一般来说，和HOST主桥直接相连的PCI总线命名为PCI总线0。软件使用DFS深度优先算法，依次对其他PCI总线进行编号。HOST主桥可能有多个直连的PCI总线，但是他们都是PCI 0，但是他们的含义不相同。
DFS是搜索算法的一种，其实现机制是沿着一棵树的深度遍历各个节点，并尽可能深地搜索树的分支，DFS的算法为线性时间复杂度，适合对拓扑结构未知的树进行遍历。在一个处理器系统的初始化阶段，PCI总线树的拓扑结构是未知的，适合使用DFS算法进行遍历。下面以图2-13为例，说明系统软件如何使用DFS算法，分配PCI总线号，并初始化PCI桥中的Primary Bus Number、Secondary Bus Number和Subordinate Bus number寄存器。所谓DFS 算法是指按照深度优先的原则遍历PCI胖树，其步骤如下。
（1）HOST主桥扫描PCI总线0上的设备。系统软件首先忽略这条总线上的所有PCI Agent设备，因为在这些设备之下不会挂接新的PCI总线。例如PCI设备01下不可能挂接新的PCI总线。
（2）HOST主桥首先发现PCI桥1，并将PCI桥1的Secondary Bus命名为PCI总线1。系统软件将初始化PCI桥1的配置空间，将PCI桥1的Primary Bus Number寄存器赋值为0，而将Secondary Bus Number寄存器赋值为1，即PCI桥1的上游PCI总线号为0，而下游PCI 总线号为1。
（3）扫描PCI总线1，发现PCI桥2，并将PCI桥2的Secondary Bus命名为PCI总线2。系统软件将初始化PCI桥2的配置空间，将PCI桥2的Primary Bus Number寄存器赋值为1，而将Secondary Bus Number寄存器赋值为2。
（4）扫描PCI总线2，发现PCI桥3，并将PCI桥3的Secondary Bus命名为PCI总线3。系统软件将初始化PCI桥3的配置空间，将PCI桥3的Primary Bus Numher寄存器赋值为2，而将Secondary Bus Number寄存器赋值为3。
（5）扫描PCI总线3，没有发现任何PCI桥，这表示PCI总线3下不可能有新的总线，此时系统软件将PCI桥3的Subordinate Bus number寄存器赋值为3。系统软件在完成PCI总线3的扫描后，将回退到PCI总线3的上一级总线，即PCI总线2，继续进行扫描。
（6）在重新扫描PCI总线2时，系统软件发现PCI总线2上除了PCI桥3之外没有发现新的PCI桥，而PCI桥3之下的所有设备已经完成了扫描过程，此时系统软件将PCI桥2的 Subordinate Bus number寄存器赋值为3。继续回退到PCI总线1。
（7）PCI总线1上除了PCI桥2外，没有其他桥片，于是继续回退到PCI总线0，并将 PCI桥1的Subordinate Bus number寄存器赋值为3。
（8）在PCI总线0上，系统软件扫描到PCI桥4，则首先将PCI桥4的PrimaryBusNum-ber寄存器赋值为0，而将Secondary Bus Number寄存器赋值为4，即PCI桥1的上游PCI总线号为0，而下游PCI总线号为4。
（9）系统软件发现PCI总线4上没有任何PCI桥，将结束对PCI总线4的扫描，并将 PCI桥4的Subordinate Bus number寄存器赋值为4，之后回退到PCI总线4的上游总线，即 PCI总线O继续进行扫描。
（1O）系统软件发现在PCI总线0上的两个桥片PCI总线0和PCI总线4都已完成扫描后，将结束对PCI总线的DFS遍历全过程。
从以上算法可以看出，PCI桥的Primary Bus和Secondary Bus号的分配在遍历PCI总线树的过程中从上向下分配，而Subordinate Bus号是从下向上分配的，因为只有确定了一个 PCI桥之下究竟竞有多少条PCI总线后，才能初始化该PCI桥的Subordinate Bus号。