，过。下载地址：https://autodock.scripps.edu/download-autodock4/

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开源分子对接程序rDock使用方法(1)-Docking in 3 stepsrDock是一个快速、多功能的开源对接程序，可用于将小分子配体与蛋白质或核酸受体的对接；选用不同的对接模式可以完成考虑受体结合水的分子对接（Docking with explicit waters）以及药效团限制性对接（Docking with pharmacophore restraints），也可以用来做高通量虚拟筛选（HTVS）。本文介绍 rDock用于受体-配体的标准对接（Docking in 3 steps），为研究其他模式下的分子对接做准备。

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UCSF DOCK 分子对接详细案例（03）-分子从头设计de novo Design本文是UCSF DOCK的使用案例分享，包括DOCK 6.11的de novo Design 模块包含的三项功能：（1）Generic de novo design （2）De Novo Refinement （3）用户自定义生成片段库并实现Focused De Novo Design

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开源分子对接程序rDock的安装及使用流程本文介绍开源分子对接程序rDock在Linux Ubuntu 22.04系统上的conda安装、编译安装过程及程序使用流程。