生物信息学中的R环境配置 以及Debug方法
- 开始设置
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- [1、建议使用VSCode + conda + 远程R](#1、建议使用VSCode + conda + 远程R)
- [2、 VSCode配置](#2、 VSCode配置)
- [3、 linux conda 和 远程R配置](#3、 linux conda 和 远程R配置)
- [4、VScode 远程访问R环境](#4、VScode 远程访问R环境)
- 5、开始Debug
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- 新建个R文件（注意，这已经是链接到远程服务器了）
- 先测试能否逐行运行
- [开始debug R](#开始debug R)
- [R debug的命令（必须看）](#R debug的命令（必须看）)
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- 在配置过程中遇到的问题
开始设置
1、建议使用VSCode + conda + 远程R
2、 VSCode配置
安装插件
bash
Remote-SSH
R
R Debugger
安装好插件后，远程设置
链接成功后，设置项目
然后点击OK, 就可以了
3、 linux conda 和 远程R配置
确保有conda
安装R：
bash
# 首先添加必要的 channels
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
#更新conda
conda update conda
# 然后创建环境
conda create -n r_bioinfo -c conda-forge r-base=4.3
# 激活环境
conda activate r_bioinfo缺少依赖，则安装（必要项）：
bash
conda install -c conda-forge gcc
conda install -c conda-forge gxx
conda install -c conda-forge gfortran
conda install -c conda-forge make
conda install -c conda-forge zlib
conda install -c conda-forge libxml2
conda install -c conda-forge libcurl
conda install -c conda-forge openssl
conda install -c conda-forge hdf5
conda install -c conda-forge pcre2
conda install -c conda-forge freetype
conda install -c conda-forge libpng
conda install -c conda-forge libtiff
conda install -c conda-forge jpeg
conda install -c conda-forge zlib
conda install -c conda-forge libxml2
conda install -c conda-forge curl
conda install -c conda-forge openssl
conda install -c conda-forge r-biocmanager安装远程需要的包：
bash
# 安装基础包
conda install -c conda-forge r-jsonlite
conda install -c conda-forge r-rlang
# 安装调试器相关包
conda install -c conda-forge r-devtools
c
# 安装r远程调试包
library(devtools)
install_github("ManuelHentschel/vscDebugger")
# 测试
library(vscDebugger)
# 其它包(可选）
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.18")
BiocManager::install(c("rhdf5", "SingleCellExperiment", "DESeq2"))4、VScode 远程访问R环境
需要进行完成第2步，就是可以远程访问文件了
下面配置远程R
bash
# 首先找到conda 安装的R的位置
conda info --envs然后在vscode里编辑settings.json：
bash
# ctrl+shift+P 打开控制行
>Preferences: Open User Settings (JSON)添加：
bash
{
# 这里可能会有其它配置
# 不要删除
// 添加 R 相关配置
"r.rpath.linux": "/home/xxx/anaconda3/envs/r_bioinfo/bin/R", # xxx 换成你的R目录
"r.lsp.debug": true,
"r.debugger.timeouts": {
"startup": 8000
},
"r.libPaths": [
"/home/xxx/anaconda3/envs/r_bioinfo/lib/R/library" # xxx 换成你的R目录
],
"r.alwaysUseActiveTerminal": true,
"r.sessionWatcher": true,
"r.bracketedPaste": true,
"r.terminalPath": "/home/xxx/anaconda3/envs/r_bioinfo/bin/R", # xxx 换成你的R目录
"r.workspaceViewer.watch": true,
"r.plot.useHttpgd": true
}编辑Launch.json
bash
# ctrl+shift+P 打开控制行
>Open Launch.json
bash
"version": "0.2.0",
"configurations": [
### 其它已存在的配置
{
"type": "R-Debugger",
"name": "Debug R-File",
"request": "launch",
"debugMode": "file",
"workingDirectory": "${workspaceFolder}",
"file": "${file}",
"rpath": "/home/liuyinbo/anaconda3/envs/r_bioinfo/bin/R",
"env": {
"R_LIBS_USER": "/home/liuyinbo/anaconda3/envs/r_bioinfo/lib/R/library"
}
},
]
}5、开始Debug
新建个R文件（注意，这已经是链接到远程服务器了）
先测试能否逐行运行
激活环境
逐行运行
如果以上都成功了，再进行下一步。
开始debug R
R debug的命令（必须看）
由于vscode没有按钮形式，所以 只能用快捷键
F5 : 开始调试/继续执行
Shift + F5 : 停止调试
Ctrl + F5 : 运行（不调试）
F
10 : 单步跳过（Step Over）- 不进入函数内部
F11 : 单步进入（Step Into）- 进入函数内部
Shift + F11 : 单步跳出（Step Out）- 从当前函数返回
F9 : 切换断点
Ctrl + F9 : 启用/禁用断点
Ctrl + Shift + F9 : 删除所有断点
Ctrl + Shift + D : 打开调试视图
Ctrl + Shift + Y : 打开调试控制台
鼠标悬停在变量上 : 查看变量值
在 Watch 窗口添加 : 持续监视变量
Ctrl + Shift + P : 打开命令面板（可搜索调试相关命令）
Ctrl + ` : 打开/关闭终端
Ctrl + K Ctrl + I : 显示悬停信息
调试时的工作流程：
设置断点（F9）
开始调试（F5）
使用单步调试（F10/F11）
查看变量值
继续或停止调试在配置过程中遇到的问题
1、远程服务器无法访问
先在其它地方测试服务器可以链接，且网络比较好
2、需要本地ras密钥配置
可以配置文件解决，自行查找
3、配置了settings.json无法使用（右下角会有报错，看下R位置是不对的）
看下是否配置的用户settings或本地空间settings
4、配置launch.json无法使用
同样的看下配置的位置对不对