FPGA开发使用的语言五花八门，很难统计出到底有多少种语言曾经被用于FPGA开发，从早期的原理图输入，到PALASM、ABEL这类面向可编程逻辑器件的语言，再到今天的各种高层次描述方式，几乎每个阶段都有自己的主角。
FPGA的开发是围绕硬件描述来展开的，目前来说，有两种通用的硬件描述语言：Verilog和VHDL。近年来，随着FPGA规模的扩大和算法类应用的增多，基于C/C++的高层次综合（HLS）也逐渐进入了工程师的视野。伴随着FPGA的发展，Verilog由于其简洁易用，在国内占据了主流地位，使用VHDL的人相对较少。FPGA开发的语言主要有如下三种。
第一Verilog：
Verilog起源于20世纪80年代中期，最初是由Gateway Design Automation公司的Phil Moorby等人开发的，并在1995年正式成为IEEE标准，即IEEE Standard 1364TM---1995。其后续版本是2001年推出的，与1995版差异比较大，例如增加了generate语句、带符号数的支持以及ANSI风格的端口声明。很多综合和仿真工具中都会提供一个选项来决定使用1995版还是2001版。目前最新的标准是2005年推出的，即IEEE Standard 1364TM---2005，它与2001版的差距不大。之后Verilog的标准被合并到了SystemVerilog中，不再单独更新。Verilog的语法与C语言非常相似，有C基础的人可以很快上手，写一个计数器、一个状态机，几十行代码就可以完成。Verilog在FPGA设计中最大的问题是它的类型检查非常宽松，位宽不匹配时，编译器往往只给出一个警告，甚至不给任何提示，位宽截断、隐式声明的wire、阻塞赋值与非阻塞赋值混用等错误，都可能悄悄地潜入设计中，直到上板调试时才暴露出来。这就要求工程师必须有良好的编码规范，并熟悉"可综合子集"的概念，因为Verilog中的很多语句（如initial延时、force等）只能用于仿真，综合工具并不会把它们变成FPGA中的逻辑。
第二VHDL：
VHDL的全称是VHSIC Hardware Description Language，其中VHSIC是Very High Speed Integrated Circuit的缩写。它起源于20世纪80年代美国国防部的超高速集成电路计划，并在1987年成为IEEE标准，即IEEE Std 1076---1987，此后又陆续发布了1993、2002、2008等版本，其中2008版增加了很多方便设计的特性，如更灵活的敏感列表、条件赋值的增强等。VHDL的语法源自Ada语言，与Verilog相比要冗长得多，同一个功能，VHDL的代码量往往是Verilog的一倍左右。但VHDL也有自己的优势，它是强类型语言，signal的类型和位宽不匹配时，编译阶段就会报错，不会像Verilog那样悄悄放过，这对于航空航天、军工、轨道交通这类对可靠性要求极高的领域来说是非常有价值的。因此在欧洲以及上述传统行业中，VHDL仍然有相当大的使用量。对国内的FPGA工程师来说，即使平时以Verilog为主，也难免会遇到需要阅读VHDL的场景，如一些厂商提供的IP核的源代码、前辈留下的老工程等。VHDL最大的优势在于严谨，但这也是它最大的劣势，繁琐的类型转换（如std_logic_vector与unsigned、integer之间的转换）会让初学者感到非常头疼。
第三HLS：
FPGA的容量按照摩尔定律快速增长，单片器件内集成的逻辑资源、DSP和存储资源越来越多，承载的功能也越来越复杂。此时，单纯使用Verilog或者VHDL在寄存器传输级（RTL）描述设计，开发效率就显得捉襟见肘了。通常来说，可以笼统地把FPGA的应用分为两类，一类是控制类的，如接口时序转换、通信协议处理；另一类是算法类的，如图像处理、深度学习推理、雷达信号处理等。那些对算法要求非常高的设计，在使用Verilog编写代码之前，往往会先使用C、C++或者MATLAB建立一个算法模型。HLS（High-Level Synthesis，高层次综合）的思路就是让工具直接把C/C++的算法描述转换成RTL代码。Xilinx在2011年收购了AutoESL，其产品后来发展为Vivado HLS，现在已经并入Vitis HLS；Intel也提供了自己的HLS编译器，并且在oneAPI中支持基于SYCL的FPGA开发。使用HLS时，工程师通过PIPELINE、UNROLL、ARRAY_PARTITION之类的编译指示（pragma）来控制并行度和存储结构，算法验证可以直接在C环境中完成，速度比RTL仿真快很多。HLS最大的优势在于它是基于C/C++的，但这也是它最大的劣势。C/C++本身是顺序执行的软件语言，如果写代码时没有硬件思维，写出来的代码综合之后的效率可能很差，甚至根本无法综合，如动态内存分配、递归等语句都不被支持。同时，HLS生成的RTL在时序、资源上的可控性不如手写RTL，遇到接口时序严格、对延迟极其敏感的设计，往往仍然需要回到Verilog或VHDL。因此，目前HLS更多的是作为RTL的补充，而不是替代，在算法类的设计中使用较多，而在控制类的设计中，Verilog依然是绝对的主角。