在 GitHub 上生成和配置个人访问令牌（PAT），并将其用于 R 环境中的凭证管理和包安装。

1. 生成 GitHub 个人访问令牌（PAT）

访问 GitHub 设置页面

打开浏览器，访问 GitHub 的 个人访问令牌 生成页面：GitHub Personal Access Tokens
登录 GitHub 账户

如果你尚未登录，请输入 GitHub 的用户名和密码登录。
生成新的个人访问令牌（PAT）
- 在 Personal access tokens 页面，点击 Generate new token（生成新令牌）。
- 在打开的页面中，填写以下内容：
  - Note : 给你的令牌命名，可以使用如 R-Access-Token 或其他名字来标记这个令牌的用途。
  - Expiration : 选择令牌的过期时间（可以选择 30 天、60 天、90 天等，或者选择 No expiration 表示没有过期时间）。
  - Select Scopes : 选择令牌的权限。为了能够通过 Git 安装包，你至少需要选择以下权限：
    - repo （允许访问私有仓库）
    - workflow （允许访问 GitHub Actions）
    - read:org （读取组织信息，必要时选择）
    - write:packages （写入包，必要时选择）
    - read:packages （读取包，必要时选择）
  例如，你可以选择如下权限：
  - repo
  - workflow
  - write:packages
  - read:packages
  - read:org
生成令牌

选择好所有权限后，点击页面底部的 Generate token 按钮。
保存令牌

在令牌生成后，GitHub 会显示一个新的访问令牌。请务必复制并保存 这个令牌，因为它只会显示一次。如果你丢失了令牌，你只能重新生成一个。

2. 配置 GitHub 凭证

一旦生成了新的 PAT，你需要在你的 R 环境和 Git 客户端中使用这个令牌。

在 R 中配置凭证

安装并加载 gitcreds 包

在 R 中，使用 gitcreds 包来配置和管理 GitHub 的凭证。
r 复制代码
```
install.packages("gitcreds")
library(gitcreds)
```
设置 GitHub PAT 凭证

使用 gitcreds_set() 函数将 PAT 设置到 GitHub 凭证中：
r 复制代码
```
gitcreds::gitcreds_set()
```
执行后，R 会提示你输入 GitHub 的用户名和 PAT。输入用户名和刚才生成的 PAT。

示例：
r 复制代码
```
gitcreds::gitcreds_set()
```
然后按提示输入以下内容：
- 用户名: 输入你的 GitHub 用户名
- 密码: 输入你刚刚生成的 GitHub PAT 令牌

配置 Git 远程 URL 和凭证

在终端中，确保 Git 使用 HTTPS 协议来访问 GitHub，并缓存凭证。

配置 Git 凭证缓存：

打开终端（Terminal）并执行以下命令启用凭证缓存：
bash 复制代码
```
git config --global credential.helper store
```
配置 GitHub 远程 URL 使用 HTTPS：

在终端中，执行以下命令配置 Git 远程仓库 URL：
bash 复制代码
```
git remote set-url origin https://github.com/username/repository.git
```
将 username/repository 替换为你实际的 GitHub 用户名和仓库名。
输入 GitHub 用户名和 PAT

当执行 Git 操作时，Git 会提示你输入 GitHub 用户名和 PAT。输入这些信息后，Git 会将其缓存，确保你可以成功进行后续的操作。

3. 安装 GitHub 包

在 R 中，你可以使用 remotes 包来安装 GitHub 上的 R 包，确保使用正确的 GitHub PAT。

r 复制代码

remotes::install_github("mojaveazure/seurat-disk")

如果一切配置正确，remotes 包会使用你存储的 GitHub 凭证进行身份验证，并成功安装包。

4. 验证配置是否生效

你可以通过以下命令验证 GitHub 凭证是否已正确配置：

r 复制代码

gitcreds::gitcreds_get()

这将显示存储在 R 环境中的 GitHub 凭证信息。

5. 解决常见问题

HTTP error 401: Bad credentials

这个错误通常是由于 GitHub PAT 配置错误或凭证过期导致的。你可以重新生成 PAT，并确保按照上述步骤正确配置。
GitHub Token 使用时的授权问题

确保在 GitHub 设置页面选择了足够的权限。如果需要，可以更新权限并生成新的 PAT。

总结

通过生成 GitHub 的个人访问令牌（PAT）并配置到 R 环境中，你能够在 R 中安全地使用 GitHub 凭证进行包安装、推送和拉取操作。关键步骤包括：

生成 GitHub PAT。
使用 gitcreds 包将 PAT 配置到 R 中。
使用 remotes 包进行 GitHub 包安装。

如果按照这些步骤操作，应该能够避免遇到 401 错误并顺利安装所需的 GitHub 包。