技术栈
生物信息
tRNA做科研
20 天前
linux
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服务器
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conda
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生物信息学
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生物信息
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计算生物学
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基因组
最新保姆级Linux下安装与使用conda：从下载配置到使用全流程
目录1.前言2.什么是conda3.miniconda和anaconda的对比与选择4.安装前需要确认的东西（非常重要）
dundunmm
1 个月前
论文阅读
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人工智能
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数据挖掘
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embedding
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生物信息
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多组学细胞数据
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单组学
论文阅读：SIMBA: single-cell embedding along with features
Chen, H., Ryu, J., Vinyard, M.E. et al. SIMBA: single-cell embedding along with features. Nat Methods 21, 1003–1013 (2024).
Red Red
3 个月前
开发语言
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数据库
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笔记
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学习
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r语言
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c#
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生物信息
GEO数据库提取疾病样本和正常样本|GEO数据库区分疾病和正常样本|直接用|生物信息|生信
这样保存的文件分别就是疾病样本和正常样本了~~~~~~~~有疑问欢迎询问！我会尽可能解答！！！！！！
tRNA做科研
3 个月前
linux
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运维
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服务器
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生物信息
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计算生物学
Bio-Linux-shell详解-2-基本Shell命令快速掌握
Bio-Linux-shell详解-1-从0开始-CSDN博客想了解基本知识可以先看上文，本次我们讲述一些Shell的基本命令。
Red Red
3 个月前
数据库
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笔记
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学习
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r语言
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生物信息
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geo数据库
GEO数据的下载和处理|GEO数据转换为Gene symbol|GEO注释文件提取symbol|查看样本标签|查看GEO数据疾病或正常|生物信息基础
数据下载与处理（主要看的这个）-链接 数据处理-链接
图灵生信
4 个月前
生物信息
python脚本：输入基因名，通过爬虫的方式获取染色体上的location。
python脚本：输入基因名，通过爬虫的方式获取染色体上的location。
Crayon小鱼干
5 个月前
生物信息
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juicer tools
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.hic
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hic数据
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schic
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contact matrix
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交互矩阵
怎样使用 Juicer tools 的 dump 命令将.hic文件转换为交互矩阵matrix计数文件 (Windows)
创作日志： 万恶的生信…一个scHiC数据集没有提供处理好的计数文件，需要从.hic转换。Github一个个好长的文档看了好久才定位到 juicer tools 的dump命令，使用起来比想象中简单。
qq_21478261
6 个月前
机器学习
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信息可视化
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数据分析
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生物信息
新工具：轻松可视化基因组，部分功能超IGV～
本次分享一个Python基因组数据可视化工具figeno。figeno擅长可视化三代long reads、跨区域基因组断点视图（multi-regions across genomic breakpoints）、表观组数据（HiC、ATAC-seq和ChIP-seq等）可视化、WGS中的CNV和SV可视化等。
徐洲更hoptop
6 个月前
生物信息
使用ShinyCell展示你的单细胞数据
在我参与发表我的第一篇植物单细胞文章中，我用Shiny开发了一个简单的单细胞可视化网站，目前已经运行了5年了，有上万的访问，唯一的不足就是太简陋。我一直想着能不能找个一个更好的工具进行展示，最近发现了一个工具，ShinyCell，https://github.com/SGDDNB/ShinyCell。
qq_21478261
7 个月前
数据库
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python
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mysql
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信息可视化
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数据挖掘
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数据分析
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生物信息
Python散点图矩阵代码模版
本文分享Python seaborn实现散点图矩阵代码模版，节选自👉嫌Matplotlib繁琐？试试Seaborn！
陆沙
7 个月前
开发语言
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生物信息
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gnuplot
gnuplot使用实例
参考： gnuplot demos http://gnuplot.info/screenshots/index.html
丸丸丸子w
9 个月前
生物信息
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kegg
生物信息学 GO、KEGG
b站链接：北大课程 概述了当前生物信息学领域中几个重要的概念和工具，介绍基因本体论（Gene Ontology, GO）、分子通路知识库KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）以及分子通路鉴定和GO注释的过程。 首先从北京大学生物信息学团队的研究工作讲起，解释了基因本体论的框架，它是一套用于表示基因产品属性的控制词汇表。然深入探讨了KEGG数据库如何系统地整合了生物化学通路和分子交互网络的信息。此外，还探讨了GO注释的重要性，它是指将基因本体论的术语分配给
无名草鸟
10 个月前
深度学习
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生物信息
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蛋白质结构预测
【读文献】DynamicBind生成式模型预测蛋白配体复合物
published at nature communication (2024.01.24) code link paper link
qq_21478261
1 年前
开发语言
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python
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jupyter
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信息可视化
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生物信息
Jupyter Notebook又一地理数据可视化扩展！
本次分享一个Jupyter Notebook地理数据可视化扩展：pyl7vppyl7vp=Python+l7vp，如其名，是l7vp在Python3方向的封装，l7vp是蚂蚁集团AntV数据可视化团队开发的地理空间智能应用研发开源平台。
土豆西红柿青椒
1 年前
生物信息
小tips: add pub key to GitHub
这个是工作中经常用到的问题，每次都要搜索，所以现在总结在这里。因为要同步github的代码，又不想每次clone都输入秘密
橙子牛奶糖
1 年前
gwas
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生物信息
GWAS：plink进行meta分析
之前教程提到过Metal是可以做Meta分析，除了Metal，PLINK也可以进行Meta分析。 命令如下所示：
frank_haha
1 年前
人工智能
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神经网络
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生物信息
图神经网络和分子表征：3. 不变网络最后的辉煌
写这篇文章的时候已经是2023年的8月份，GNN for molecule property prediction 这个小领域正在变得火热起来，各大榜单被不断刷新，颇有当年 CNN 刷榜 imagenet 的势头。
骑行去看海
1 年前
linux
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生物信息
GATK BaseRecalibratorSpark 过程中因Too many open files终止
Error： GATK BaseRecalibratorSpark 过程中因Too many open files终止 执行命令：