科研干货

生成式AI做抗体设计：IgGM算法+Hdock对接+AF3验证的工程实践近期在Journal of Neuroinflammation上发表的一篇论文，完整呈现了一套AI驱动的纳米抗体设计技术栈，论文中anti-VSIG2 VHH纳米抗体的筛选由合肥科晶生物技术有限公司完成。本文从技术角度拆解这条管线。

Science Advances论文复现：461个香豆素分子的虚拟筛选参数解析本文结合一篇发表于Science Advances的虚拟筛选实战案例和科晶生物技术服务文档，系统梳理小分子化合物虚拟筛选的完整技术流程与关键参数。

从PDB到高亲和力分子：De novo生成式计算化学Pipeline剖析本文详细拆解了一套高效的De novo（从头设计）化合物挖掘系统架构：通过结合口袋预测 ->MegaMolBART分子生成 -> AutoDock Vina高通量/精细化两级对接 -> DiffDock深度学习验证。该架构能将传统多步骤的 CADD 流程紧密耦合，极大提升研发效率。

深度长文：AlphaFold3+AutoDock Vina高通量虚拟筛选自动化流水线实践本文探讨了如何构建一条高可用的化合物虚拟筛选Pipeline。通过AlphaFold3重构靶点，使用OpenBabel处理3D构象，并结合AutoDock Vina的三级递进（粗筛-虚拟筛选-精筛）策略，实现海量分子的算力成本与对接精度的最优解。

AI驱动药物设计：如何利用Evobind2与AutoDock Vina从头设计高亲和力环肽？近年来，环肽类分子凭借其兼具小分子药物的优良组织穿透能力和抗体药物的高靶向特异性，正成为创新药研发领域的“新宠”。然而，发现并设计出具有高亲和力的环肽结构，传统上往往需要耗费大量的时间进行试错。

星贝爱科生物科研小能手

Fe₃O₄@PAMAM磁珠树形大分子磁珠/阳离子改性磁珠PAMAM修饰四氧化三铁磁珠 (Fe₃O₄@PAMAM)Fe₃O₄@PAMAM 以四氧化三铁磁珠为内核，表面接枝聚酰胺 - 胺（PAMAM）树形大分子，拥有规整树枝状多级分支结构，代数可控、表层氨基数量呈指数级增长，兼具超顺磁快速回收、超高阳离子负载容量、多位点同步修饰、低细胞毒性等优势，是微量核酸富集、多配体共修饰、基因递送、多模式生物传感的高端磁性载体。

AI加速多肽研发：基于算法的靶向高亲和环肽设计与筛选实践近年来，多肽药物凭借其高特异性、低毒性以及能够靶向传统“不可成药”靶点的优势，在创新药研发领域备受瞩目。尤其是环肽（Cyclic Peptides），由于其特殊的环状结构，具备了更好的体内稳定性和穿透细胞膜的潜力。

AlphaFold 3+HDOCK：底层数据算法如何重构植物免疫功能蛋白互作研究？植物免疫的“密码”，比我们想象的更复杂和拥有抗体与免疫细胞的人类不同，植物在面对病原体侵染时，演化出了一套极为精妙且多层级的“先天免疫系统”。

当计算生物学遇上生成式AI：从头设计生物分子的“新范式”初探在药物研发与合成生物学领域，“从头设计”（de novo design）正从理论走向实践。过去，我们习惯于基于天然分子进行修饰优化；而如今，科晶生物借助生成式AI模型，可以帮助研究人员在计算机中直接“创造”具有特定功能的全新分子——这不是科幻，而是正在发生的科研现实。

好好学仿真

飞秒激光直写波导中的拓扑光子学：从SSH模型到高阶拓扑绝缘体（附论文解读）拓扑绝缘体（Topological Insulators, TIs）最早在凝聚态物理中提出，其核心特征是“体绝缘、边导通”——材料内部不导电，表面却能实现鲁棒的无背散射输运。这一概念在2008年被Haldane和Raghu引入光子学，开启了拓扑光子学的时代。

AlphaFold3+MPNN实战怎么玩？实测拆解蛋白与酶亲和力改造全流程在创新药研发、合成生物学以及工业酶制剂等前沿领域，蛋白质之间的相互作用（PPI）以及酶与底物的亲和力，往往决定了项目的成败与产品的最终性能。

突破蛋白互作筛选瓶颈：科晶生物“AI+结构组学”技术，精准锚定生命奥秘的钥匙在生命科学的研究版图中，蛋白质相互作用（Protein-Protein Interaction, PPI）是揭示细胞信号传导、疾病发生机制及作物抗性机理的核心密码。然而，传统的酵母双杂交（Y2H）或Pull-down实验往往面临周期长、假阳性高、文库覆盖有限等痛点。

我是有底线的