区别：
1）首先根据操作系统层次划分，原语和系统调概念强调于不同层次上。
原语属于操作系统，在操作系统面和硬件面之间
系统调用属于操作系统，在用户程序面和操作系统面之间
2）其次术语概念不同。
原语是指一系列原子性的操作/针对硬件的一系列操作，一般的实现是通过指令实现的，比如开关中断，主要强调的是原子性，也就是原子操作。
系统调用强调的是一个接口性的问题，是用户程序和操作系统的接口，是为了获取系统服务而为用户程序提供的接口
3）系统调用强调在核心态执行的os的程序，原语强调是操作系统核心态下程序可以调用的小程序，可以直接当成是命令，指令来理解。也可以用大程序和小程序简单理解.
4）原语常驻内存，但是系统调用不是
联系：
1）再者从代码上系统调用是一个程序，本质确实也是指令的集合，这点和原语一致，但这是程序的最基本组成单元，几乎无法再分，所以只能说是二者的联系。
2）都在内核态下才能运行
