Conda 创建环境报错：Unable to read repodata JSON file，清华源 pkgs/free 失效解决方法

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[Conda 创建环境报错：Unable to read repodata JSON file，清华源 pkgs/free 失效解决方法](#Conda 创建环境报错：Unable to read repodata JSON file，清华源 pkgs/free 失效解决方法)
- 问题描述
- [2 问题分析](#2 问题分析)
- - [2.1 问题环境](#2.1 问题环境)
  - [2.1 完整报错中的关键信息](#2.1 完整报错中的关键信息)
  - [2.3 为什么会出现这个问题？](#2.3 为什么会出现这个问题？)
- [3 最快解决方法：临时绕过所有旧源](#3 最快解决方法：临时绕过所有旧源)
- [4 永久解决：删除 `.condarc` 中失效的 pkgs/free](#4 永久解决：删除 .condarc 中失效的 pkgs/free)
- - [4.1 用 `sed` 修改配置](#4.1 用 sed 修改配置)
  - [4.2 手动修改 `.condarc`](#4.2 手动修改 .condarc)
- [5 相关问题解答](#5 相关问题解答)
- - [5.1 如何快速定位到底是哪个 Conda 源坏了？](#5.1 如何快速定位到底是哪个 Conda 源坏了？)
  - [5.2 为什么清理 index cache 也很重要？](#5.2 为什么清理 index cache 也很重要？)
- [6 总结](#6 总结)

问题描述

最近在 AutoDL 上部署 map-anything 项目时，准备使用 Conda 创建一个 Python 3.12 环境：

bash 复制代码

conda create -n mapanything python=3.12 -y

结果在获取 Conda 软件源索引时报错 Collecting package metadata (repodata.json): failed（以下为完整命令及输出内容）：

bash 复制代码

root@autodl-container-179442a4e1-5f03f439:~/map-anything# conda create -n mapanything python=3.12 -y
Channels:
 - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
 - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
 - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch
 - defaults
Platform: linux-64
Collecting package metadata (repodata.json): failed

# >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> ERROR REPORT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<

    Traceback (most recent call last):
      File "/root/miniconda3/lib/python3.12/site-packages/conda/exception_handler.py", line 17, in __call__
        return func(*args, **kwargs)
               ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
      File "/root/miniconda3/lib/python3.12/site-packages/conda/cli/main.py", line 83, in main_subshell
        exit_code = do_call(args, parser)
                    ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
      File "/root/miniconda3/lib/python3.12/site-packages/conda/cli/conda_argparse.py", line 199, in do_call
        result = getattr(module, func_name)(args, parser)
                 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
      File "/root/miniconda3/lib/python3.12/site-packages/conda/notices/core.py", line 131, in wrapper
        return func(*args, **kwargs)
               ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
      File "/root/miniconda3/lib/python3.12/site-packages/conda/cli/main_create.py", line 125, in execute
        return install(args, parser, "create")
               ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
      File "/root/miniconda3/lib/python3.12/site-packages/conda/cli/install.py", line 372, in install
        unlink_link_transaction = solver.solve_for_transaction(
                                  ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
      File "/root/miniconda3/lib/python3.12/site-packages/conda/core/solve.py", line 148, in solve_for_transaction
        unlink_precs, link_precs = self.solve_for_diff(
                                   ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
      File "/root/miniconda3/lib/python3.12/site-packages/conda/core/solve.py", line 217, in solve_for_diff
        final_precs = self.solve_final_state(
                      ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
      File "/root/miniconda3/lib/python3.12/site-packages/conda_libmamba_solver/solver.py", line 207, in solve_final_state
        index = IndexHelper(
                ^^^^^^^^^^^^
      File "/root/miniconda3/lib/python3.12/site-packages/conda_libmamba_solver/index.py", line 136, in __init__
        self._index = self._load_channels()
                      ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
      File "/root/miniconda3/lib/python3.12/site-packages/conda_libmamba_solver/index.py", line 337, in _load_channels
        info = self._json_path_to_repo_info(url, jsons[url])
               ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
      File "/root/miniconda3/lib/python3.12/site-packages/conda_libmamba_solver/index.py", line 293, in _json_path_to_repo_info
        repo = api.Repo(self._pool, noauth_url, str(path_to_use), escape_channel_url(noauth_url))
               ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
    RuntimeError: Unable to read repodata JSON file 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/noarch', error was: repository does not start with an object

