bismark OT CTOT OB CTOB 以及mapping后的bam文件中的XG,XR列的含义

首先,OT,OB,CTOT,CTOB都是描述测序reads的,而不是描述参考基因组的。

bisul-fate建库会将DNA双链文库中非甲基化的C转化成U。转化结束后,被转化的U和互补链的G并不配对。此时正链(+,OT,original top strand)和反链(-,OB,original bottom strand)中,均为C to T转换的原始reads。

上述的reads经过PCR扩增后,正反单链均产生完全互补链。OT的互补链为CTOT(Complementary original top strand),OB的互补链为CTOB(Complementary bottom strand)。可知CTOT和CTOB均为GA转换。

图片引用自:

https://zhuanlan.zhihu.com/p/163495878

  • 正链(+) :是指 FASTA 文件中提供的原始序列本身,即参考基因组中记录的那条链。

  • 负链(-) :是指 FASTA 文件中记录的序列的反义链,也就是将参考序列取反向互补得到的链。

关于bismark比对,可以参考这篇:

https://www.zxzyl.com/archives/759/

比对生成的bam文件中,XR字段如果是CT,表示该reads是经过CT变换后匹配到了基因组中,即该reads属于OB或者OT;此时若XG字段为GA,表示它mapping到了参考基因组正链中的GA变换也就是反链中的CT变换,即表示它属于反链,即OB。如上图,即(2)对应的情况(reads上的C全部转换成T,然后mapping到了基因组正链GA转换。)

列个表供参考:

XR XG 说明 Strand
CT CT read 是 C→T(OB或者OT),基因组是 C→T(OT或CTOT) OT
CT GA read 是 C→T(OB或者OT),基因组是 G→A(OB或CTOB) OB
GA CT read 是 G→A(CTOT或者CTOB),基因组是 C→T(OT或CTOT) CTOT
GA GA read 是 G→A(CTOT或者CTOB),基因组是 G→A(OB或CTOB) CTOB
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