R 语言科研绘图第 4 期 --- 折线图-置信区间

Tiger Z2024-12-10 17:47

在发表科研论文的过程中，科研绘图是必不可少的，一张好看的图形会是文章很大的加分项。

为了便于使用，本系列文章介绍的所有绘图都已收录到了 sciRplot 项目中，获取方式**：**

R 语言科研绘图模板 --- sciRplothttps://mp.weixin.qq.com/s/QA_8LVqjkdg4A16zLonw4w?payreadticket=HGMfMKFA-V_LSJGoSMvVaLr36XHris83CtP8hYw2AoOIRrKY2JK84QJYzBbep4KF5I1MLdY

本期绘图预览：

1. 导入包

我们首先导入本期绘图用到的 R 包：

复制代码

library(ggplot2)

2. 准备数据

接下来我们导入绘图用到的数据，在 sciRplot 中给大家提供了测试数据：

复制代码

data <- sciRplot_data

3. 准备配色

颜色的选择往往是一件让人特别纠结的事情，这里我们直接使用 sciRcolor 来设置配色：

复制代码

colors <- sciRcolor::pal_scircolor(37)[1]

sciRcolor 是为了 R 语言科研绘图开发的配色工具，包含了 100 种常用配色，详细信息见：

R 语言科研配色工具 --- sciRcolorhttps://mp.weixin.qq.com/s/XZol4VxvHnJD_49ij3f2mg?payreadticket=HJOtUWgdMrr3zuyYr7LGxqkLvTHj5DPx4C2qJl1zvrGPtAFRjPpnTKBLZKmi4ISZ1rXiNEY

4. 绘制图形

接下来我们通过下面的代码来绘制图形：

复制代码

p <-   ggplot(data, aes(x=Date, y=Value, group=1)) +  stat_summary(geom = 'ribbon', fun.data='mean_cl_boot',                fun.args = list(conf.int = .95),                fill="gray", alpha=0.8) +  stat_summary(geom = 'line', fun='mean', cex=2, color=colors) +  labs(x="Date", y="Value") +  scale_y_continuous(breaks=seq(80,380,50), limits = c(80,380),                     expand = expansion(mult = c(0, 0.05))) +  theme_classic(base_size = 25) +  theme(panel.grid.major.y = element_line())p

5. 保存图形

最后我们保存绘制的图形：

复制代码

ggsave("save/line-confidence.png", p, width = 8, height = 6, dpi = 300)

sciRplot 介绍

为了解决 R 语言中科研绘图的问题，我推出了 sciRplot 项目。sciRcolor 项目包含了以下内容：

① 100 种绘图代码，按照图形类型进行分类，包含 60 种基础绘图 和 40 种进阶绘图

② 配备一站式 html文档 ，包含测试数据 ，代码一键复制 ，交互式阅读提高用户体验

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