R语言 | ComplexHeatmap 画注释若干基因的热图 //todo

一般顺序:

  • 先用 pheatmap 聚类

  • 再用 ComplexHeatmap 做可视化:添加顶部、左侧聚类颜色,显示若干代表性基因

    gene=c("Gene18", "Gene19", "Gene7","Gene3", "Gene9", "Gene15")
    gene_pos=which(rownames(test) %in% gene) #3 7 9 15 18 19

    #右侧要注释的基因
    row_anno=rowAnnotation(gene=anno_mark(at=gene_pos, #位置
    labels=gene, #文字
    labels_gp=gpar(fontsize=8, col="red"))) #样式
    Heatmap( test,
    heatmap_legend_param = list(title=""), #修改图例标题,该语句或者 name=语句
    show_row_names = F, #不显示右侧注释
    right_annotation = row_anno) #只显示感兴趣基因

ref

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