STAR 命令参数解释

以这个为例子解释STAR参数含义

STAR 命令参数解释

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STAR \
--outFilterType BySJout \
--runThreadN 8 \
--outFilterMismatchNmax 2 \
--genomeDir <hg19_STARindex> \
--readFilesIn <un_aligned.fastq> \
--outFileNamePrefix <HEK293> \
--outSAMtype BAM SortedByCoordinate \
--quantMode TranscriptomeSAM GeneCounts \
--outFilterMultimapNmax 1 \
--outFilterMatchNmin 16 \
--alignEndsType EndToEnd
  1. --outFilterType BySJout:

    • 过滤类型,BySJout 表示只输出通过Splice Junction过滤的reads。这对于检测新的剪接位点非常有用。
  2. --runThreadN 8:

    • 使用8个线程进行计算。多线程可以加速处理速度,特别是在多核处理器上。
  3. --outFilterMismatchNmax 2:

    • 每个read允许的最大错配数。如果一个read有超过2个错配,则不会被输出。这个参数控制比对的精确度。
  4. --genomeDir <hg19_STARindex>:

    • 指定参考基因组索引的目录。这里假设是hg19基因组的STAR索引。
  5. --readFilesIn <un_aligned.fastq>:

    • 输入的FASTQ文件,包含待比对的reads。
  6. --outFileNamePrefix <HEK293>:

    • 输出文件的前缀。所有输出文件的名称都会以这个前缀开始。
  7. --outSAMtype BAM SortedByCoordinate:

    • 指定输出文件类型和排序方式。这里输出的文件格式为BAM,并按坐标排序。
  8. --quantMode TranscriptomeSAM GeneCounts:

    • TranscriptomeSAM:输出转录组的比对结果(适用于下游转录组分析工具)。
    • GeneCounts:生成基因计数文件。
  9. --outFilterMultimapNmax 1:

    • 每个read允许的最大多比对数(multimapping)。设为1意味着只保留唯一比对的reads。如果一个read比对到多个位置,则不会被输出。
  10. --outFilterMatchNmin 16:

    • 每个read的最小比对长度。如果一个read比对的长度小于16bp,则不会被输出。这个参数控制比对的质量。
  11. --alignEndsType EndToEnd:

    • 比对模式,EndToEnd 表示全长比对,要求read的两端都比对到参考基因组。

是否保留多比对(multimapping)

根据参数 --outFilterMultimapNmax 1,该设置表明只保留唯一比对的reads。如果一个read比对到多个位置,则不会被输出。因此,该命令配置没有保留多比对的reads,只有唯一比对的reads会被保留和输出。

总结

  • --outFilterMultimapNmax 1 参数设定为1,意味着不保留多比对的reads,只保留唯一比对的reads。
  • 其他参数控制比对的精确度、输出格式和质量过滤标准。

通过这些设置,STAR将只输出那些唯一比对到参考基因组的位置、且质量符合要求的reads。

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