【R】三种方式安装R包

青灯照颦微2026-01-30 11:52

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R软件路径：

shell 复制代码

/pubsoftware/R4.1.2/bin
/pubsoftware/R4.1.2/bin/R
/pubsoftware/R4.1.2/bin/Rscript

安装包：doMC, DNAcopy, ExomeCNV，把包安装到指定路径：/mydir/R/library。

安装方式1-CRAN

指定CRAN安装：

1、先准备R代码，写入文件：install_r_package.R

R 复制代码

.libPaths(c("/mydir/R/library", .libPaths()))
options(repos = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
install.packages("doMC", lib = "/mydir/R/library")

2、然后运行R脚本：

shell 复制代码

/pubsoftware/R4.1.2/bin/Rscript install_r_package.R

但是，DNAcopy, ExomeCNV的安装不可使用改方式。

安装方式2-Bioconductor

DNAcopy是Bioconductor的包，CRAN上没有DNAcopy，通过Bioconductor安装，

直接进入R（/pubsoftware/R4.1.2/bin/R）运行命令：

R 复制代码

.libPaths(c("/mydir/R/library", .libPaths()))

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager", lib = "/mydir/R/library")

BiocManager::install("DNAcopy", lib = "/mydir/R/library")

或将命令写入R脚本后用Rscript运行。

安装方式3-GitHub包

ExomeCNV也不在Bioconductor的包中，从github上找到ExomeCNV包，直接下载了zip包：ExomeCNV-master.zip。

shell 复制代码

# 下载后的包：ExomeCNV-master.zip
# 1.解压
unzip ExomeCNV-master.zip
# 2. 压缩为tar.gz
tar -zvcf ExomeCNV.tar.gz ExomeCNV
# 3. 安装
/pubsoftware/R4.1.2/bin/R CMD INSTALL ExomeCNV.tar.gz --library=/mydir/R/library