【WSL】anaconda安装配置

由于我对代理配置不太熟悉，所以决定非必要不配置代理

清空配置的代理

安装SDKMAN

复制代码

rm -rf /root/.sdkman
curl -s "https://get.sdkman.io" | bash
source "/root/.sdkman/bin/sdkman-init.sh"
sdk version

SDKMAN 已经准备就绪，你可以用它来安装和管理各种 JDK 版本、Groovy、Scala、Maven 等工具。

安装nextflow（可跳过）

检查是否有java环境，没有的话安装一下

复制代码

java -version
sdk install java 17.0.12-tem

# 列出可用的 Java 版本：sdk list java
# 安装某个 Java 版本：sdk install java 17.0.12-tem（以 Eclipse Temurin 17 为例）
# 设置默认 Java 版本：sdk default java 17.0.12-tem
# 查看帮助：sdk help

下载并安装 Nextflow

执行以下命令，它会下载一个能自我安装的启动器文件

复制代码

curl -s https://get.nextflow.io | bash

放home目录下并且加入环境

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# 创建用户本地 bin 目录（如果不存在）
mkdir -p $HOME/.local/bin

# 移动 nextflow 文件
mv nextflow $HOME/.local/bin/

# 将目录添加到 PATH（永久生效）
echo 'export PATH="$HOME/.local/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc

# 重新加载配置
source ~/.bashrc

查看是否安装成功

复制代码

nextflow -version

在wsl的ubuntu中可以直接进入windows中的文件夹，如：

/mnt/d/bio_pipeline

安装anaconda

更新系统，安装软件

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# 更新软件包列表并升级已安装的包
sudo apt update && sudo apt upgrade -y

# 安装 wget，如果已经安装可以跳过
sudo apt install wget -y

安装最新版anaconda：Download Success | Anaconda

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wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2025.12-2-Linux-x86_64.sh

bash Anaconda3-2025.12-2-Linux-x86_64.sh

填入yes自动安装，注意这里也要填yes，不要直接回车

如果已经回车了，重新初始化，添加路径

复制代码

conda init bash
source ~/.bashrc

输入界面最前面出现（base）即可

然后就是老生常谈，新建环境激活了

复制代码

# 1. 创建名为 nextflow_env 的环境，指定 Python 3.10
conda create -n nextflow_env python=3.10 -y

# 2. 激活新环境
conda activate nextflow_env

# 常用shell命令
uname -a 
 # 查看内核版本和系统架构信息
 
conda env list
conda create -n Nextflow python=3.9.1
conda activate Nextflow
touch filename
vim filename
mkdir 目录名
rm -r 目录名
 -r或 -R：递归删除目录及其中所有内容