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单细胞分析
Biomamba生信基地
3 小时前
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生物信息学
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单细胞分析
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空间转录组
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细胞图谱
空间图谱+注释工具= 《ADVANCED SCIENCE》
六一新鲜发表的一篇《AS》,与一般的图谱类文章不同,本文的生物学意义立足于视网膜动脉阻塞(RAO),以我们教学过的SeekSpace和Stereo-seq为测试数据,开发了ASCAL(Automated Single-Cell Annotation and Localization)并构建了一个小鼠全眼单细胞空间图谱,精确绘制睫状体和视网膜上的细胞类型。关键结论:RAO模型中神经节细胞层(GCL)中显著的空间免疫激活,并通过免疫荧光染色进一步验证。
Biomamba生信基地
6 天前
生物信息学
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单细胞分析
fastXXX、rapidXXX系列加速你的单细胞数据分析
最近发现很多带有FastXXX、RapidXXX字符的单细胞分析工具上架,顾名思义,这类工具能够以不同数量级的速度完成原有的单细胞分析。例如FastCCC,利用包含1600万个细胞、450种细胞类型的数据作为参考模板快速获取细胞通讯的计算结果。
Biomamba生信基地
15 天前
生物信息学
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单细胞分析
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空间转录组
保姆级教空间转录组分析| 01. 绪论
B站(已更新10集):https://www.bilibili.com/video/BV181wezqEgK/
dundunmm
2 年前
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单细胞分析
论文阅读:scMGCA----模型方法
Yu, Z., Su, Y., Lu, Y. et al. Topological identification and interpretation for single-cell gene regulation elucidation across multiple platforms using scMGCA. Nat Commun 14, 400 (2023). https://doi.org/10.1038/s41467-023-36134-7
我是有底线的