生信服务器如何安装cellranger|生信服务器安装软件|单细胞测序软件安装

一.Why cellranger

Cell Ranger 是由 10x Genomics 公司开发的一款用于处理其单细胞测序(single-cell RNA-seq, scRNA-seq)数据的软件套件。它主要用于将原始测序数据(fastq 文件)转换为可以用于下游分析的格式,比如基因表达矩阵等。

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二、Cell Ranger 能做什么?

1. mkfastq

将 Illumina BCL 文件转换为 FASTQ 格式(调用 bcl2fastq)

2. count

这是最核心的模块:将 FASTQ 数据 → 表达矩阵

包括:

    • demultiplex(识别 barcode)
    • 去除 PCR duplication(用 UMI)
    • 比对(用 STAR)
    • 定量分析,输出表达矩阵和 QC 报告
3. aggr

聚合多个样本(library)分析结果,用于整合多个数据集,统一分析

4. reanalyze

用于对 count 结果再次降维和聚类(不重新比对)

5. vdj

分析 TCR/BCR 重排(如果是免疫相关测序)

三.如何安装cellranger

计算机配置要求:本教程使用ubuntu系统演示

|-----|----------------------------|
| CPU | 至少 8 核,推荐 16 核以上 |
| 内存 | 至少 64 GB,推荐 128 GB |
| 硬盘 | 每个样本可能需要 100 GB 空间(中间文件很多) |

【步骤1】首先你需要通过finalshell登录服务器

【步骤2】通过 10xgenomics 官网 找到软件 Cell Ranger

www.10xgenomics.com/software

【步骤3】复制安装代码

然后复制安装命令粘贴到 finalshell控制台

异常情况1

请切换到wget命令

异常情况2

网络卡住没有进度条? 请用control+c 键kill 重试

【步骤4】下载完成后依次执行

复制代码
## 解压软件安装包
tar -xzvf cellranger-9.0.1.tar.gz

## 移动到指定目录
sudo mv cellranger-9.0.1 /opt/

【步骤五】环境变量(请完整复制 不要修改【如果你版本号调整自行修改】)

复制代码
echo 'export PATH=/opt/cellranger-9.0.1:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

测试是否安装成功

复制代码
cellranger --version

如果输出了 cellranger 9.0.1,说明安装成功。

软件使用模版【测试分析流程】自行调整

复制代码
cellranger count --id=sample1 \
                 --transcriptome=/path/to/refdata-gex-GRCh38-2020-A \
                 --fastqs=/path/to/fastqs \
                 --sample=sample1

结束

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