`$ /root/miniconda3/bin/conda create -n mapanything python=3.12 -y`

  environment variables:
                 CIO_TEST=<not set>
               CONDA_ROOT=/root/miniconda3
           CURL_CA_BUNDLE=<not set>
          LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda/lib64
               LD_PRELOAD=<not set>
             LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda/lib64/stubs
                     PATH=/root/miniconda3/bin:/usr/local/bin:/root/miniconda3/bin:/usr/local/bi
                          n:/root/miniconda3/bin:/usr/local/bin:/usr/local/cuda/bin:/usr/local/s
                          bin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin
       REQUESTS_CA_BUNDLE=/etc/ssl/certs/ca-certificates.crt
            SSL_CERT_FILE=<not set>

     active environment : None
       user config file : /root/.condarc
 populated config files : /root/.condarc
          conda version : 24.4.0
    conda-build version : not installed
         python version : 3.12.3.final.0
                 solver : libmamba (default)
       virtual packages : __archspec=1=icelake
                          __conda=24.4.0=0
                          __cuda=13.2=0
                          __glibc=2.35=0
                          __linux=5.15.0=0
                          __unix=0=0
       base environment : /root/miniconda3  (writable)
      conda av data dir : /root/miniconda3/etc/conda
  conda av metadata url : None
           channel URLs : https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/linux-64
                          https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/noarch
                          https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/linux-64
                          https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/noarch
                          https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/linux-64
                          https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/noarch
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64
                          https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch
          package cache : /root/miniconda3/pkgs
                          /root/.conda/pkgs
       envs directories : /root/miniconda3/envs
                          /root/.conda/envs
               platform : linux-64
             user-agent : conda/24.4.0 requests/2.31.0 CPython/3.12.3 Linux/5.15.0-113-generic ubuntu/22.04.5 glibc/2.35 solver/libmamba conda-libmamba-solver/24.1.0 libmambapy/1.5.8 aau/0.4.4 c/. s/. e/.
                UID:GID : 0:0
             netrc file : None
           offline mode : False


An unexpected error has occurred. Conda has prepared the above report.
If you suspect this error is being caused by a malfunctioning plugin,
consider using the --no-plugins option to turn off plugins.

Example: conda --no-plugins install <package>

Alternatively, you can set the CONDA_NO_PLUGINS environment variable on
the command line to run the command without plugins enabled.

Example: CONDA_NO_PLUGINS=true conda install <package>

其中最关键的一段异常是：

text 复制代码

RuntimeError: Unable to read repodata JSON file
'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/noarch',
error was: repository does not start with an object

一开始很容易怀疑是 CUDA、Python 版本、AutoDL 实例或者 Conda 本身出了问题。实际上这个问题和 CUDA 基本没有关系，真正的原因是 Conda 配置中仍然存在已经失效的清华镜像源 pkgs/free ，导致 libmamba 无法正常读取 repodata.json。

本文记录一下完整排查过程以及解决方法。

2 问题分析

2.1 问题环境

当前环境大致如下：

text 复制代码

系统：Ubuntu 22.04
Conda：24.4.0
Python：3.12.3
Solver：libmamba
CUDA：13.2（宿主环境识别结果）
平台：linux-64

执行：

bash 复制代码

conda create -n mapanything python=3.12 -y

Conda 显示的软件源为：

text 复制代码

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch
defaults

随后在 Collecting package metadata (repodata.json) 阶段失败。

2.1 完整报错中的关键信息

报错虽然很长，但其中值得关注的是：

text 复制代码

RuntimeError: Unable to read repodata JSON file
'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/noarch',
error was: repository does not start with an object

注意这里的地址：

text 复制代码

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/noarch

问题就出在 pkgs/free 这个 Channel。

Conda 尝试将服务器返回的内容作为仓库的 repodata.json 解析，但返回内容并不是合法的 Conda 仓库 JSON 数据，因此 libmamba 直接终止。

2.3 为什么会出现这个问题？

Conda 配置文件位于 /root/.condarc，也就是 ~/.condarc，其中还保留着类似下面的旧配置：

yaml 复制代码

channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch
  - defaults

这里的问题是，https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free 已经不应该继续作为当前 Conda 配置中的有效软件源使用，但是 Conda 每次创建环境时仍然会尝试访问：

text 复制代码

pkgs/free/linux-64
pkgs/free/noarch

最终导致 repository does not start with an object。所以不是 Python 3.12 、CUDA、GPU 等有问题，也不需要重新租 AutoDL 实例，它是一个 Conda Channel 配置问题。

