以这个为例子解释STAR参数含义
STAR 命令参数解释
bash
STAR \
--outFilterType BySJout \
--runThreadN 8 \
--outFilterMismatchNmax 2 \
--genomeDir <hg19_STARindex> \
--readFilesIn <un_aligned.fastq> \
--outFileNamePrefix <HEK293> \
--outSAMtype BAM SortedByCoordinate \
--quantMode TranscriptomeSAM GeneCounts \
--outFilterMultimapNmax 1 \
--outFilterMatchNmin 16 \
--alignEndsType EndToEnd
-
--outFilterType BySJout
:- 过滤类型,
BySJout
表示只输出通过Splice Junction过滤的reads。这对于检测新的剪接位点非常有用。
- 过滤类型,
-
--runThreadN 8
:- 使用8个线程进行计算。多线程可以加速处理速度,特别是在多核处理器上。
-
--outFilterMismatchNmax 2
:- 每个read允许的最大错配数。如果一个read有超过2个错配,则不会被输出。这个参数控制比对的精确度。
-
--genomeDir <hg19_STARindex>
:- 指定参考基因组索引的目录。这里假设是hg19基因组的STAR索引。
-
--readFilesIn <un_aligned.fastq>
:- 输入的FASTQ文件,包含待比对的reads。
-
--outFileNamePrefix <HEK293>
:- 输出文件的前缀。所有输出文件的名称都会以这个前缀开始。
-
--outSAMtype BAM SortedByCoordinate
:- 指定输出文件类型和排序方式。这里输出的文件格式为BAM,并按坐标排序。
-
--quantMode TranscriptomeSAM GeneCounts
:TranscriptomeSAM
:输出转录组的比对结果(适用于下游转录组分析工具)。GeneCounts
:生成基因计数文件。
-
--outFilterMultimapNmax 1
:- 每个read允许的最大多比对数(multimapping)。设为1意味着只保留唯一比对的reads。如果一个read比对到多个位置,则不会被输出。
-
--outFilterMatchNmin 16
:- 每个read的最小比对长度。如果一个read比对的长度小于16bp,则不会被输出。这个参数控制比对的质量。
-
--alignEndsType EndToEnd
:- 比对模式,
EndToEnd
表示全长比对,要求read的两端都比对到参考基因组。
- 比对模式,
是否保留多比对(multimapping)
根据参数 --outFilterMultimapNmax 1
,该设置表明只保留唯一比对的reads。如果一个read比对到多个位置,则不会被输出。因此,该命令配置没有保留多比对的reads,只有唯一比对的reads会被保留和输出。
总结
--outFilterMultimapNmax 1
参数设定为1,意味着不保留多比对的reads,只保留唯一比对的reads。- 其他参数控制比对的精确度、输出格式和质量过滤标准。
通过这些设置,STAR将只输出那些唯一比对到参考基因组的位置、且质量符合要求的reads。