R语言进行孟德尔随机化+meta分析(1)---meta分析基础

目前不少文章用到了孟德尔随机化+meta分析,今天咱们也来介绍一下,孟德尔随机化+meta其实主要就是meta分析的过程,提取了孟德尔随机化文章的结果,实质上就是个meta分析,不过多个孟德尔随机化随机化的结果合并更加加强了结果的可靠性。有部分人可能对meta分析不是很了解,咱们今天先来介绍一下meta分析基础,为下一讲孟德尔随机化+meta分析做准备。

R语言进行进行meta分析咱们就做最基本的部分就行,不必搞得太复杂。咱们先导入数据和R包。很多R包都能做,咱们随便选个meta包就可以了。

r 复制代码
library(meta)
bc<-read.csv("E:/r/test/senlintu1.csv",sep=',',header=TRUE)
names(bc)

这是一个很简单的数据,stud表示研究名称,a为实验组阳性人数,b为实验组总人数,c为对照组阳性人数,d为对照组总人数(公众号回复:森林图数据1,可以获得数据)。

咱们先来看下函数格式event.e就是实验组阳性人数,n.e,实验组总人数,event.c对照组阳性人数,n.c对照组总人数,data就是你的数据,studlab填入其他的项目,method这里选"Inverse"倒方差的方法就可以了,sm这里填入结果类型,如果你需要的是OR的结果就填入OR

r 复制代码
metabin(event.e, n.e, event.c, n.c, data,studlab = paste(), sm, method = "Inverse")

先生成meta分析结果,就按顺序把结果填进去就可以了

r 复制代码
out<-metabin(event.e=a, n.e=b,event.c=c,n.c=d,data=bc,sm="OR",studlab = paste(study),
        method = "Inverse")

直接填进去也是可以的,这样方便点

r 复制代码
out<-metabin(a,b,c,d,data=bc,sm="OR",studlab = paste(study),
             method = "Inverse")

解析结果

r 复制代码
summary(out)

我简单解析一下,这类教程网络多得是,可以百度一下。先看异质性,如果有异质性应需用随机效应模型,否则可选用固定效应模型。我们这里选择随机效应模型。

我这里异质性I89.9%挺大的,我们可以使用剔除法来观察剔除单个观察后的异质性,我这里随便举例,假如我剔除第一个

先加个ID

r 复制代码
bc$id<-1:13

删除第一项我们可以使用亚组函数subset来控制,使得subset=id>2就可以了

r 复制代码
out<-metabin(a,b,c,d,data=bc,sm="OR",studlab = paste(study),
             method = "Inverse",common=F,subset=id>2)
summary(out)

可以看到异质性较前下降了一点,接下来就可以绘制森林图了

r 复制代码
out<-metabin(a,b,c,d,data=bc,sm="OR",studlab = paste(study),
             method = "Inverse",common=F)

forest(out)

所有结果都可以在图上找到,结果主要是看最后的综合结果,我这里的OR是2.09.接下来做偏倚检查,主要是漏斗图和Egger法

漏斗图,比较理想的漏斗图应该是散点对称分布

r 复制代码
funnel(out)

Egger法,P值大于0.05说明没有偏倚,还给出了参考文献

r 复制代码
metabias(out,method.bias="Egger")

这里还有一个peters法,参考文献是篇JAMA的文章,应该也是蛮靠谱的

r 复制代码
metabias(out,method.bias="peters")

这里简单的介绍了一下meta分析的操作,肯定没有别人专门将meta分析的详细,如果想进行孟德尔随机化+meta分析最好去补一补meta分析的知识。

相关推荐
神仙别闹4 小时前
基于 C++ 实现(控制台)学生成绩管理系统
开发语言·c++
伞伞悦读4 小时前
【第36期】Python 目录与路径详解:pathlib、文件遍历、创建、复制、移动和删除风险
开发语言·python
2601_966949657 小时前
只拿到股票代码还不够:量化程序到底还需要哪些标的信息?——从数据建模开始理解股票元数据
开发语言·python·数据分析·pandas·量化交易·股票数据·quantdash
m0_734571767 小时前
深入理解5g <十八>传输块tbsize的计算
开发语言·5g
RAN11426760089 小时前
1.3第一个程序的介绍
开发语言·qt
blue_ice .9 小时前
Verilog DDS 数字信号发生器:DAC 输出模拟波形与 ADC 回采观测
开发语言·单片机·嵌入式硬件·fpga开发
远翔调光芯片^1382879887210 小时前
ECP5702能芯科技PD取电芯片在市场上的优势有哪些?
开发语言·人工智能·单片机·嵌入式硬件·智能家居
泡海椒11 小时前
规则引擎对比:JQuick-Java vs Drools 轻量场景选型对比
java·开发语言
泡泡鱼(敲代码中)11 小时前
Python 容器类型学习笔记:列表、元组、字典、集合
开发语言·笔记·python·pycharm
2501_9336707911 小时前
平台招商运营校招能力模型:数据分析、SQL与增长场景拆解
开发语言