GWAS软件:GEMMA的安装和使用教程

GCTA和GEMMA是GWAS分析中应用最广泛的两款软件,GCTA可以在​Windows电脑下运行,而GEMMA软件只有Linux和Mac系统,这里介绍一下如何在Linux系统中安装GEMMA软件。

1. GEMMA名字来源

GEMMA名称来源:

G: Genome-wide

E:Efficient

MM:Mixed-model

A:Association

2. GEMMA下载地址

GEMMA的github地址:https://github.com/genetics-statistics/GEMMA/releases

最新版的是0.98.5

3. 下载安装

第一种方法,在github手动下载,然后上传到Linux系统重:

第二种,使用wget直接下载到Linux系统中:

复制代码
wget https://github.com/genetics-statistics/GEMMA/releases/download/v0.98.5/gemma-0.98.5-linux-static-AMD64.gz

解压:

复制代码
gzip -d gemma-0.98.5-linux-static-AMD64.gz 
chmod +x gemma-0.98.5-linux-static-AMD64 

4. 软件测试

运行软件,查看帮助文档。

复制代码
./gemma-0.98.5-linux-static-AMD64

./gemma-0.98.5-linux-static-AMD64 -h 1

5. 运行GWAS教程中的数据

用data3中的数据:


把数据上传到Linux系统中,进入数据,运行下面代码:

复制代码
../gemma-0.98.5-linux-static-AMD64 -bfile c -p p.txt -c c.txt -lm 1

在Result文件夹中,查看结果:

上面代码是用GEMMA用GLM模型进行的GWAS分析。

6. 软件和示例数据下载

公众号后台回复:"GEMMA",获得下载链接。

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