R语言进行孟德尔随机化+meta分析(1)---meta分析基础

目前不少文章用到了孟德尔随机化+meta分析,今天咱们也来介绍一下,孟德尔随机化+meta其实主要就是meta分析的过程,提取了孟德尔随机化文章的结果,实质上就是个meta分析,不过多个孟德尔随机化随机化的结果合并更加加强了结果的可靠性。有部分人可能对meta分析不是很了解,咱们今天先来介绍一下meta分析基础,为下一讲孟德尔随机化+meta分析做准备。

R语言进行进行meta分析咱们就做最基本的部分就行,不必搞得太复杂。咱们先导入数据和R包。很多R包都能做,咱们随便选个meta包就可以了。

r 复制代码
library(meta)
bc<-read.csv("E:/r/test/senlintu1.csv",sep=',',header=TRUE)
names(bc)

这是一个很简单的数据,stud表示研究名称,a为实验组阳性人数,b为实验组总人数,c为对照组阳性人数,d为对照组总人数(公众号回复:森林图数据1,可以获得数据)。

咱们先来看下函数格式event.e就是实验组阳性人数,n.e,实验组总人数,event.c对照组阳性人数,n.c对照组总人数,data就是你的数据,studlab填入其他的项目,method这里选"Inverse"倒方差的方法就可以了,sm这里填入结果类型,如果你需要的是OR的结果就填入OR

r 复制代码
metabin(event.e, n.e, event.c, n.c, data,studlab = paste(), sm, method = "Inverse")

先生成meta分析结果,就按顺序把结果填进去就可以了

r 复制代码
out<-metabin(event.e=a, n.e=b,event.c=c,n.c=d,data=bc,sm="OR",studlab = paste(study),
        method = "Inverse")

直接填进去也是可以的,这样方便点

r 复制代码
out<-metabin(a,b,c,d,data=bc,sm="OR",studlab = paste(study),
             method = "Inverse")

解析结果

r 复制代码
summary(out)

我简单解析一下,这类教程网络多得是,可以百度一下。先看异质性,如果有异质性应需用随机效应模型,否则可选用固定效应模型。我们这里选择随机效应模型。

我这里异质性I89.9%挺大的,我们可以使用剔除法来观察剔除单个观察后的异质性,我这里随便举例,假如我剔除第一个

先加个ID

r 复制代码
bc$id<-1:13

删除第一项我们可以使用亚组函数subset来控制,使得subset=id>2就可以了

r 复制代码
out<-metabin(a,b,c,d,data=bc,sm="OR",studlab = paste(study),
             method = "Inverse",common=F,subset=id>2)
summary(out)

可以看到异质性较前下降了一点,接下来就可以绘制森林图了

r 复制代码
out<-metabin(a,b,c,d,data=bc,sm="OR",studlab = paste(study),
             method = "Inverse",common=F)

forest(out)

所有结果都可以在图上找到,结果主要是看最后的综合结果,我这里的OR是2.09.接下来做偏倚检查,主要是漏斗图和Egger法

漏斗图,比较理想的漏斗图应该是散点对称分布

r 复制代码
funnel(out)

Egger法,P值大于0.05说明没有偏倚,还给出了参考文献

r 复制代码
metabias(out,method.bias="Egger")

这里还有一个peters法,参考文献是篇JAMA的文章,应该也是蛮靠谱的

r 复制代码
metabias(out,method.bias="peters")

这里简单的介绍了一下meta分析的操作,肯定没有别人专门将meta分析的详细,如果想进行孟德尔随机化+meta分析最好去补一补meta分析的知识。

相关推荐
白帽攻防录3 小时前
SRC 挖洞:PostScript 打印机驱动双 RCE,打印服务器怎么变成内网跳板
开发语言·网络安全·php·内网安全
十年Java程序媛4 小时前
Java枚举Enum完整教程|替代静态常量,开发与面试要点
java·开发语言·spring boot·后端·面试
2603_965148114 小时前
电商选品调研:通过关键词搜索API获取市场热销商品,结合商品详情API分析竞品卖点与定价
开发语言·数据库·人工智能·python·信息可视化
生态学者5 小时前
Global Change Biology | 森林越“步调一致”,反而越怕干旱?树木生长与叶片活动的同步之谜
大数据·人工智能·算法·r语言·微信公众平台
xixiaoyunya5 小时前
Python 异步编程入门:用 asyncio 轻松实现并发任务
开发语言·python·php
学逆向的5 小时前
C 循环结构的执行效率分析
c语言·开发语言·数据结构·网络安全
小坏讲微服务6 小时前
刚发布一个月的JDK 27,为什么我建议你立刻升级?
java·开发语言·spring boot·spring·架构·求职招聘·springboot4
打工仔折腾 AI7 小时前
用 Dashlet 把极空间 NAS 服务入口整理成统一导航首页的实践
java·开发语言·人工智能·后端·python·rpc·ai agent 实战
MATLAB代码顾问7 小时前
Simulink PI 参数扫描与批量仿真完整 MATLAB 代码
开发语言·matlab
Want5958 小时前
Python跳动的爱心②
开发语言·python·数学建模