Sum of Single Effects Linear Regression (susieR):多个因果变异位点的鉴定

使用susieR鉴定多个因果变异位点只需要两个输入文件,一个输入文件是包含Zscore值的SNP位点(zscore.txt),另一个文件是LD matrix(LD.matrix.ld)。

zscore.txt 文件如下所示:

LD.matrix.ld 文件如下所示:

LD.matrix.ld 文件是通过plink生成的,使用到的命令如下:

bash 复制代码
plink --bfile file --r2 --matrix --out LD.matrix

其中,file是指包含zscore.txt文件中所有SNP的plink格式文件。注意,file.bim的SNP顺序要跟zscore.txt的SNP一列的顺序完全一致,不然后面运行susieR的时候会报错。

通过以上命令得到LD.matrix.ld 文件后,即可通过susieR包鉴定多个因果变异位点,如下所示:

r 复制代码
install.packages("susieR")
rm(list=ls())
library(susieR)
library(data.table)
eq=read.table("zscore.txt", sep="\t", stringsAsFactors=FALSE,header=F)
dat <- fread("LD.matrix.ld")
dat1=as.matrix(dat)
fitted_rss3 <- susie_rss(c(eq$zscore), dat1, n=eq$N, L = 10)
susie_plot(fitted_rss3, y="PIP")
summary(fitted_rss3)$cs

运行susie_plot(fitted_rss3, y="PIP")命令后得到如下图像:

其中,真正的因果变量以红色显示。95%的因果集通过三种不同的颜色(绿色、紫色、蓝色)来表示。

运行summary(fitted_rss3)$cs命令后得到如下结果:

复制代码
#   cs cs_log10bf cs_avg_r2 cs_min_r2
# 1  2   4.033879 1.0000000 1.0000000
# 2  1   6.744086 0.9634847 0.9634847
# 3  3   3.461470 0.9293299 0.7545197
#                                                                                                      variable
# 1                                                                                                         653
# 2                                                                                                     773,777
# 3 362,365,372,373,374,379,381,383,384,386,387,388,389,391,392,396,397,398,399,400,401,403,404,405,407,408,415

结果表示这三个因果信号已被三个因果集(CSs)捕获。注意的是,第三个因果集中包含许多变量,包括真正的因果变量403。

相关推荐
CoovallyAIHub9 分钟前
避开算力坑!无人机桥梁检测场景下YOLO模型选型指南
深度学习·算法·计算机视觉
YouQian77213 分钟前
问题 C: 字符串匹配
c语言·数据结构·算法
yanxing.D18 分钟前
408——数据结构(第二章 线性表)
数据结构·算法
艾莉丝努力练剑1 小时前
【LeetCode&数据结构】二叉树的应用(二)——二叉树的前序遍历问题、二叉树的中序遍历问题、二叉树的后序遍历问题详解
c语言·开发语言·数据结构·学习·算法·leetcode·链表
YuTaoShao1 小时前
【LeetCode 热题 100】51. N 皇后——回溯
java·算法·leetcode·职场和发展
1 小时前
3D碰撞检测系统 基于SAT算法+Burst优化(Unity)
算法·3d·unity·c#·游戏引擎·sat
Tony沈哲1 小时前
OpenCV 图像调色优化实录:基于图像金字塔的 RAW / HEIC 文件加载与调色实践
opencv·算法
我就是全世界2 小时前
Faiss中L2欧式距离与余弦相似度:究竟该如何选择?
算法·faiss
boyedu2 小时前
比特币运行机制全解析:区块链、共识算法与数字黄金的未来挑战
算法·区块链·共识算法·数字货币·加密货币
KarrySmile3 小时前
Day04–链表–24. 两两交换链表中的节点,19. 删除链表的倒数第 N 个结点,面试题 02.07. 链表相交,142. 环形链表 II
算法·链表·面试·双指针法·虚拟头结点·环形链表