R语言【taxa】——leaves()和n_leaves()：每个分类群的冠群和冠群数量

ALittleHigh2024-01-24 16:53

Package taxa version 0.4.2

leaves(x, value = NULL, ...)

获取每个分类单元的冠群索引或其他每个分类单元的值。leaves 是没有下级分类群的分类群。

参数【x】：获取 leaves 的对象，比如 taxonomy。

参数【value】：要返回的东西，而不是索引。长度必须与分类群数相同。

参数【...】：其余参数。

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> x <- taxonomy(c('Carnivora', 'Felidae', 'Panthera', 'Panthera leo',
+                 'Panthera tigris', 'Ursidae', 'Ursus', 'Ursus arctos'),
+               supertaxa = c(NA, 1, 2, 3, 3, 1, 6, 7))

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<taxonomy[8]>
1: Carnivora
├─2: Felidae
│ └─3: Panthera
│   ├─4: Panthera leo
│   └─5: Panthera tigris
└─6: Ursidae
  └─7: Ursus
    └─8: Ursus arctos

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> leaves(x)
[[1]]
[1] 4 5 8

[[2]]
[1] 4 5

[[3]]
[1] 4 5

[[4]]
integer(0)

[[5]]
integer(0)

[[6]]
[1] 8

[[7]]
[1] 8

[[8]]
integer(0)

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> leaves(x, value = tax_name(x))
[[1]]
[1] "Panthera leo"    "Panthera tigris" "Ursus arctos"   

[[2]]
[1] "Panthera leo"    "Panthera tigris"

[[3]]
[1] "Panthera leo"    "Panthera tigris"

[[4]]
character(0)

[[5]]
character(0)

[[6]]
[1] "Ursus arctos"

[[7]]
[1] "Ursus arctos"

[[8]]
character(0)

n_leaves(x)

获取每个分类群的 leaves 数量。

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> x <- taxonomy(c('Carnivora', 'Felidae', 'Panthera', 'Panthera leo',
+                 'Panthera tigris', 'Ursidae', 'Ursus', 'Ursus arctos'),
+               supertaxa = c(NA, 1, 2, 3, 3, 1, 6, 7))
> n_leaves(x)
[1] 3 2 2 0 0 1 1 0