1.文件准备------
c盘的BIDS文件copy到ubuntu系统，因为FSL安装在UBUNTU。
cp -r /mnt/c/Users/y/MyDoc/LogsForWorksInUbuntu/brainCoding/nc25hippocampus ~/MYDOC/braincoding/
2.FreeSurfur------不需要单独安装
FSL已安装，这里提前安装fmriprep会调用的FreeSurfur在UBUNTU。
fs的license：注册后手动保存为txt。注意需要linux格式，处理方法是建好后再用VSCODE打开，右下角CRLF切换为LF再重新保存。
需要18.0.4以上ubuntu，查看ubuntu版本：
lsb_release -a
Description: Ubuntu 24.04.2 LTS.
xxxxx dpcker安装fmriprep方式不需要单独安装freesurfer。
3.fmriprep安装
镜像源拉取镜像
sudo docker pull docker.1ms.run/nipreps/fmriprep修复镜像标签
docker tag docker.1ms.run/nipreps/smriprep:25.1.0 nipreps/smriprep:25.1.0根据images反映的已拉取镜像信息，实际我的命令是：
docker tag docker.1ms.run/nipreps/fmriprep:latest nipreps/smriprep:25.1.3
安装fmriprep docker包装器
python -m pip install fmriprep-docker过程看到我的版本是"Successfully installed fmriprep-docker-25.1.3"
试用：
fmriprep-docker ./nc25hippocampus_data/ ./nc25hippocampus_ors/derivatives/ participant --participant-label 01 --fs-license-file ./freesurfer/license.txt --fs-subjects-dir ./nc25hippocampus_ors/fs_out --output-spaces MNI152NLin2009cAsym T1w --work-dir ./ --cifti-output 91k
附：调整ubuntu分区大小
C:
systeminfo
物理内存总量: 14,029 MB
可用的物理内存: 5,410 MB
wsl
free -g 查看只分配了8G大小
（以上截图来自文末参考博客2.）
参考：