生物信息

dundunmm18 天前
论文阅读·深度学习·分类·聚类·生物信息·深度聚类·细胞识别
【论文阅读】Multi-Class Cell Detection Using Spatial Context Representation代码地址:https://github. com/TopoXLab/MCSpatNet在数字病理学中,细胞的检测与分类对于自动化的诊断和预后任务都至关重要。将细胞划分为不同亚型(如肿瘤细胞、淋巴细胞或基质细胞)尤其具有挑战性。现有方法多侧重于单个细胞的形态特征,而在实际操作中,病理学家常常依赖细胞的空间上下文来推断其类别。本文提出了一种新颖的方法,能够同时实现细胞的检测与分类,并明确引入空间上下文信息。我们采用空间统计函数,从多类别和多尺度的角度描述局部密度。通过表征学习与深度聚类技术,我们获得了融合形态
纪伊路上盛名在19 天前
前端·数据库·jupyter·生物信息·基因组·k-mer
jupyter内核崩溃最近在做用k-mer评估基因组规模的任务,其中一个局部程序,想偷懒,直接在jupyter中跑了下结果,想看看这一小步处理如何,结果没想到内核崩溃了!
纪伊路上盛名在1 个月前
开发语言·python·jupyter·r语言·shell·生物信息·效率
python、R、shell兼容1一,兼容方式1,shell中用R、python: (1)python3、R/r(radian)进入(2)脚本封装:命令行或者封装到sh脚本中
HyperAI超神经2 个月前
图像处理·人工智能·深度学习·生物信息·分子模拟·材料计算·vasp
12个HPC教程汇总!从入门到实战,覆盖分子模拟/材料计算/生物信息分析等多个领域在科学研究、工程仿真、人工智能和大数据分析等领域,高性能计算 (High Performance Computing, HPC) 正扮演着越来越重要的角色。它通过并行处理、大规模计算资源的整合,极大提升了计算效率,使原本耗时数日的任务能够在数小时内完成。
面包圈蘸可乐3 个月前
深度学习·学习·生物信息
论文学习:《EVlncRNA-net:一种双通道深度学习方法,用于对实验验证的lncRNA进行准确预测》原文标题:EVlncRNA-net: A dual-channel deep learning approach for accurate prediction of experimentally validated lncRNAs
陆沙3 个月前
linux·centos·aigc·生物信息·生信
centos-LLM-生物信息-BioGPT-使用1参考: GitHub - microsoft/BioGPT https://github.com/microsoft/BioGPT
陆沙3 个月前
linux·人工智能·centos·aigc·生物信息·生信
centos-LLM-生物信息-BioGPT安装参考: GitHub - microsoft/BioGPT https://github.com/microsoft/BioGPT
善木科研4 个月前
数据分析·r语言·生物信息·生信分析
R语言绘图:韦恩图韦恩分析(Venn Analysis)常用于可视化不同数据集之间的交集和并集。维恩图(Venn diagram),也叫文氏图、温氏图、韦恩图、范氏图,用于显示元素集合重叠区域的关系型图表,通过图形与图形之间的层叠关系,来反应数据集之间的相交关系。在 R 语言中,进行韦恩分析(Venn图绘制)可以通过多个不同的包来实现,常用的包括 VennDiagram、venn 和 ggVenn 等。本文案使用ggVenn软件包进行分析。
一穷二白到年薪百万4 个月前
conda·生物信息
【R安装包报错】在conda环境下用R语言命令安装R包报错报错如下: gnu/include/c++/11.2.0/ctime:80:11: error: ‘timespec_get’ has not been declared in ‘::’ 80 | using ::timespec_get; | ^~~~~~~~~~~~ 修改
陆沙6 个月前
数据分析·生物信息·生信
生物信息学导论-北大-RNA-Seq数据分析ref: https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home
tRNA做科研7 个月前
linux·服务器·conda·生物信息学·生物信息·计算生物学·基因组
最新保姆级Linux下安装与使用conda:从下载配置到使用全流程目录1.前言2.什么是conda3.miniconda和anaconda的对比与选择4.安装前需要确认的东西(非常重要)
dundunmm7 个月前
论文阅读·人工智能·数据挖掘·embedding·生物信息·多组学细胞数据·单组学
论文阅读:SIMBA: single-cell embedding along with featuresChen, H., Ryu, J., Vinyard, M.E. et al. SIMBA: single-cell embedding along with features. Nat Methods 21, 1003–1013 (2024).
Red Red10 个月前
开发语言·数据库·笔记·学习·r语言·c#·生物信息
GEO数据库提取疾病样本和正常样本|GEO数据库区分疾病和正常样本|直接用|生物信息|生信这样保存的文件分别就是疾病样本和正常样本了~~~~~~~~有疑问欢迎询问!我会尽可能解答!!!!!!
tRNA做科研10 个月前
linux·运维·服务器·生物信息·计算生物学
Bio-Linux-shell详解-2-基本Shell命令快速掌握Bio-Linux-shell详解-1-从0开始-CSDN博客想了解基本知识可以先看上文,本次我们讲述一些Shell的基本命令。
Red Red10 个月前
数据库·笔记·学习·r语言·生物信息·geo数据库
GEO数据的下载和处理|GEO数据转换为Gene symbol|GEO注释文件提取symbol|查看样本标签|查看GEO数据疾病或正常|生物信息基础数据下载与处理(主要看的这个)-链接 数据处理-链接
图灵生信10 个月前
生物信息
python脚本:输入基因名,通过爬虫的方式获取染色体上的location。python脚本:输入基因名,通过爬虫的方式获取染色体上的location。
Crayon小鱼干1 年前
生物信息·juicer tools·.hic·hic数据·schic·contact matrix·交互矩阵
怎样使用 Juicer tools 的 dump 命令将.hic文件转换为交互矩阵matrix计数文件 (Windows)创作日志: 万恶的生信…一个scHiC数据集没有提供处理好的计数文件,需要从.hic转换。Github一个个好长的文档看了好久才定位到 juicer tools 的dump命令,使用起来比想象中简单。
qq_214782611 年前
机器学习·信息可视化·数据分析·生物信息
新工具:轻松可视化基因组,部分功能超IGV~本次分享一个Python基因组数据可视化工具figeno。figeno擅长可视化三代long reads、跨区域基因组断点视图(multi-regions across genomic breakpoints)、表观组数据(HiC、ATAC-seq和ChIP-seq等)可视化、WGS中的CNV和SV可视化等。
徐洲更hoptop1 年前
生物信息
使用ShinyCell展示你的单细胞数据在我参与发表我的第一篇植物单细胞文章中,我用Shiny开发了一个简单的单细胞可视化网站,目前已经运行了5年了,有上万的访问,唯一的不足就是太简陋。我一直想着能不能找个一个更好的工具进行展示,最近发现了一个工具,ShinyCell,https://github.com/SGDDNB/ShinyCell。
qq_214782611 年前
数据库·python·mysql·信息可视化·数据挖掘·数据分析·生物信息
Python散点图矩阵代码模版本文分享Python seaborn实现散点图矩阵代码模版,节选自👉嫌Matplotlib繁琐?试试Seaborn!