具体要选哪个，更多还是看个人喜好还有基础知识结构。
我们先来明白下两者区别在哪？
1、嵌入式：分两部分，第一是嵌入式软件开发，主要与嵌入式操作系统、应用软件等有关。第二是嵌入式硬件开发，需要掌握硬件设计、模拟仿真、 PCB设计等技能。
2、FPGA：它是在PAL、GAL、CPLD等可编程器件的基础上进一步发展的产物，是作为专用集成电路(ASIC)领域中的一种半定制电路而出现的，既解决了定制电路的不足，又克服了原有可编程器件门电路数有限的缺点。
FPGA是硬件电路设计，嵌入式是一种应用。
FPGA的开发是逻辑实现+约束+综合+仿真，嵌入式的开发是编码+编译+调试，如果是对数字电路设计感兴趣，可以考虑FPGA。
在了解下就业机会哪个多？
1、嵌入式的就业机会很多，优点就是就业容易，因为涉及到了计算机的各个方面，如果不满意，以后可以直接做软件开发，当然是不考虑年龄的问题下那基本不会有太大问题。
2、fpga就比较复杂，就业岗位没有嵌入式那么多，但现在确实很缺人，薪资也给的特别高，一般分为算法和控制，而算法的工资会比控制高，因为技术含量比控制高得多，但算法适合高数比较好的人学。
最后在了解下入行门槛？
1、嵌入式系统的门槛比较低，不管是嵌入式linux还是纯软，开发语言远远不止c/c++，现在用的更多的反而是go java rust python lua之类的，其实跟纯linux软件并没有多大区别，只是编译的时候要做交叉编译而已，门槛略高于纯软，但是低于FPGA，对学历要求也不是很高，招聘的岗位比较多，门槛较低大专也可以学。
2、FPGA的要求比较高，对数字电路底蕴要求较高，大多都是用的xilinx和inter的芯片，前期入门较难，比较吃经验，需要更长的时间才能入门，现在招聘的岗位虽然越来越多，但需要本科以上理工类相关专业才行，而大厂更是要985/211的相关专业的硕士，因此fpga的门槛很高，可替代性差，但基本不存在中年危机。
如果是嵌入式与FPGA要选一个，个人是比较建议FPGA的，
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