fMRI数据处理(随时更新)

要开始学习处理fMRI的数据了。

fMRI的数据一般有 dcm 格式和 nii 格式。

Nifti(Neuroimaging Informatics Technology Initiative,神经影像信息学技术倡议)文件格式,是目前各大神经影像分析工具普遍兼容的体素水平的数据格式,也是在进行神经影像研究中最常见的一种数据格式。它是一个三维数组 (sMRI)或者四维数组 (fMRI、dMRI),再套上一个头部数据。数组里包含的就是图像体素值数据本身,头部数据里包含空间和体素信息。

Matlab从2017b后就引入了专门的Nifti文件的解析函数,SPM12(Statistical Parametric Mapping,统计参数映射)。

一、使用matlab工具包SPM12读取fMRI数据(*.nii)

(1)首先得安装工具包SPM12,我参考的是下面这篇博客:

在matlab下安装spm工具_spmas包matlab-CSDN博客

(2)使用SPM12读取数据,举例如下:

Matlab 复制代码
inputDir='D:\2_chenfang_labs\ECG-fMRI\result_removePhysio_40sub';
num=40; % number of subject
subSample=dir([inputDir,filesep]);

for i=1:num
    sub=i+2;
    imgNameSample = dir([inputDir,filesep,subSample(sub,1).name,filesep,'*.nii']);
    imgnum=length(imgNameSample);
    for jj=1:imgnum
        Dir_img=[inputDir,filesep,subSample(sub,1).name,filesep,imgNameSample(jj).name];
        vSub=spm_vol(Dir_img);  dim=vSub.dim; mat=vSub.mat;
        imgSub=spm_read_vols(vSub);
        data=reshape(imgSub,dim(1)*dim(2)*dim(3),1);
        data(isnan(data))=0;
        data1(jj,:,:,:)=data;% 读取fMRI数据
    end
end



   
相关推荐
Micra5205 小时前
8款企业微信SCRM工具功能对比分析
大数据·经验分享
皮皮学姐分享-ppx7 小时前
上市公司CEO IT背景数据(2007-2024)
大数据·人工智能·经验分享·科技·区块链
fl1768317 小时前
基于matlab实现的DnCNN网络
开发语言·matlab
阿啄debugIT7 小时前
HashMap为什么线程不安全? ConcurrentHashMap如何保证线程安全? AQS如何实现锁的获取与释放?用男女关系进行解释,一看就懂
经验分享·职场和发展·系统架构·软件工程·1024程序员节
asdzx677 小时前
使用 Python 将 PDF 转成 Excel:高效数据提取的自动化之道
经验分享
Lee_yayayayaya8 小时前
《通信之道—从微积分到5G》阅读笔记
开发语言·matlab
通信小呆呆16 小时前
以矩阵视角统一理解:外积、Kronecker 积与 Khatri–Rao 积(含MATLAB可视化)
线性代数·算法·matlab·矩阵·信号处理
程序员南音16 小时前
基于Springboot + vue3实现的德百商城停车场管理系统
经验分享
likeshop开源商城18 小时前
8款开源AI应用开发平台实测对比
经验分享
likeshop 好像科技1 天前
市面上的开源 AI 智能体平台使用体验
经验分享