fMRI数据处理（随时更新）

有点傻的小可爱2024-01-30 14:34

要开始学习处理fMRI的数据了。

fMRI的数据一般有 dcm 格式和 nii 格式。

Nifti（Neuroimaging Informatics Technology Initiative，神经影像信息学技术倡议）文件格式，是目前各大神经影像分析工具普遍兼容的体素水平的数据格式，也是在进行神经影像研究中最常见的一种数据格式。它是一个三维数组 （sMRI）或者四维数组 （fMRI、dMRI），再套上一个头部数据。数组里包含的就是图像体素值数据本身，头部数据里包含空间和体素信息。

Matlab从2017b后就引入了专门的Nifti文件的解析函数，SPM12（Statistical Parametric Mapping，统计参数映射）。

一、使用matlab工具包SPM12读取fMRI数据（*.nii）

（1）首先得安装工具包SPM12，我参考的是下面这篇博客：

在matlab下安装spm工具_spmas包matlab-CSDN博客

（2）使用SPM12读取数据，举例如下：

Matlab 复制代码

inputDir='D:\2_chenfang_labs\ECG-fMRI\result_removePhysio_40sub';
num=40; % number of subject
subSample=dir([inputDir,filesep]);

for i=1:num
    sub=i+2;
    imgNameSample = dir([inputDir,filesep,subSample(sub,1).name,filesep,'*.nii']);
    imgnum=length(imgNameSample);
    for jj=1:imgnum
        Dir_img=[inputDir,filesep,subSample(sub,1).name,filesep,imgNameSample(jj).name];
        vSub=spm_vol(Dir_img);  dim=vSub.dim; mat=vSub.mat;
        imgSub=spm_read_vols(vSub);
        data=reshape(imgSub,dim(1)*dim(2)*dim(3),1);
        data(isnan(data))=0;
        data1(jj,:,:,:)=data;% 读取fMRI数据
    end
end