生信

网络药理学之薛定谔Schrödinge Maestro：6、分子对接（Glide、Ligand docking）和可视化本人是win11，薛定谔版本是12.9。官网：https://www.schrodinger.com/ 本篇文章的示例大分子蛋白PDB ID为4KNN，小分子配体的MOL ID为MOL004004。本文部分图源来自知乎https://zhuanlan.zhihu.com/p/416698194，推荐为原作者贡献阅读量捏。

生信：TCGA学习（R、RStudio安装与下载、常用语法与常用快捷键）macOS系统，已安装homebrew且会相关命令。近期在整理草稿区，所以放出该贴。官网地址：https://posit.co/download/rstudio-desktop/

【R语言】数据可视化分析和统计检验——线性和线性混合效应模型🌍✨📚最近听了北京理工大学王蓓老师关于R语言的讲座，受益匪浅，现在把自己学习的内容和收获进行记录和分享。

R语言：Mantel Test分析与绘图Mantel test分析对两个矩阵相关关系进行检验。可以用在生态学上，用来检验群落距离矩阵(如 Bray-Curtis distance matrix)和环境变量距离矩阵(如 pH, 温度或者地理位置的差异矩阵)之间的相关性（Spearman、Pearson）。Mantel test的相关性系数越大，p值越小，则说明环境因子对微生物群落的影响越大。同时，mantel test的偏分析(partial Mantel test等)可排除环境因子之间自相关的干扰。 Mantel test分析结果：

conda从4.12升级到最新版23.9 自动升级失败手动无损升级方法最新版conda有多线程下载，还做了一些其它易用性改动，所以决定从很老的4.12版本升级到最新版。因为版本差别过大，使用自带的conda update conda已经不起作用了。决定手动升级，过程如下：