sc.tl.rank_genes_groups()问题

今天被问到了一个关于sc.tl.rank_genes_groups()的奇怪的问题

复制代码
import scanpy as sc
import pandas as pd
import numpy as np
import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt 
# from CellDART import da_cellfraction
# from CellDART.utils import random_mix
from sklearn.manifold import TSNE

ref_adata = sc.read_h5ad("./scRNA.h5ad")
ref_adata
复制代码
ref_adata.var_names_make_unique()  
sc.pp.normalize_total(ref_adata)
sc.pp.log1p(ref_adata)

#PCA and clustering 
sc.tl.pca(ref_adata, svd_solver='arpack')
sc.pp.neighbors(ref_adata, n_neighbors=6, n_pcs=40)
sc.tl.umap(ref_adata)
sc.tl.leiden(ref_adata, resolution = 0.5)
sc.pl.umap(ref_adata, color=['leiden','cellType'])
复制代码
sc.tl.rank_genes_groups(ref_adata, 'cellType', method='wilcoxon')
sc.pl.rank_genes_groups(ref_adata, n_genes=15, sharey=False)


可以看到这里的检验结果是以数字的形式显示,而不是以基因的形式显示的

解决办法

这个需要注意,有时间可以研究一下sc.tl.rank_genes_groups()内部是怎么实现的

相关推荐
Turnsole_y1 小时前
pycharm自动化测试初始化
python·selenium
weixin-a153003083162 小时前
[数据抓取-1]beautifulsoup
开发语言·python·beautifulsoup
AI量化投资实验室2 小时前
15年122倍,年化43.58%,回撤才20%,Optuna机器学习多目标调参backtrader,附python代码
人工智能·python·机器学习
倔强青铜三3 小时前
苦练Python第67天:光速读取任意行,linecache模块解锁文件处理新姿势
人工智能·python·面试
我是华为OD~HR~栗栗呀3 小时前
华为od-21届考研-C++面经
java·c语言·c++·python·华为od·华为·面试
明月(Alioo)3 小时前
机器学习入门,无监督学习之K-Means聚类算法完全指南:面向Java开发者的Python实现详解
python·算法·机器学习
鱼鱼说测试4 小时前
Linux下运行Jmeter
开发语言·python
CodeCraft Studio5 小时前
国产化Excel开发组件Spire.XLS教程:将Python列表转换为Excel表格(3种实用场景)
开发语言·python·excel·spire.xls·python列表转excel·国产化文档开发
企鹅侠客5 小时前
基于python写的PDF表格提取到excel文档
python·pdf·excel·pdf文档表格转excel
mortimer5 小时前
Python 中那些鲜为人知但实用的工具函数
python