GCTA和GEMMA是GWAS分析中应用最广泛的两款软件，GCTA可以在Windows电脑下运行，而GEMMA软件只有Linux和Mac系统，这里介绍一下如何在Linux系统中安装GEMMA软件。
1. GEMMA名字来源
GEMMA名称来源：
G： Genome-wide
E：Efficient
MM：Mixed-model
A：Association
2. GEMMA下载地址
GEMMA的github地址：https://github.com/genetics-statistics/GEMMA/releases
最新版的是0.98.5
3. 下载安装
第一种方法，在github手动下载，然后上传到Linux系统重：
第二种，使用wget直接下载到Linux系统中：
wget https://github.com/genetics-statistics/GEMMA/releases/download/v0.98.5/gemma-0.98.5-linux-static-AMD64.gz
解压：
gzip -d gemma-0.98.5-linux-static-AMD64.gz
chmod +x gemma-0.98.5-linux-static-AMD64
4. 软件测试
运行软件，查看帮助文档。
./gemma-0.98.5-linux-static-AMD64
./gemma-0.98.5-linux-static-AMD64 -h 1
5. 运行GWAS教程中的数据
用data3中的数据：
把数据上传到Linux系统中，进入数据，运行下面代码：
../gemma-0.98.5-linux-static-AMD64 -bfile c -p p.txt -c c.txt -lm 1
在Result文件夹中，查看结果：
上面代码是用GEMMA用GLM模型进行的GWAS分析。
6. 软件和示例数据下载
公众号后台回复："GEMMA"，获得下载链接。