3 最快解决方法：临时绕过所有旧源

如果当前目标只是把环境创建出来，最简单的方法不用立刻修改所有 Conda 配置，而是使用 --override-channels。具体步骤：

先清理 Conda 的索引缓存：

bash 复制代码

conda clean --index-cache -y

然后创建环境：

bash 复制代码

conda create -n mapanything python=3.12 pip -y \
  --override-channels \
  -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main

其中关键的是 --override-channels，它的作用可以理解为：本次 Conda 操作不要读取 .condarc 中配置的其他 Channel，只使用我命令行明确指定的软件源 。

因此即使 .condarc 中还存在 pkgs/free，这一次创建环境也不会访问它。

环境创建完成以后执行 conda activate mapanything 激活环境。

4 永久解决：删除 `.condarc` 中失效的 pkgs/free

第3节中的解决方法中的 --override-channels 只是让当前命令绕过错误 Channel。如果以后还要长期使用 Conda（例如是在自己的设备上而不是在云服务器上的情况），建议直接修复 ~/.condarc。

4.1 用 `sed` 修改配置

首先备份：

bash 复制代码

cp ~/.condarc ~/.condarc.bak

然后删除所有包含 pkgs/free 的配置：

bash 复制代码

sed -i '/pkgs\/free/d' ~/.condarc

清理索引缓存：

bash 复制代码

conda clean --index-cache -y

之后可以检查当前 Conda 软件源：

bash 复制代码

conda config --show channels

或者：

bash 复制代码

conda info

确认输出中已经不存在：

text 复制代码

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free

4.2 手动修改 `.condarc`

如果不喜欢直接用 sed 修改配置，也可以也可以手动修改 .condarc。

先查看内容：

bash 复制代码

cat ~/.condarc

然后：

bash 复制代码

vim ~/.condarc

或者：

bash 复制代码

nano ~/.condarc

找到类似 - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free 的地方，直接删除这一行即可。

P.S. 这里推荐使用 Gedit 文本编辑器 对该文件进行修改，其可视化界面中编辑等操作更简单、更加用户友好。

使用 Gedit 文本编辑器进行文本编辑的方法可以参见我的这一篇文章中的相关内容：Linux系统中切换CUDA版本的完整指南（含vim使用方法）；

安装 Gedit 文本编辑器的方法可以参见：Linux系统下安装Gedit文本编辑器的完整指南。

例如原来的内容是：

yaml 复制代码

channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch
  - defaults

修改成：

yaml 复制代码

channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch
  - defaults

保存以后再执行：

bash 复制代码

conda clean --index-cache -y

5 相关问题解答

5.1 如何快速定位到底是哪个 Conda 源坏了？

以后遇到类似：

text 复制代码

Collecting package metadata (repodata.json): failed

这样的报错，可以找 Unable to read repodata JSON file，例如：

text 复制代码

Unable to read repodata JSON file
'https://xxx/xxx/noarch'

这个 URL 基本就是重点排查对象。

然后执行：

bash 复制代码

conda info

查看 channel URLs 或者 conda config --show-sources。这个命令尤其好用，可以查看 Conda 到底从哪些配置文件读取了配置。

再执行：

bash 复制代码

conda config --show channels

查看最终的软件源列表。

5.2 为什么清理 index cache 也很重要？

修改 Channel 以后，建议执行：

bash 复制代码

conda clean --index-cache -y

原因是 Conda 会缓存已经下载的软件仓库索引。如果之前访问错误源时产生了异常或过期的缓存，仅仅修改 .condarc 有时并不足以让后续行为完全恢复正常。

所以比较推荐的操作顺序是：

bash 复制代码

sed -i '/pkgs\/free/d' ~/.condarc # 修改 Channel
conda clean --index-cache -y # 清理 index cache
conda create -n mapanything python=3.12 -y #重新创建环境

6 总结

这次问题的核心报错是：

text 复制代码

RuntimeError: Unable to read repodata JSON file
'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/noarch'

问题的根本原因是 ~/.condarc 中残留了旧的 pkgs/free 软件源。

临时解决方法：

bash 复制代码

conda create -n mapanything python=3.12 pip -y \
  --override-channels \
  -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main

永久解决方法：

bash 复制代码

cp ~/.condarc ~/.condarc.bak
sed -i '/pkgs\/free/d' ~/.condarc
conda clean --index-cache -y

之后再正常创建 Conda 环境即可。

当遇到类似

text 复制代码

Collecting package metadata (repodata.json): failed

的报错时，建议优先检查：

bash 复制代码

conda info
conda config --show-sources
conda config --show channels

可以重点观察报错中的 Channel URL。

Conda 创建环境报错：Unable to read repodata JSON file，清华源 pkgs/free 失效解决方法