安装openfold(顺利解决版)

首先是我服务器的初始版本：

python==3.7.4

cuda==12.3

torch(没安装，其实安装过，装openfold总是报错，我就uninstall了,你要是也一直报错，就卸载)

开始安装

这里我需要装的python==3.10，torch==2.2,

第一步：创建一个虚拟环境：

复制代码

conda create -n openfold python=3.10 -y
conda activate openfold

第二步：升级下pip(可选)

复制代码

pip install -U pip setuptools wheel

第三步：安装 PyTorch（CUDA12）

CUDA12.3 推荐：

复制代码

pip install torch torchvision torchaudio \
--index-url https://download.pytorch.org/whl/cu121

安装完成后，验证下是否可用：

复制代码

python -c "import torch;print(torch.cuda.is_available())"

第四步：安装 OpenFold 依赖

安装基础库：

复制代码

pip install numpy scipy pandas biopython einops ml-collections
pip install dm-tree modelcif
pip install deepspeed
pip install pytorch-lightning
pip install hydra-core omegaconf
pip install tqdm
pip install requests
pip install ninja
pip install openmm
pip install pdbfixer

第五步：下载 OpenFold

复制代码

git clone https://github.com/aqlaboratory/openfold.git
cd openfold

第六步：编译 OpenFold CUDA kernel

复制代码

python setup.py install

但这里就看你会不会报错：

如果报 C++14错误

复制代码

#error "You're trying to build PyTorch with a too old version of GCC. We need GCC 9 or later."

把setuo.py的-std=c++14改成-std=c++17。

但要求gcc>9,我的cuda的gcc=8.8，所以我就要升级。

网络上是给的命令，我conda安装任何包都会报错：

复制代码

conda install -c conda-forge gcc=11 gxx=11 -y

(openfold) [qio@vol08 openfold]$ conda install -c conda-forge gcc=11 gxx=11 -y
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Collecting package metadata (repodata.json): \

所以我改用mamba安装gcc:

首先安装mamba:

复制代码

conda install -y --channel=https://conda.anaconda.org/conda-forge --channel=https://conda.anaconda.org/pytorch --channel=https://conda.anaconda.org/pyg mamba && conda clean -ya

再用mamba安装gcc11:

复制代码

mamba install -c conda-forge gcc=11 gxx=11 -y

设置下编译器：

复制代码

export CC=$CONDA_PREFIX/bin/x86_64-conda-linux-gnu-gcc
export CXX=$CONDA_PREFIX/bin/x86_64-conda-linux-gnu-g++

第七步：重新编译 OpenFold

先清理：

复制代码

cd openfold
rm -rf build
rm -rf openfold.egg-info
rm -rf ~/.cache/torch_extensions

第八步：

复制代码

python setup.py install

最后尝试下安装是否成功：

复制代码

import openfold
import torch
print(torch.cuda.is_available())