日常科研中经常使用的命令

Linux目录树状结构

  1. Windows是磁盘分区,Linux不区分盘符,所有文件都在根目录斜线下面;

  2. 根目录显示不同,Linux是一个斜线,而windows是盘符,然后冒号;

  3. 分割目录Linux用斜线,Windows是反斜线。

为何做生物信息一定要学习Linux?【高效】

常用的Linux命令

  1. 查看当前时间
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date
  1. 查看日历
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cal
  1. 显示已登录的用户列表
bash 复制代码
who
  1. 显示当前用户的用户id及所属用户组的信息
bash 复制代码
id

5.显示系统已经运行的时间

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uptime

6.显示最近用户登录的记录

bash 复制代码
last
  1. 清空当前屏幕
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clear

(1)在服务器上从查看图片:需要提前在服务器安装ImageMagick软件,本地安装Xming软件,然后使用display命令显示。

ImageMagick -- Convert, Edit, or Compose Digital Imageshttps://imagemagick.org/(2)Xshell自带查看图片显示的功能,属性----->隧道------>转发X11连接到(X)


科研中遇到的命令

【1】统计文件夹下特定类型(eg: *.npz )文件个数

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ls *.npz | wc -l
  1. 处理tsv文件,提取前50列内容并保存成csv文件输出
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cut -f 1-50 data.tsv > extracted_data.csv
  1. 查看tsv的列名并保存
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head -n 1 data.tsv | awk -F'\t' '{for(i=1;i<=NF;i++) print "Column "i": "$i}'
> mycolumn.log
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