scanpy

TS的美梦19 天前
开发语言·python·r语言·scanpy·火山图
【1:1复刻R版】python版火山图函数一键出图随着我们单细胞python教程(scanpy单细胞分析)的发布,有小伙伴希望增加python的可视化,但是其实很多我们R中已经实现过了,选择用最简单的方式完成就可以了。本着教程都对标了,可视化也尽可能尽力对标,所以先从差异基因火山图可视化开始,这里1:1复刻的是之前R中的内容(ggplot做火山图---添加任意基因标签|||突出显示标记基因)。同样的实现散点图以及基因标注。为了让作图更加便捷,我们将过程写成了一个py函数,您只需要提供差异基因分析结果文件即可。
TS的美梦25 天前
python·数据分析·聚类·单细胞转录组·scanpy
scanpy单细胞转录组python教程(四):单样本数据分析之降维聚类及细胞注释接上节(scanpy单细胞转录组python教程(一):不同形式数据读取,scanpy单细胞转录组python教程(二):单样本数据分析之数据质控,scanpy单细胞转录组python教程(三):单样本数据分析之数据标准化、特征选择、细胞周期计算、回归等)。这一节是scanpy单细胞分析流程的最后一个内容了,完成降维聚类及细胞注释,这里我们还是推荐使用marker手动注释,自动注释这里先不演示。完成细胞注释,获得的结果是后续所有分析的基石。
TS的美梦1 个月前
人工智能·python·数据分析·单细胞转录组·scanpy
scanpy单细胞转录组python教程(二):单样本数据分析之数据质控接上节(scanpy单细胞转录组python教程(一):不同形式数据读取)。scanpy流程和R seurat流程并无太多差别,只是语言变了而已,思维不变。读取完矩阵,那么质控无非就是对于UMI、features、线粒体基因、核糖体基因比例、双细胞等等的检测而已。这里我们演示的数据是之前R里面演示过的数据。这里仅仅分析单个样本,不涉及到数据合并,去批次等等,主要是为了熟悉scanpy流程和代码,实际情况可能你不止一个样本,多样本数据分析我们后续讲到。学会基础,后面的也不再话下!
蜡笔小新..6 个月前
python·seurat·scanpy
ScanPy - Preprocessing and clustering 3k PBMCs (legacy workflow)工作复现话不多说先上官网:由于之前已经对Seurat中的10x Genomics数据集的教程进行了复现,所以这篇文档只是参考官方教程来进行撰写的,会加入自己的理解以及教程中没有涉及到的扩展的内容,本文的代码会使用大模型来添加注释,每段代码都会加注释方便学习和理解。
纪伊路上盛名在7 个月前
数据结构·python·可视化·生物学·单细胞·scanpy
scRNA-seq scanpy教程1:准备工作+AnnData数据结构理解此处使用python版本的scRNA-seq处理工具scanpy,而不是R版本的seurat,因为seurat包安装繁杂
我是有底线的