把论文变成可提问的科研知识库：Zotero + Obsidian + Codex（ChatGPT 5.6）联动升级版教程，让你释放双手

很多人管理文献时，都会遇到同一个问题：论文下载了不少，Zotero 里也存得整整齐齐，但真正写综述、做汇报时，还是要重新翻 PDF、找笔记、回忆结论。

之前，我们分享过一套 Zotero + Obsidian + Codex 的联动方法。它可以让 Codex 按照预设模板批量精读文献，把论文整理成结构统一的 Obsidian 笔记，再基于这些笔记回答问题。

这套流程用起来确实很方便，但我使用一段时间后，发现前面的"文献收集"环节还不够自动化：论文需要自己查找、下载，再手动拖进 Zotero，分类和标签也要逐个整理。文献一多，光是这些重复操作就要花不少时间。

所以，升级版教程来了。

这一次，我们会通过 Zotero MCP 和 Chrome插件，进一步打通论文的检索、下载、导入与整理流程。

配置完成后，只需要告诉 Codex 研究主题、年份、期刊等级和论文数量，它就能按照要求查找文献，将 PDF 导入 Zotero，并自动创建分类、添加标签。

接下来，再沿着之前的路线，由 Codex 自动批量精读 Zotero 中的论文，最后构成我们自己的科研知识库。

下面就从软件配置开始，一步步把这套流程搭起来。

本文用到的软件下载地址 、模板文件 、Skills 和插件安装包 和详细步骤，我都打包好了。这里免费获取：

联动升级！把论文变成可提问的科研知识库：Zotero + Obsidian + Codex（ChatGPT 5.6）联动教程，让你释放双手

0. 工具准备

本次联动需要用到四个软件：

Zotero：按照目录和标签管理论文 PDF；
Obsidian：保存精读笔记、模板、索引页和素材；
Codex：读取 Zotero 中的论文，按照 Obsidian 中编写的模板生成笔记，再基于 Obsidian 中的笔记回答问题。
Chrome 浏览器：本流程中主要起到闭源文献的自动下载。

一. 连接 Zotero 和 Codex

这是联动教程的最大改动。

1. 安装 Zotero MCP 插件并启用

(1) 这里要用到一个插件 Zotero MCP，我们先在 GitHub 上下载。

(2) 打开 Zotero，依次点击"工具---插件"，选择"Install Plugin From File"，找到下载好的插件文件并安装。

(3) 安装完成后，要重启 Zotero。

(4) 接下来我们要获取配置，先进入 Zotero 设置，然后打开 Zotero MCP 插件，勾选下图的选项。

(5) 在插件的客户端配置中选择"Codex CLI"，点击生成配置并复制内容。

(6) 这个时候打开 Codex ，输入以下内容：

复制代码

按照路径 %USERPROFILE%\.codex\config.toml 新建文件 config.toml。
其中写入：
[这里粘贴复制配置的内容]

二.创建 Obsidian 论文库

这一部分和之前的一样，之前设置过的可以直接跳转到三

(1) 先在 Obsidian 里新建一个仓库，比如叫 Research Board。然后建几个文件夹：

notes：放精读后的论文笔记；
templates：放精读模板；
indexs：放论文索引页。

(2) 在 templates 里新建一个精读模板 paper-template.md，后面 Codex 精读论文时就按会这个模板来写。

精读模板可以根据自己的阅读习惯整理，这里我举个例子：

三.Codex 批量下载并导入 Zotero

这部分是升级版的重要改动！

之前我们上传 Zotero 是自己找论文，然后自己手动拖入到 Zotero。现在可以让 Codex 帮我们完成这部分工作了。

1. 批量下载论文（开源）

如果只需要下载开源论文，这个时候已经可以直接使用了。

(1) 可以直接告诉 Codex：

复制代码

下载 5 篇 2025-2026 年数据增强的论文，优先 CCF A、CCF B、SCI 1区。
下载的论文导入到 Zotero 的数据增强分类中，如果没有分类就新建分类，再按照年份给每一篇文献打上标签。

(2) Codex 不仅会按照我们的要求下载论文并导入 Zotero 中，还可以按照我们的要求新建分类和标签。

2. 批量下载论文（闭源）

(1) Chrome 浏览器中安装 ChatGPT 插件。

(2) Chrome 设置中找到 PDF 文档，按下图勾选。

(3) 打开 Codex，选择侧边栏插件，安装控制 Chrome 插件

(4) 这里还需要用到一个下载论文的 Skill：scansci pdf，下载后交给 Codex 安装即可。

(5) 接下来就可以下载闭源论文了，在 Codex 中输入：

复制代码

下载《neurocomputing》期刊的《Optimal control framework and theoretical convergence guarantees for jump-diffusion stochastic neural networks》。
开源文献直接下载，闭源文献使用 /scansci pdf，提示我登录机构，再由你下载（Chrome默认下载路径是 D:\Downloads，下载完成到这里寻找）。
下载的论文导入到 Zotero 。

注意，Chrome 默认下载路径可能不同，需要根据自己的填写。

(6) 接下来，Codex 就会在网页上查找文献，提示登录机构，然后自动下载。

(7) 最后也可以在 Zotero 中看到刚才下载的论文。

四、Codex 连接 Obsidian

这部分也和之前的一样。

(1) 打开 Codex，进入 Obsidian 仓库所在的文件夹。忘记仓库位置也没关系，Obsidian 左下可以查看路径。

(2) 然后安装两个相关 Skills：

Zotero Analytical Workflow Skills: 用来从 Zotero 里读取论文并生成精读笔记。
Research Board Literature Retrieval Skill: 用来检索 Obsidian 中已经整理好的论文笔记，并基于这些笔记回答问题。

五. 精读论文

这部分也和之前的一样。

(1) 批量精读 Zotero 整个目录中的论文，可以告诉 Codex 目录名，Codex 会自动按模板处理并整理到 Obsidian 对应目录中：

(2) 也可以精读某篇论文，告诉 Codex ：

复制代码

请处理 Zotero 中 "[目录名]" 目录下的论文 "[DPF名称]"。

六. 构建知识库并提问

这部分也和之前的一样。

Dataview 可以读取每篇笔记开头的属性并且创建索引页，形成你的科研知识库。

(1) 在设置中的第三方插件中搜索 Dataview；

(2) 找到后安装，点击启用。

(3) 等 notes 里有了一批结构比较统一的笔记，就可以让 Codex 基于这些内容回答问题。这里我举个例子，当然也可以问的更具体一点。

(4) 等某个方向积累到一定数量，再让 Codex 基于 notes 做主题总结、方法比较或相关工作提纲。

总结

通过这套流程，我们把 Zotero、Obsidian 和 Codex 串联起来，实现了从论文检索、下载、导入 Zotero、分类打标签，到批量精读、生成 Obsidian 笔记，再到基于个人论文库提问和总结的完全自动流程。

其中，Zotero 负责管理文献，Obsidian 负责沉淀笔记，Codex 负责自动处理和调用内容。这样，论文不再只是"存起来"，而是真正变成可以持续检索、整理和复用的科研知识库。

本文用到的软件下载地址 、模板文件 、Skills 和插件安装包 和详细步骤，我都打包好了。

这里免费获取：

联动升级！把论文变成可提问的科研知识库：Zotero + Obsidian + Codex（ChatGPT 5.6）联动教程，让你释放双手