qiime2-2025.10安装与使用

最近在学微生物扩增子相关分析流程，qiime2 是使用比较多的分析工具。

先吐槽下，qiime2 用的什么P内部格式，不能随意查看，每次还得转换下格式。费劲啊！贼费劲！

安装

尝试conda安装

sh 复制代码

wget -c https://raw.githubusercontent.com/qiime2/distributions/refs/heads/dev/2025.10/amplicon/released/qiime2-amplicon-ubuntu-latest-conda.yml
conda env create \
  --name qiime2-2025.10 \
  --file qiime2-amplicon-ubuntu-latest-conda.yml

其yaml文件内的源

https://packages.qiime2.org/qiime2/2025.10/amplicon/released/

站点在美国，直接安装比较困难。

尝试ping packages.qiime2.org 根本无法ping通。

我的第一想法是替换为国内qiim2源。

但是国内源，如https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/qiime2 打开后并未看到2025相关版本的软件，也就是说不包括最新qiime2 版本。

于是改换其它思路。

尝试 singularity 容器

sh 复制代码

# docker pull quay.io/qiime2/amplicon:2025.10
$ singularity pull  docker://quay.io/qiime2/amplicon:2025.10
$ ls -sh amplicon_2025.10.sif
2.3G amplicon_2025.10.sif

使用

因为 singularity 容器隔离程度与docker不同，amplicon_2025.10.sif 的使用会因为调用宿主机中的R环境而报错，所以这里要隔离宿主机环境运行。

sh 复制代码

$ singularity exec --containall amplicon_2025.10.sif   qiime --help |head

具体 qiime2 分析时进一步完善，得如下内容：

sh 复制代码

WORKDIR=$(pwd)
mkdir -p .numba .mpl .tmp
singularity exec \
  --containall \
  -B ${WORKDIR}:${WORKDIR} \
  --pwd ${WORKDIR} \
  --env NUMBA_CACHE_DIR=${WORKDIR}/.numba \
  --env MPLCONFIGDIR=${WORKDIR}/.mpl \
  --env TMPDIR=${WORKDIR}/.tmp \
  amplicon_2025.10.sif \
  qiime --help