分子对接

鸡鸭扣3 个月前
macos·分子对接·pymol·autodock·pdb数据库·网络药理学
网络药理学:分子对接之一:macos上MOE和Autodock和PyMol和gromacs的下载、PDB数据库使用、gromacs能量最小化别想了,要钱的。而且不算是主流软件,过。下载地址:https://autodock.scripps.edu/download-autodock4/
Blockbuater_drug8 个月前
linux·数据库·c++·开源软件·药物设计·分子对接·rdock
开源分子对接程序rDock使用方法(1)-Docking in 3 stepsrDock是一个快速、多功能的开源对接程序,可用于将小分子配体与蛋白质或核酸受体的对接;选用不同的对接模式可以完成考虑受体结合水的分子对接(Docking with explicit waters)以及药效团限制性对接(Docking with pharmacophore restraints),也可以用来做高通量虚拟筛选(HTVS)。 本文介绍 rDock用于受体-配体的标准对接(Docking in 3 steps),为研究其他模式下的分子对接做准备。
Blockbuater_drug8 个月前
数据库·分子生成·分子对接·dock·从头设计·片段库生成
UCSF DOCK 分子对接详细案例(03)-分子从头设计de novo Design本文是UCSF DOCK的使用案例分享,包括DOCK 6.11的de novo Design 模块包含的三项功能: (1)Generic de novo design (2)De Novo Refinement (3)用户自定义生成片段库并实现Focused De Novo Design
Blockbuater_drug8 个月前
linux·ubuntu·开源软件·药物设计·分子对接·虚拟筛选
开源分子对接程序rDock的安装及使用流程本文介绍开源分子对接程序rDock在Linux Ubuntu 22.04系统上的conda安装、编译安装过程及程序使用流程。