R 语言科研绘图第 45 期 --- 桑基图-和弦

Tiger Z2025-05-07 15:08

在发表科研论文的过程中，科研绘图是必不可少的，一张好看的图形会是文章很大的加分项。

为了便于使用，本系列文章介绍的所有绘图都已收录到了 sciRplot 项目中，获取方式:

R 语言科研绘图模板 --- sciRplothttps://mp.weixin.qq.com/s/QA_8LVqjkdg4A16zLonw4w?payreadticket=HFXEx_kPj5sa4ZbON6PuBVE6hY4uONpt5fuR5mkt4E3SY1xabQ2teA__zTNdexdQ6rjzi8A

本期绘图预览：

1. 导入包

我们首先导入本期绘图用到的 R 包：

复制代码

library(circlize)

2. 准备数据

接下来我们导入绘图用到的数据，在 sciRplot 中给大家提供了测试数据：

复制代码

data <- sciRplot_data

3. 准备配色

颜色的选择往往是一件让人特别纠结的事情，这里我们直接使用 sciRcolor 来设置配色：

复制代码

colors <- sciRcolor::pal_scircolor(37)[1:6]names(colors) <- c(paste0("A", 1:3), paste0("B", 1:3))

sciRcolor 是为了 R 语言科研绘图开发的配色工具，包含了 100 种常用配色，详细信息见：

R 语言科研配色工具 --- sciRcolorhttps://mp.weixin.qq.com/s/XZol4VxvHnJD_49ij3f2mg?payreadticket=HCIggeb6g_gH72WlJ8g663z_umzjXR7nXKHv-x3VHGfDlQ_FUp2CWE-7Vbvo4ujDIUi6COo

4. 绘制图形

接下来我们通过下面的代码来绘制图形：

复制代码

chordDiagram(data, grid.col=colors, annotationTrack = "grid", transparency = 0.2)

5. 保存图形

最后我们保存绘制的图形：

复制代码

## 注意：下面保存图形代码需要在 R Console 中运行，在Rmarkdown中运行会报错png("save/sankey-circlize.png", width = 800, height = 600, res=300, units = 'px')chordDiagram(data, grid.col=colors, annotationTrack = "grid", transparency = 0.2)dev.off()

sciRplot 介绍

为了解决 R 语言中科研绘图的问题，我推出了 sciRplot 项目。sciRplot 项目包含了以下内容：

① 100 种绘图代码，按照图形类型进行分类，包含 60 种基础绘图 和 40 种进阶绘图

② 配备一站式 html文档 ，包含测试数据 ，代码一键复制 ，交互式阅读提高用户体验