【1:1复刻R版】python版火山图函数一键出图

TS的美梦2025-08-19 9:27

随着我们单细胞python教程（scanpy单细胞分析）的发布，有小伙伴希望增加python的可视化，但是其实很多我们R中已经实现过了，选择用最简单的方式完成就可以了。本着教程都对标了，可视化也尽可能尽力对标，所以先从差异基因火山图可视化开始，这里1:1复刻的是之前R中的内容（ggplot做火山图---添加任意基因标签|||突出显示标记基因）。同样的实现散点图以及基因标注。为了让作图更加便捷，我们将过程写成了一个py函数，您只需要提供差异基因分析结果文件即可。

作图使用的是matplotlib结合seaborn，它两的组合我愿称之为python界的ggplot2！完整函数已发布微信VIP群！首先看看函数参数：我们需要提供的数据是一个dataframe，包含差异基因，logFC，pval的数据框。

看看复刻效果：

复制代码

import numpy as np
import pandas as pd
import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.figure import Figure
import adjustText as at

df = pd.read_csv('./DEG.csv',index_col=0)
df

复制代码

ks_plot_volcano(data = df, 
                pval_index="p_val_adj",
                logFC_index="avg_log2FC",
                label = True,
                gene_index = 'feature',
                lable_genes = genes['gene'])

复制代码

ks_plot_volcano(data = df, 
                pval_index="p_val_adj",
                logFC_index="avg_log2FC",
                style='s2',
                label = True,
                gene_index = 'feature',
                lable_genes = genes['gene'])
plt.savefig('./vplt.pdf') #保存为pdf

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