1. 蛋白准备
1.1 为什么进行蛋白准备？
从PDB晶体结构数据库中下载下来的晶体结构不适合直接用于分子对接。PDB数据库中的晶体结构仅含有重原子，并且可能含有共结晶配体、水分子、金属离子和辅因子等。多聚体结构则可能需要取出单体结构。另外，PDB数据库中的结构可能缺少连接信息，因此必须重新分配连接信息、键序和形式电荷。Schrödinger的Protein Preparation Wizard模块便是用于准备蛋白结构以解决上述问题。
1.2 蛋白准备流程
下面列出了蛋白准备的基本流程，在该流程中假设初始的蛋白结构是PDB格式，里面含有共结晶的配体分子，不含氢原子。在其他的蛋白结构准备过程中需要针对具体问题具体分析，在一些案例中，并不需要把下面所有步骤都走一遍。
(1) 将PDB晶体结构库中的蛋白配体复合物结构导入Maestro中。
(2) 定位需要保留的水分子，删掉其他水分子。通常和金属原/离子有相互作用的以及桥连蛋白和配体的水分子需要保留，其他的水分子删掉。
(3) 简化多聚复合物。如果PDB数据库中蛋白结构是多聚体，查看是否该多聚体有重复的结合位点和重复的链，如果有的话仅保留一个，删掉其他冗余的结构。
(4) 调整蛋白、金属离/原子和辅因子。
修补缺失的残基，如果缺失的残基距离结合位点比较远则一般不影响对接结果，如果缺失的残基在结合位点附近则一定要补全；检查蛋白结构中的金属原/离子；如果有键连着金属离子，则要将键删掉，并调整与金属离子相连原子和金属离子的形式电荷；设置金属原子的电荷并且纠正原子类型；设置辅因子的键序和形式电荷；修正摆向错误基团的方向。
(5) 调整配体的键序和形式电荷。
(6) 如果需要的话，调整蛋白和配体的离子化状态和互变异构状态。
(7) 精炼结构。能量最小化，调整基团摆向。
(8) 检查准备好的结构。
检查整体结构的形式电荷和质子化状态，并根据需要进行调整。检查水分子以及其他基团的取向，如酰胺、羟基的取向等。
1.3 Schrödinger中Protein Preparation Wizard进行蛋白准备 (实际操作)
简介：Protein Preparation Wizard模块可以帮助用户自动进行蛋白准备。经过该模块准备后的蛋白结构可用于后续的其他计算任务，如Glide、Prime、QSite和MacroModel。
Protein Preparation Wizard模块的打开方式如下图：
Protein Preparation Wizard模块的主界面简介如下所示：
(1) 蛋白结构输入
(2) 蛋白结构预处理
(3) 修复蛋白结构的一些问题
问题(Problem)对话框列出了出现原子缺失(通常是侧链)、原子类型错配、原子重叠或原子位置交替等问题的原子和残基。如果检测到任何这些问题，它会在预处理结束时自动打开。
(4) 检查结构并删除不想要的基团
(5) 优化蛋白氢键网络
优化氢键网络主要是重新优化羟基、硫醇、水分子、天冬酰胺和谷氨酰胺中氨基、组氨酸的咪唑环的摆向，预测组氨酸、天冬氨酸和谷氨酸的质子化状态以及组氨酸的互变异构态。这一步的优化是非常有必要的，因为X晶体衍射中并不能确定羟基、硫醇、水分子、天冬酰胺和谷氨酰胺中氨基、组氨酸的咪唑环的摆向。
(6) 氢键网络的交互优化
(7) 能量最小化
(8) 具体操作总结：
2. 对接盒子生成
2.1 设置用于生成盒子的受体参数
2.2 选择对接盒子中心并设置盒子尺寸
2.3 为对接盒子生成设置约束条件
设置约束使 Glide 能够在评估对接适用性的早期即可筛除不符合这些约束的配体、构象或姿势。
2.4 为对接盒子生成设置可旋转基团
2.5 为对接盒子生成设置排除体积
在某些情况下，您可能希望防止配体占据某些空间区域。例如，如果您在已知配体不结合的活性位点附近有一个口袋，您可能希望阻止配体占据该口袋。另一种情况是蛋白质的某些部分缺失，而您想要防止配体占据该区域。
2.6 生成盒子
run即可
2.7 具体操作总结
需要具体问题具体分析，一般只需要进行盒子中心位点选择和盒子尺寸设置即可。其他根据项目的具体情况根据上述参数说明进行参数设置即可。最终可生成glide-grid_1.zip的盒子信息文件。
3. 配体准备
LigPrep是薛定谔中用于准备配体高质量、全原子的三维结构的软件集。LigPrep最简单的用法是去产生单一的低能量并且手性正确的三维结构。LigPrep还可以用于产生各种电离状态、拓扑异构状态、立体化学和环构象的分子。并且还可以i指定条件来过滤分子。
3.1 配体准备LigPrep流程
(1) 转换分子格式：将输入分子的格式 (sdf, mol, mol2) 转换为mae格式。
(2) 加氢
(3) 移除不想要的原子：去除盐
(4) 中和带电基团
(5) 产生质子化状态
(6) 产生互变异构结构
(7) 设置条件过滤结构
(8) 产生正确的手性结构
(9) 产生三维结构并且能量最小化
(10) 转换输出文件格式
3.2 LigPrep实际操作
配体准备完成之后可生成ligprep_1文件夹，文件夹下即配体准备完成之后的文件。
4. 分子对接
薛定谔的Ligand Docking模块用于进行分子对接。
4.1 加载对接盒子
4.2 加载配体
4.3 对接设置
4.4 限制配体对接到指定的核心上
4.5 设置约束条件
4.6 为对接设置扭转约束
4.7 设置输出
4.8 对接具体操作总结
一般需要导入对接盒子和配体，然后设置对接精度，设置输出选项，其他默认即可，具体问题需要具体分析。最后如下设置核数和子任务进行对接即可。
