【Materials Studio】入门基础篇
- 知识准备：分子模拟简介
- MS软件的特点和优势
- MS模块选择的经验原则
- [二、MS 软件的版本选择、安装、存放路径](#二、MS 软件的版本选择、安装、存放路径)
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- MS软件使用的基本设置
- [还原MS默认的参数设置（(每次新建project*时](#还原MS默认的参数设置（(每次新建project*时)
- 模型默认显示模式设置（每次新建project时）))
- [MS 快捷键的使用](#MS 快捷键的使用)
- [通过算例认识 MS](#通过算例认识 MS)
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- 案例一、有机分子在金属氧化物表面的吸附与分解
- 案例二、缓蚀剂对金属表面缓蚀机理的研究
- [案例三、 MOF 吸附气体分子的研究](#案例三、 MOF 吸附气体分子的研究)
- 案例四、环氧固化产物的热解模拟
- 案例五、表面活性剂对油-水界面性质影响的DPD模拟
前言
本文是对学习MS软件时，对视频的学习总结，无任何商务行为。视频链接如下：
https://www.bilibili.com/video/BV1SZ4y1o73r/?spm_id_from=333.999.0.0
知识准备：分子模拟简介
经典的分子模拟过程
- 构建模型;
- 设置计算参数;
- 运行计算;
- 分析与展示计算结果。
完成上述4个步骤，即完成了一次分子模拟。
MS软件的特点和优势
MS模块选择的经验原则
https://www.3ds.com/products-services/biovia/references/
三键鼠标
二、MS 软件的版本选择、安装、存放路径
MS 软件的版本选择、安装、存放路径
MS软件使用的基本设置
显示器设置
初始界面：
点击 View -> Explorers ->Job Explorer (Properties Explorer) 注意这两个都要点
推荐修改的显示器界面（从图中可以看到 MS 界面里面需要有三个管理器）
还原MS默认的参数设置（(每次新建project*时
模型默认显示模式设置（每次新建project时）)
默认的显示模式（line 线性），下图如默认形式下的水分子
MS 快捷键的使用
通过鼠标框设置：
ctrl + A：会把键也同样选中
alt + 鼠标点击 = 选择所有相同的原子
shift + 中键 = 局部模型旋转
home + 箭头 = 各类视图
通过算例认识 MS
建模十分重要。基础中的基础。
案例一、有机分子在金属氧化物表面的吸附与分解
做模拟：
第一步建模；金属氧化物表面，有"表面"二字，就意味着我们需要来做切面，即做晶面切割，这里需要知道晶面指数。旧的晶体可以通过文献进行查看，但是涉及到新的晶体，如何确定新晶体所具有的代表性的晶面指数。（这是一个非常常见与非常普遍的问题）
解决方法：使用 MS 的模块 ------ Morphology
这个模块可以算出来任意晶体的代表性的晶面指数
将晶面指数输入后，可以获得晶体模型，获得晶面模型之后下一步是要把分子给它放上去，（新问题：分子该怎么放，放在什么位置？）
我们可以徳用模抉DMol3来分别计算分子和晶体的静电势。
然局根据电荷同性相后、异性相吸的原理来摆放一个良好的初始位置。
模型有了之后，我们下一步就可以使用CASTEP 或者DMol3 来做模拟了
通过三个模块之间的协作，从而使得这个模拟更加容易和顺利。
案例二、缓蚀剂对金属表面缓蚀机理的研究
案例三、 MOF 吸附气体分子的研究
基于分子力学，即使用力场来进行计算。
进行吸附之前，将力场和电荷设置好。但是对于 MOF 如果使用分子力学常用的，诸如 Qeq 这种算法来算，会失效。
使用 Sorption 来做吸附计算，可以算出来 吸附量、吸附等温线、吸附能。
案例四、环氧固化产物的热解模拟
首先建模，使用AC模块将反应物放到一起构成反应模型，
平衡三部曲：几何优化+退火+分子动力学模拟。
案例五、表面活性剂对油-水界面性质影响的DPD模拟
首先我们可以使用模块 Synthia 来表活分子的长链部分来计算一个参数------粗粒化特征参数。然后可以建立表活分子的珠子模型。然后通过Blends 和 Forcite 这些来计算 这些珠子之间的相互作用参数；在使用Mesocite 进行 DPD模拟。