R语言【taxlist】——count_taxa()：统计 taxlist 对象中的类群数量

ALittleHigh2024-01-26 17:58

Package taxlist version 0.2.4

Description

统计 taxlist 对象或包含分类单元名称的字符向量中的分类单元的数量。

Usage

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count_taxa(object, data, ...)

## S4 method for signature 'character,missing'
count_taxa(object, na.rm = TRUE, ...)

## S4 method for signature 'factor,missing'
count_taxa(object, na.rm = TRUE, ...)

## S4 method for signature 'taxlist,missing'
count_taxa(object, level, ...)

## S4 method for signature 'formula,taxlist'
count_taxa(object, data, include_na = FALSE, suffix = "_count", ...)

Arguments

参数【object】：包含了分类学列表或公式的一个对象。

参数【data】：formula 方法中的 taxlist 类对象。

参数【...】：方法之间传递的进一步参数。

参数【na.rm】：逻辑值，NAs 是否必须从输入向量中移除。

参数【level】：用来指示期望统计的分类群的分类等级的字符值。

参数【include_na】：逻辑值，指示分类群特征中的 NA 值是应该被考虑用于分类群计数还是直接忽略(仅用于 formula 方法)。

参数【suffix】：在输出数据框中被统计的分类等级的后缀字符串值（仅用于 formula 方法）。

Detail

为了方便起见，编写这个函数是为了减少对 taxlist 对象中的分类进行计数的代码，它只是一个 length() 的包装器。

Value

带分类群数目的整数。

Examples

++统计某一列（通常列中的分类群均为同一分类等级）++

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count_taxa(iris$Species)

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[1] 3

++统计某数据集（不对这些分类群进行等级区分）++

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count_taxa(Easplist)

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[1] 3887

++统计某数据集中特定分类等级++

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count_taxa(Easplist, level = "species")

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[1] 2521

++使用 formula 方法传递数据集（对各个分类等级的分类群进行统计）++

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count_taxa(~life_form, Easplist, include_na = TRUE)

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            life_form taxa_count
1    acropleustophyte          8
2         chamaephyte         25
3      climbing_plant         25
4  facultative_annual         20
5                 NAs       3576
6     obligate_annual        114
7        phanerophyte         26
8    pleustohelophyte          8
9          reed_plant         14
10      reptant_plant         19
11      tussock_plant         52