手动下载工具后设环境变量(ubuntu)

以生物信息学工具blast为例,我的安装路径是/home/2023_lcl/biotool/ncbi-blast-2.16.0+/bin

方法1:临时添加到当前会话的PATH 环境变量

你可以使用以下命令将该路径添加到当前终端会话的 PATH 中。这种方法只对当前终端有效,关闭终端后配置会失效:

复制代码
export PATH=$PATH:/home/2023_lcl/biotool/ncbi-blast-2.16.0+/bin

你可以通过以下命令确认是否已经成功添加:

复制代码
echo $PATH

然后尝试运行 blastn 来验证是否正确配置:

复制代码
blastn -version

方法 2:永久添加到 PATH 环境变量

要永久添加 BLAST 的路径到 PATH 中,你可以将路径添加到用户的 .bashrc 文件中,这样每次启动新终端时都会自动加载。

  1. 使用文本编辑器打开 .bashrc 文件:

    复制代码
    nano ~/.bashrc
  2. 在文件末尾添加以下行,将 BLAST 的安装路径添加到 PATH

    复制代码
    export PATH=$PATH:/home/2023_lcl/biotool/ncbi-blast-2.16.0+/bin
  3. 保存并退出编辑器(在 nano 中按 Ctrl + X,然后按 Y 确认保存)。

  4. 重新加载 .bashrc 文件,或者关闭并重新打开终端:

    复制代码
    source ~/.bashrc
  5. 验证 PATH 是否已更新:

    复制代码
    echo $PATH
  6. 再次尝试运行 blastn 来确认安装成功:

    复制代码
    blastn -version

    方法 3:为所有用户设置环境变量

如果你想将 BLAST 的路径添加为系统中所有用户可用的路径,可以将路径添加到系统的 /etc/profile 文件中。不过,这通常需要 sudo 权限。

  1. 使用管理员权限编辑 /etc/profile

    复制代码
    sudo nano /etc/profile
  2. 在文件末尾添加以下行:

    复制代码
    export PATH=$PATH:/home/2023_lcl/biotool/ncbi-blast-2.16.0+/bin
  3. 保存并退出,然后重新加载配置文件或重启系统。

总结

  • 临时修改环境变量可以使用 export PATH=...,仅对当前会话有效。
  • 永久添加到 PATH 可以通过编辑 .bashrc 文件,使 BLAST 在每次启动终端时都能自动加载。
  • 验证安装是否成功可以通过运行 blastn -version 确认。
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