GATK BaseRecalibratorSpark 过程中因Too many open files终止

Error：

GATK BaseRecalibratorSpark 过程中因Too many open files终止

执行命令：

nohup time ./gatk --java-options "-Xmx16G" BaseRecalibratorSpark -R 
../../alignment/hg38/hg38.fa  -I ../../alignment/bam/P368T.sorted.markdup.bam 
--known-sites ./bundle/1000G_phase1.snps.high_confidence.hg38.vcf.gz 
--known-sites ./bundle/Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg38.vcf.gz 
--known-sites ./bundle/dbsnp_138.hg38.vcf.gz 
-O ../../alignment/bam/P368T.sorted.markdup.recal_data.table 
> ../../alignment/log/P368T_BQSR.log 2>&1 &

日志信息：

错误分析：

GATK 集成的Spark运行过程中会打开多个文件，而我使用的服务器版RStudio的Terminal限制了打开的文件数量最多为4096

可以通过命令 ulimit -n 查看当前用户能打开的最多文件数量。

解决方法：

我使用的服务器给每个用户分配的最多打开文件数量是409600，会出现too many open files是因为RStudio的Terminal限制，所以直接使用ssh连接服务器执行命令既可以解决问题。