R语言【paleobioDB】——pbdb_taxa_auto()：根据部分名称或前缀，获得多个类群名的基本信息

ALittleHigh2024-01-19 14:37

Package paleobioDB version 0.7.0

paleobioDB 包在2020年已经停止更新，该包依赖PBDB v1 API。

可以选择在Index of /src/contrib/Archive/paleobioDB (r-project.org)下载安装包后，执行本地安装。

Usage

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pbdb_taxa_auto (...)

Arguments

参数【...】：可通过 API 调用的参数。所有可用参数详见 PBDB Data Service: Auto-completion for taxonomic names。

Value

包含匹配项信息（分类单元排名和数据库中出现的次数）的 DataFrame。

Example

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library(paleobioDB)
library(RCurl)

options(RCurlOptions = list(cainfo = system.file("CurlSSL", "cacert.pem", package = "RCurl")))

pbdb_taxa_auto (name="Cani", limit=10)




       oid typ rnk        nam  noc
1:1  54044 txn  12 Caniformia 5659
1:2  41189 txn   9    Canidae 3441
1:3  41189 txn   9      canid 3441
1:4  90655 txn   8     canine 1365
1:5  90655 txn   8    Caninae 1365
1:6  41198 txn   5      Canis  693
1:7  41198 txn   5     canine  693
1:8 115080 txn  12  Caniniina  581
1:9   5252 txn   5    Caninia  253
2   300804 txn   7     Canini  180

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function (...) 
{
    l <- list(...)
    .pbdb_query("taxa/auto", query = l)
}