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2 天前

Amber 分子动力学模拟4: Amber文件格式解读，转换Amber（Assisted Model Building with Energy Refinement）是广泛用于生物大分子（如蛋白质、核酸）分子动力学（MD）模拟的软件套件。其文件体系主要包括三类核心文件：拓扑文件（Topology）、坐标文件（Coordinate/Restart）和轨迹文件（Trajectory）。下面对这三类文件进行系统、详细的介绍，包括格式、内容、用途及注意事项，并介绍如何在不同格式之间进行转换。