基于scRNA-data,运用pySCENIC寻找细胞群里面活跃的调节子

愿武艺晴小朋友一定得每天都开心


pySCENIC 在步骤上,分为4大步:

1)准备工作:counts矩阵文件(R语言写出csv文件)

2)将csv文件转换为loom文件(用python做)

3)然后slurm平台申请资源运行pyscenic_total.slurm文件;得到sample_SCENIC.loom结果文件

4)将SCENIC结果文件(sample_SCENIC.loom)导入到R,根据想要生物学意义合理可视化

这篇博客我想写如何运用SCENIC的结果找细胞群特异的TF

本质是2个函数的运用:calcRSS()函数和画图函数 plotRSS_oneSet()函数

rss <- calcRSS(AUC=getAUC(sub_regulonAUC),

cellAnnotation=Celltype[rownames(fed@meta.data),"Celltype"], #"Sample"

) #cellTypes=c("Pre-B","Pro-B")

rss=na.omit(rss)

dim(rss)

rss[1:10,]

rank图的形式进行展示

plotRSS_oneSet(rss,setName="Pro-B",n=6)

plotRSS_oneSet(rss,setName="Pre-B",n=6)


如果我的文章对您有帮助,欢迎点赞收藏转发,这这这也是支持我不断进步的动力~

如果有什么看不明白的地方,也欢迎在评论区留言~

相关推荐
图扑可视化13 小时前
WebGL/Canvas 内存泄露分析
数字孪生·数据可视化·技术·内存泄露
Highcharts.js21 小时前
3D 图表:有用的可视化工具还是误导性的幻觉?
信息可视化·数据可视化·highcharts·3d图表·图表库·highcharts 3d图表·数据绘图
十三画者1 天前
【文献分享】acmgscaler:用于在 ACMG/AMP 框架内对基因层面的变异效应得分进行标准化校准。
数据挖掘·数据分析·r语言
杨超越luckly2 天前
HTML应用指南:利用POST请求获取中国一汽红旗门店位置信息
前端·arcgis·html·数据可视化·门店数据
小火柴1233 天前
利用R绘制条形图
开发语言·r语言
小火柴1233 天前
利用R绘制小提琴图
信息可视化·r语言
杨超越luckly3 天前
HTML应用指南:利用GET请求获取全国沃尔沃门店位置信息
前端·arcgis·html·数据可视化·门店数据
kesteler3 天前
R-切割数据
开发语言·r语言
FIT2CLOUD飞致云4 天前
安全漏洞修复,组合图副值轴支持同环比设置,DataEase开源BI工具v2.10.14 LTS版本发布
开源·数据可视化
我要学习别拦我~4 天前
桑基图、弦图、旭日图:如何表现复杂流向关系
经验分享·信息可视化·数据可视化