生物信息

【论文阅读】Nonparametric clustering of RNA-sequencing data论文地址：Nonparametric clustering of RNA‐sequencing data (wiley.com)

【论文阅读】Multi-Class Cell Detection Using Spatial Context Representation代码地址：https://github. com/TopoXLab/MCSpatNet在数字病理学中，细胞的检测与分类对于自动化的诊断和预后任务都至关重要。将细胞划分为不同亚型（如肿瘤细胞、淋巴细胞或基质细胞）尤其具有挑战性。现有方法多侧重于单个细胞的形态特征，而在实际操作中，病理学家常常依赖细胞的空间上下文来推断其类别。本文提出了一种新颖的方法，能够同时实现细胞的检测与分类，并明确引入空间上下文信息。我们采用空间统计函数，从多类别和多尺度的角度描述局部密度。通过表征学习与深度聚类技术，我们获得了融合形态

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jupyter内核崩溃最近在做用k-mer评估基因组规模的任务，其中一个局部程序，想偷懒，直接在jupyter中跑了下结果，想看看这一小步处理如何，结果没想到内核崩溃了！

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python、R、shell兼容1一，兼容方式1，shell中用R、python：（1）python3、R/r（radian）进入（2）脚本封装：命令行或者封装到sh脚本中

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12个HPC教程汇总！从入门到实战，覆盖分子模拟/材料计算/生物信息分析等多个领域在科学研究、工程仿真、人工智能和大数据分析等领域，高性能计算 (High Performance Computing, HPC) 正扮演着越来越重要的角色。它通过并行处理、大规模计算资源的整合，极大提升了计算效率，使原本耗时数日的任务能够在数小时内完成。

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论文学习：《EVlncRNA-net：一种双通道深度学习方法，用于对实验验证的lncRNA进行准确预测》原文标题：EVlncRNA-net: A dual-channel deep learning approach for accurate prediction of experimentally validated lncRNAs

centos-LLM-生物信息-BioGPT-使用1参考： GitHub - microsoft/BioGPT https://github.com/microsoft/BioGPT

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R语言绘图：韦恩图韦恩分析（Venn Analysis）常用于可视化不同数据集之间的交集和并集。维恩图（Venn diagram），也叫文氏图、温氏图、韦恩图、范氏图，用于显示元素集合重叠区域的关系型图表，通过图形与图形之间的层叠关系，来反应数据集之间的相交关系。在 R 语言中，进行韦恩分析（Venn图绘制）可以通过多个不同的包来实现，常用的包括 VennDiagram、venn 和 ggVenn 等。本文案使用ggVenn软件包进行分析。

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【R安装包报错】在conda环境下用R语言命令安装R包报错报错如下： gnu/include/c++/11.2.0/ctime:80:11: error: ‘timespec_get’ has not been declared in ‘::’ 80 | using ::timespec_get; | ^~~~~~~~~~~~ 修改

生物信息学导论-北大-RNA-Seq数据分析ref: https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home

最新保姆级Linux下安装与使用conda：从下载配置到使用全流程目录1.前言2.什么是conda3.miniconda和anaconda的对比与选择4.安装前需要确认的东西（非常重要）

论文阅读：SIMBA: single-cell embedding along with featuresChen, H., Ryu, J., Vinyard, M.E. et al. SIMBA: single-cell embedding along with features. Nat Methods 21, 1003–1013 (2024).

GEO数据库提取疾病样本和正常样本|GEO数据库区分疾病和正常样本|直接用|生物信息|生信这样保存的文件分别就是疾病样本和正常样本了~~~~~~~~有疑问欢迎询问！我会尽可能解答！！！！！！

Bio-Linux-shell详解-2-基本Shell命令快速掌握Bio-Linux-shell详解-1-从0开始-CSDN博客想了解基本知识可以先看上文，本次我们讲述一些Shell的基本命令。

GEO数据的下载和处理|GEO数据转换为Gene symbol|GEO注释文件提取symbol|查看样本标签|查看GEO数据疾病或正常|生物信息基础数据下载与处理（主要看的这个）-链接数据处理-链接

python脚本：输入基因名，通过爬虫的方式获取染色体上的location。python脚本：输入基因名，通过爬虫的方式获取染色体上的location。

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怎样使用 Juicer tools 的 dump 命令将.hic文件转换为交互矩阵matrix计数文件 (Windows)创作日志：万恶的生信…一个scHiC数据集没有提供处理好的计数文件，需要从.hic转换。Github一个个好长的文档看了好久才定位到 juicer tools 的dump命令，使用起来比想象中简单。

新工具：轻松可视化基因组，部分功能超IGV～本次分享一个Python基因组数据可视化工具figeno。figeno擅长可视化三代long reads、跨区域基因组断点视图（multi-regions across genomic breakpoints）、表观组数据（HiC、ATAC-seq和ChIP-seq等）可视化、WGS中的CNV和SV可视化等。

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