freesurfer recon-all nu_correct报错

用freesurfer跑预处理的时候,nu_correct这步报错:

大概意思就是生成的mnc文件有问题

gpt说是因为FreeSurfer 自带 MINC 没被正确使用

系统里有别的 minc / netcdf 库

PATH 冲突

或没有正确 source FreeSurfer

让我用which检查

which mri_nu_correct.mni

which mincinfo

结果发现第二个出来的路径并不在freesurfer下面,而是被之前安装的civet覆盖了

所以每次其实要激活一下freesurfer的路径

export FREESURFER_HOME=/path/to/freesurfer

source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

这样之后就可以了

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