deeploc 2.1 大批量蛋白亚细胞定位分析,适合三代测序级数据、真菌全菌数据的分析

当前可用可以给真核生物(真菌、植物蛋白、动物蛋白等)做大批量亚细胞定位分析的工具主要有两个:

1)deeploc 2.1 (最新版),有在线的,销量数据可以自己搞定;大量数据的,几乎不可能;

2)ProtComp V9.0,也有在线的,但是对国内IP不太友好;大量数据的,难度比deeploc更大;

好在,deeploc 2.1,可以本地部署,只是比较消耗时间和脑细胞;

该软件的本地部署,

1)GPU模式:默认需要单机具备 GPU (>12 GB),同时cpu不小于32 GB,这样就可以自己批量分析了;

2)如果没有GPU的话,也可以选用cup模式,但 cpu 模式下,内存需要大于 48 GB 方能稳定运行;然而,cpu 某事下的分析速率是远低于GPU的

【偷摸的测试了一下,低配的gpu版,速率大约是cpu基础版的5-6倍】;

-----------------------------------------------------------------仅供参考;

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