生物信息

GEO数据库提取疾病样本和正常样本|GEO数据库区分疾病和正常样本|直接用|生物信息|生信这样保存的文件分别就是疾病样本和正常样本了~~~~~~~~有疑问欢迎询问！我会尽可能解答！！！！！！

Bio-Linux-shell详解-2-基本Shell命令快速掌握Bio-Linux-shell详解-1-从0开始-CSDN博客想了解基本知识可以先看上文，本次我们讲述一些Shell的基本命令。

GEO数据的下载和处理|GEO数据转换为Gene symbol|GEO注释文件提取symbol|查看样本标签|查看GEO数据疾病或正常|生物信息基础数据下载与处理（主要看的这个）-链接数据处理-链接

python脚本：输入基因名，通过爬虫的方式获取染色体上的location。python脚本：输入基因名，通过爬虫的方式获取染色体上的location。

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怎样使用 Juicer tools 的 dump 命令将.hic文件转换为交互矩阵matrix计数文件 (Windows)创作日志：万恶的生信…一个scHiC数据集没有提供处理好的计数文件，需要从.hic转换。Github一个个好长的文档看了好久才定位到 juicer tools 的dump命令，使用起来比想象中简单。

新工具：轻松可视化基因组，部分功能超IGV～本次分享一个Python基因组数据可视化工具figeno。figeno擅长可视化三代long reads、跨区域基因组断点视图（multi-regions across genomic breakpoints）、表观组数据（HiC、ATAC-seq和ChIP-seq等）可视化、WGS中的CNV和SV可视化等。

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使用ShinyCell展示你的单细胞数据在我参与发表我的第一篇植物单细胞文章中，我用Shiny开发了一个简单的单细胞可视化网站，目前已经运行了5年了，有上万的访问，唯一的不足就是太简陋。我一直想着能不能找个一个更好的工具进行展示，最近发现了一个工具，ShinyCell，https://github.com/SGDDNB/ShinyCell。

Python散点图矩阵代码模版本文分享Python seaborn实现散点图矩阵代码模版，节选自👉嫌Matplotlib繁琐？试试Seaborn！

gnuplot使用实例参考： gnuplot demos http://gnuplot.info/screenshots/index.html

生物信息学 GO、KEGGb站链接：北大课程概述了当前生物信息学领域中几个重要的概念和工具，介绍基因本体论（Gene Ontology, GO）、分子通路知识库KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）以及分子通路鉴定和GO注释的过程。首先从北京大学生物信息学团队的研究工作讲起，解释了基因本体论的框架，它是一套用于表示基因产品属性的控制词汇表。然深入探讨了KEGG数据库如何系统地整合了生物化学通路和分子交互网络的信息。此外，还探讨了GO注释的重要性，它是指将基因本体论的术语分配给

【读文献】DynamicBind生成式模型预测蛋白配体复合物published at nature communication (2024.01.24) code link paper link

Jupyter Notebook又一地理数据可视化扩展！本次分享一个Jupyter Notebook地理数据可视化扩展：pyl7vppyl7vp=Python+l7vp，如其名，是l7vp在Python3方向的封装，l7vp是蚂蚁集团AntV数据可视化团队开发的地理空间智能应用研发开源平台。

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小tips: add pub key to GitHub这个是工作中经常用到的问题，每次都要搜索，所以现在总结在这里。因为要同步github的代码，又不想每次clone都输入秘密

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GWAS：plink进行meta分析之前教程提到过Metal是可以做Meta分析，除了Metal，PLINK也可以进行Meta分析。命令如下所示：

图神经网络和分子表征：3. 不变网络最后的辉煌写这篇文章的时候已经是2023年的8月份，GNN for molecule property prediction 这个小领域正在变得火热起来，各大榜单被不断刷新，颇有当年 CNN 刷榜 imagenet 的势头。

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GATK BaseRecalibratorSpark 过程中因Too many open files终止Error： GATK BaseRecalibratorSpark 过程中因Too many open files终止执行命令：