基于R语言生物信息学大数据分析与绘图技术应用

随着高通量测序以及生物信息学的发展,R语言在生物大数据分析以及数据挖掘中发挥着越来越重要的作用。想要成为一名优秀的生物数据分析者与科研团队不可或缺的人才,除了掌握对生物大数据挖掘与分析技能之外,还要具备一定的统计分析能力与SCI论文质量绘图能力。

一:R语言基础介绍和环境搭建

1.编程语言学习经历分享

2.R语言数据操作技巧

3.R语言与windows系统、Linux服务器及使用方法

4.R 语言与生物信息数据的联系

5.多组学数据的分析方法

6.R语言在生物信息学中的应用

二:R语言介绍及基本语法

1.R语言发展脉络

2.R与工作目录(工作目录,切换工作目录)

3.R的数据类型及结构 (数值型、逻辑型、字符型、向量、列表、数据框、矩阵)

4.R中各数据类型的赋值与操作(针对不同数据类型进行赋值、批量读取数据、通过循环对数据进行计算、差异分析)

5.各种数据格式的读写及操作 (Excel、TXT、CSV、TSV)

6.经典生信数据R脚本编写与详解

三:R基本绘图语法

1.生物信息多组学大数据分析技巧与提升

2.R语言基本绘图命令概述

3.R语言高级绘图命令概述

4.R语言经典生信数据R脚本解析

四:R语言数据绘图基本方法

1.R语言高级绘图命令概述

2.基因组大小与基因含量的散点图

3.绘制基因长度分布直方图

4.绘制基因长度分布的频率分布密度曲线

5.向图中添加数学公式

6.热图绘制及参数详解

五:R语言与各种图形绘制

1.韦恩图、小提琴图、火山图、折线图、网络图、趋势图、箱线图

2.相关性分析及共表达网络构建

3.R语言与KEGG 富集分析实例

4.R语言与GO富集分析实例

六:多组学数据整理方法

1.多组学数据如何发表高分SCI论文,以RNA-Seq数据为例

2.RNA-Seq前沿动态

3.RNA-Seq实验设计

4.非编码RNA (lncRNA、miRNA) 分析手段、研究策略解析

七:多组学数据绘图方式

1.数据重复性评估(如何在文中体现出不同重复的RNA-SEQ结果、Realtime PCR结果与RNA-SEQ结果如何对用)

2.如何进行P值的筛选

3.基因共表达网络构建与Cytoscape展示

4.多组数据表达趋势聚类及深度解析策略

八:生物信息大数据其他绘图方式

1.进化树的编辑与美化

2.网络图的编辑(蛋白互作、基因调控网络图的编辑)

3.次生代谢基因簇寻找与绘图

4.基因结构绘制

5.启动子元件预测及绘图

6.RNA二级结构绘制

7.多样品韦恩图绘制

8.多种作图方式结合(综合利用R、PPT等绘图工具拼接完成论文图片)

9.高分辨率SCI论文图片生成(综合利用AI、pdfviewer生成高质量论文图片)

相关推荐
程序员洲洲2 小时前
利用海外NetNut网络代理爬取亚马逊“感恩节”相关商品数据分析
数据挖掘·数据分析·netnut
杜子不疼.4 小时前
计算机视觉热门模型手册:Faster R-CNN / YOLO / SAM 技术原理 + 应用场景对比
人工智能·计算机视觉·r语言·cnn
Davina_yu11 小时前
Windows 下升级 R 语言至最新版
开发语言·windows·r语言
sensen_kiss13 小时前
INT303 Big Data Analysis 大数据分析 Pt.11 模型选择和词向量(Word Embeddings)
大数据·数据挖掘·数据分析
laocooon52385788613 小时前
数据收集, 数据清洗,数据分析,然后可视化,都涉及哪些知识
数据挖掘·数据分析
企业智能研究15 小时前
什么是数据治理?数据治理对企业有什么用?
大数据·人工智能·数据分析·agent
逻极18 小时前
数据分析项目:Pandas + SQLAlchemy,从数据库到DataFrame的丝滑实战
python·mysql·数据分析·pandas·sqlalchemy
醉卧考场君莫笑18 小时前
数据分析常用方法:上
数据挖掘·数据分析
小王毕业啦18 小时前
2003-2023年 285个地级市邻接矩阵、经济地理矩阵等8个矩阵数据
大数据·人工智能·数据挖掘·数据分析·数据统计·社科数据·实证数据
2501_9418036219 小时前
在奥斯陆智能水利场景中构建实时水资源调度与高并发水质数据分析平台的工程设计实践经验分享
数据挖掘·数据分析·云计算