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R语言绘图神器| ggplot2与其基本用法介绍ggplot2ggplot2是R语言中的可视化神包，由Hadley Wickham开发。其本质是一套基于“图层化、模块化”的绘图语法体系。它彻底改变了传统R 绘图（如grid）的 “命令式” 逻辑，通过将数据、图形元素、美学映射拆解为独立组件，让用户能像“搭积木”一样灵活构建复杂可视化，同时保证代码的可读性和可复现性。目前，ggplot2已成为数据科学、学术研究、商业分析中最主流的绘图工具之一，尤其擅长生成发表级别的高质量图表。我们给大家演示过的CellChat、Seurat、monocle等包的可视化内

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挑战用R语言硬干一百万单细胞数据分析经常有同学咨询入手足够完成硕博生涯的生信环境能否完成一百万个单细胞的数据分析，其实这个问题比较难回答，大家的数据质量、分析环境、需要做的分析、算法都不尽相同。很难准确的评估。不过大概的量级还是可以测评的，我们往期也测试过1~30w细胞级别单细胞数据的硬件占用情况： 30w单细胞数据会吃掉多少内存？ 5w单细胞在Monocle2拟时序中占据多少内存？ CellChat细胞通讯运行内存及时间压力测试

使用R将nc文件转换为asc文件或者tif文件使用R将nc文件转换为asc文件或者tif文件本文主要记录一下如何将环境数据的nc文件转换为asc文件、tif文件，分享所用R代码。

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R语言基础| 下载、安装在此前的单细胞教程中，许多小伙伴都曾因为R语言基础不足而十分苦恼。R语言是一种开源的编程语言和软件环境，专门用于统计分析、图形表示和数据挖掘。它最初由Ross Ihaka和Robert Gentleman在1993年创建，旨在为统计学家和数据分析师提供一个广泛的统计（线性和非线性建模、经典统计测试、时间序列分析、分类、聚类等）和图形技术的集成环境。R语言以其强大的数据处理能力、图形系统以及在统计计算和图形显示方面的灵活性而闻名。此外，R语言具有一个庞大的用户社区，提供了大量的包（libraries）和工具

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R语言基础| 创建数据集在R语言中，有多种数据类型，用以存储和处理数据。每种数据类型都有其特定的用途和操作函数，使得R语言在处理各种数据分析任务时非常灵活和强大：

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R语言基础| 可视化初探(ggplot2)写在前面ggplot2 是一个基于 R 语言的数据可视化包，提供了一种结构化的方法来描述和构建图表，因此被广泛用于制作可视化图表。其是tidyverse数据科学生态系统的一部分。

centos-LLM-生物信息-BioGPT-使用1参考： GitHub - microsoft/BioGPT https://github.com/microsoft/BioGPT

centos-LLM-生物信息-BioGPT安装参考： GitHub - microsoft/BioGPT https://github.com/microsoft/BioGPT

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R语言入门课| 04 R语言基本函数视频教程大家可以先做一做R语言基础小测验，看看自己是否需要跟我们5.5h入门R语言的课程。先上教程视频，B站同步播出：

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R语言基础小测验测试题此前我们进行了5.5h入门R语言的教学，课后给大家留下了如下习题，大家可以检验一下自己的R语言的学习成果。

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R语言入门课| 02 R及Rstudio的下载与安装视频教程先上教程视频，B站同步播出：https://www.bilibili.com/video/BV1miNVeWEkw

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Biomamba劝学写在前面最近也有个事，值得说道一下。我们的足够支持你完成硕博生涯的生信环境，给大家提供的是生信环境、算力，而不是生信辅导。况且我们还给大家提供了五次技术支持工单：白嫖五次技术支持。即使是这样，大家在问我们服务器使用相关的问题时，其实我们还是会给大家答疑的。不过还是希望大家能给听从我们的建议，先行学习：十小时学会Linux。这就有一个悖论，如果给大家无休止的答疑，就远远超出了我们的义务范围以及承受能力。若是不给大家答疑，大家又觉得是服务器产品的问题。实际在我们观察中，用户问到的问题99.99%都是因为Lin

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R语言基础| 基本图形绘制写在前面ggplot2 是一个基于 R 语言的数据可视化包，提供了一种结构化的方法来描述和构建图表，因此被广泛用于制作可视化图表。其是tidyverse数据科学生态系统的一部分。

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R语言基础| 基本统计分析写在前面R语言拥有丰富的数据处理、统计分析和机器学习工具包，涵盖了从简单的描述统计到复杂的模型建立的各个方面。再加上数据的处理可以完美的衔接后续的可视化，这使得它成为处理各种类型和规模的数据集的理想选择。

python绘制年平均海表温度、盐度、ph分布图python绘制年平均海表温度、盐度、ph图本文主要使用python绘制年平均海表温度、盐度、ph分布图，所用数据来源于Bio-ORACLE 参考文章： Python绘制海表温度【python海洋专题十二】年平均的南海海表面温度图

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两天入门R语言，周末开讲R语言入门课生信基地希望能够给大家提供系统性、形成性、规范性的生信教学。前面几次活动中同学们表示希望能够有线下集中学习以及针对性的指导、答疑。所以，此次我们将于2025年02月22日~23日(周六周日)推出"生信R语言入门课"(线上线下均可参与)，共分为"R介绍"、"R语言数据对象"、"基本数据管理"、"图形初级(ggplot2)"四个模块。当然，我们也不做生信快餐，本次活动有回放，后续我们会持续拉群在群里进行课程内容的答疑(也方便错过活动的小伙伴加入)。

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R语言学习计划启动R语言入门课生信基地已然落地，我们希望能够给大家提供系统性、形成性、规范性的生信教学。前面几次活动中同学们表示希望能够有线下集中学习以及针对性的指导、答疑。所以，此次我们计划于2025年02月22日~23日(周六周日)推出"生信R语言入门课"(线上线下均可参与)，共分为"R介绍"、"R语言数据对象"、"基本数据管理"、"图形初级(ggplot2)"四个模块。当然，我们也不做生信快餐，本次活动有回放，后续我们会持续拉群在群里进行课程内容的答疑(也方便错过活动的小伙伴加入)。

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R语言基础| 方差分析写在前面方差分析（ANOVA，Analysis of Variance）是统计学中一种用来比较三个或三个以上样本均值是否存在显著差异的方法。方差分析基于样本数据的方差来判断整体均值之间的差异，是处理多个样本组数据对比问题的常用技术。

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R语言基础| 广义线性模型12.1 广义线性模型(Generalized Linear Model)和glm()函数前面学到的OLS回归和方差分析仅适用于因变量符合正态分布的数据，广义线性模型则可以用于因变量不合符合正态分布的数据：

生物信息学导论-北大-RNA-Seq数据分析ref: https://www.coursera.org/learn/sheng-wu-xin-xi-xue/home