amber

Blockbuater_drug9 天前
分子动力学模拟·分子模拟·amber·tleap·pdb4amber·蛋白结构准备·molprobity
Amber分子动力学模拟5.2: X-ray晶体结构的评估与选用截止2025年12月，RCSB PDB数据库中记录了超过20万条通过X-ray获得的晶体结构，最优分辨率为0.48 Å。
Blockbuater_drug10 天前
分子动力学模拟·amber·tleap·体系准备·pdb4amber
Amber分子动力学模拟5.1: 蛋白结构准备的一般流程和关键注意事项在使用 Amber（特别是 AMBER force field + sander/pmemd/ambertools）进行分子动力学（MD）模拟前，蛋白结构的准备是关键的第一步。Amber 本身不直接提供图形化建模工具，但通过其配套软件包 AmberTools（尤其是 tleap、pdb4amber、antechamber 等）可系统化完成蛋白结构的清洗、补全、质子化、拓扑与坐标文件生成。
Blockbuater_drug22 天前
md·格式转换·分子动力学模拟文件格式·amber·轨迹文件·坐标文件·拓扑文件
Amber 分子动力学模拟4: Amber文件格式解读，转换Amber（Assisted Model Building with Energy Refinement）是广泛用于生物大分子（如蛋白质、核酸）分子动力学（MD）模拟的软件套件。其文件体系主要包括三类核心文件：拓扑文件（Topology）、坐标文件（Coordinate/Restart） 和 轨迹文件（Trajectory）。下面对这三类文件进行系统、详细的介绍，包括格式、内容、用途及注意事项，并介绍如何在不同格式之间进行转换。
我是有底线的